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- PDB-6o40: Human parainfluenza virus type 3 fusion protein N-terminal heptad... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o40
タイトルHuman parainfluenza virus type 3 fusion protein N-terminal heptad repeat domain+VIQKI I454F I456F
要素(Fusion glycoprotein F0) x 2
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Fusion protein / fusion inhibitor / six-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human parainfluenza virus 3 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Outlaw, V.K. / Gellman, S.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1F32GM122263 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1RO1AI114736 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Structure-Guided Improvement of a Dual HPIV3/RSV Fusion Inhibitor.
著者: Outlaw, V.K. / Lemke, J.T. / Zhu, Y. / Gellman, S.H. / Porotto, M. / Moscona, A.
履歴
登録2019年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9192
ポリマ－9,9192
非ポリマー00
水1,09961
1
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0

A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0

A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7586
ポリマ－29,7586
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area12790 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area12370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.337, 49.337, 75.894
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0


分子量: 5656.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This compound is derived from residues 139-189 of the HPIV3 fusion glycoprotein. It is acetylated at the N-terminus and amidaxted at the C-terminus.
由来: (合成) Human parainfluenza virus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q84193, UniProt: P06828*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Fusion glycoprotein F0


分子量: 4262.927 Da / 分子数: 1 / Mutation: I454F, I456F, E459V, A463I, D466Q, Q479K, K480I / 由来タイプ: 合成
詳細: VIQKI I6F I8F is a synthetic peptide derived from residues 449-484 of the HPIV3 fusion glycoprotein C-terminal heptad repeat domain with substitutions I454F, I456F, E459V, A463I, D466Q, ...詳細: VIQKI I6F I8F is a synthetic peptide derived from residues 449-484 of the HPIV3 fusion glycoprotein C-terminal heptad repeat domain with substitutions I454F, I456F, E459V, A463I, D466Q, Q479K, and K480I. It is acetylated at the N-terminus and amidaxted at the C-terminus.
由来: (合成) Human parainfluenza virus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A1L7B8S0, UniProt: P06828*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30 mM NaF, 30 mM NaBr, 30 mM NaI, 20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM imidazole/MES monohydrate buffer (pH 6.5)20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM ...詳細: 30 mM NaF, 30 mM NaBr, 30 mM NaI, 20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM imidazole/MES monohydrate buffer (pH 6.5)20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM imidazole/MES monohydrate buffer (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.197→28.37 Å / Num. obs: 21440 / % possible obs: 98.43 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 16.37 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04153 / Rpim(I) all: 0.01325 / Rrim(I) all: 0.04364 / Net I/σ(I): 21.65
反射 シェル解像度: 1.197→1.24 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.7144 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / Num. unique obs: 1943 / CC1/2: 0.844 / Rpim(I) all: 0.4048 / Rrim(I) all: 0.8282 / % possible all: 88.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NRO

6nro


解像度: 1.2→28.37 Å / SU ML: 0.1435 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.2341
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1855 1982 9.28 %
Rwork0.1755 --
obs0.1765 21366 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→28.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数678 0 0 61 739
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0106683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3632919
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0779111
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0231117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8062263
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.230.4161230.41198X-RAY DIFFRACTION85.23
1.23-1.260.32491410.30251372X-RAY DIFFRACTION97.3
1.26-1.30.2661430.27851408X-RAY DIFFRACTION99.68
1.3-1.340.23861400.23841376X-RAY DIFFRACTION99.87
1.34-1.390.21051490.2081410X-RAY DIFFRACTION99.87
1.39-1.440.24581430.2241422X-RAY DIFFRACTION99.94
1.44-1.510.22421390.20471365X-RAY DIFFRACTION97.47
1.51-1.590.2091460.19421416X-RAY DIFFRACTION99.11
1.59-1.690.21591390.18031382X-RAY DIFFRACTION99.93
1.69-1.820.21211460.19351425X-RAY DIFFRACTION100
1.82-20.18821440.17631398X-RAY DIFFRACTION100
2-2.290.16311380.15921393X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.880.15331450.15951406X-RAY DIFFRACTION99.94
2.88-28.380.17031460.15621413X-RAY DIFFRACTION99.68
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.3930425183 Å / Origin y: 9.62952937786 Å / Origin z: -12.2978233908 Å
111213212223313233
T0.14635392658 Å20.00976570482484 Å20.0101469833283 Å2-0.12059544617 Å2-0.0181311613926 Å2--0.186848017911 Å2
L1.40831020547 °20.253771375352 °2-1.06098856793 °2-0.913029952152 °2-0.52297326707 °2--4.6370964158 °2
S-0.0597909712204 Å °0.135269629106 Å °-0.0781150477996 Å °-0.119666524377 Å °0.0313286035893 Å °-0.0813165075106 Å °0.289101420396 Å °0.0263319012778 Å °0.0542521540134 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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