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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o40 | |||||||||
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タイトル | Human parainfluenza virus type 3 fusion protein N-terminal heptad repeat domain+VIQKI I454F I456F | |||||||||
要素 | (Fusion glycoprotein F0) x 2 | |||||||||
キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / Fusion protein / fusion inhibitor / six-helix bundle | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human parainfluenza virus 3 (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Outlaw, V.K. / Gellman, S.H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020 タイトル: Structure-Guided Improvement of a Dual HPIV3/RSV Fusion Inhibitor. 著者: Outlaw, V.K. / Lemke, J.T. / Zhu, Y. / Gellman, S.H. / Porotto, M. / Moscona, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o40.cif.gz | 72.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o40.ent.gz | 48.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o40.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6o40_validation.pdf.gz | 416.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6o40_full_validation.pdf.gz | 416.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6o40_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6o40_validation.cif.gz | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/6o40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/6o40 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5656.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This compound is derived from residues 139-189 of the HPIV3 fusion glycoprotein. It is acetylated at the N-terminus and amidaxted at the C-terminus. 由来: (合成) Human parainfluenza virus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q84193, UniProt: P06828*PLUS |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4262.927 Da / 分子数: 1 / Mutation: I454F, I456F, E459V, A463I, D466Q, Q479K, K480I / 由来タイプ: 合成 詳細: VIQKI I6F I8F is a synthetic peptide derived from residues 449-484 of the HPIV3 fusion glycoprotein C-terminal heptad repeat domain with substitutions I454F, I456F, E459V, A463I, D466Q, ...詳細: VIQKI I6F I8F is a synthetic peptide derived from residues 449-484 of the HPIV3 fusion glycoprotein C-terminal heptad repeat domain with substitutions I454F, I456F, E459V, A463I, D466Q, Q479K, and K480I. It is acetylated at the N-terminus and amidaxted at the C-terminus. 由来: (合成) Human parainfluenza virus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A1L7B8S0, UniProt: P06828*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.09 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 30 mM NaF, 30 mM NaBr, 30 mM NaI, 20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM imidazole/MES monohydrate buffer (pH 6.5)20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM ...詳細: 30 mM NaF, 30 mM NaBr, 30 mM NaI, 20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM imidazole/MES monohydrate buffer (pH 6.5)20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM imidazole/MES monohydrate buffer (pH 6.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.197→28.37 Å / Num. obs: 21440 / % possible obs: 98.43 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 16.37 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04153 / Rpim(I) all: 0.01325 / Rrim(I) all: 0.04364 / Net I/σ(I): 21.65 |
反射 シェル | 解像度: 1.197→1.24 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.7144 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / Num. unique obs: 1943 / CC1/2: 0.844 / Rpim(I) all: 0.4048 / Rrim(I) all: 0.8282 / % possible all: 88.36 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6NRO 解像度: 1.2→28.37 Å / SU ML: 0.1435 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.2341
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→28.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -19.3930425183 Å / Origin y: 9.62952937786 Å / Origin z: -12.2978233908 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |