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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o24 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 4498 Fab in complex with circumsporozoite protein NANP3 and anti-Kappa VHH domain | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Malaria / antibody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Lama glama (ラマ) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Scally, S.W. / Bosch, A. / Prieto, K. / Murugan, R. / Wardemann, H. / Julien, J.P. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2020 タイトル: Evolution of protective human antibodies against Plasmodium falciparum circumsporozoite protein repeat motifs. 著者: Murugan, R. / Scally, S.W. / Costa, G. / Mustafa, G. / Thai, E. / Decker, T. / Bosch, A. / Prieto, K. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o24.cif.gz | 238.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o24.ent.gz | 188.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o24.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/6o24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/6o24 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 I
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1207.210 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 148-159 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P02893 |
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-抗体 , 3種, 3分子 ABK
#1: 抗体 | 分子量: 24760.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23371.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: 抗体 | 分子量: 11326.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 3種, 680分子
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-CIT / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 2.5 詳細: 10 % (w/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M citric acid pH 2.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979341 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979341 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→40 Å / Num. obs: 117560 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4896 / CC1/2: 0.791 / Rpim(I) all: 0.26 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Internal Fab model 解像度: 1.4→19.968 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 144.49 Å2 / Biso mean: 28.3645 Å2 / Biso min: 12.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→19.968 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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