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- PDB-6o1e: The crystal structure of human MORC3 ATPase-CW in complex with AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o1e
タイトルThe crystal structure of human MORC3 ATPase-CW in complex with AMPPNP
要素MORC family CW-type zinc finger protein 3
キーワードTRANSCRIPTION / ATPase / Down syndrome / Histone H3
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of interferon-beta production / maintenance of protein location in nucleus / histone H3K4me3 reader activity / : / negative regulation of fibroblast proliferation / antiviral innate immune response / post-embryonic development / PML body / peptidyl-serine phosphorylation / nuclear matrix ...negative regulation of interferon-beta production / maintenance of protein location in nucleus / histone H3K4me3 reader activity / : / negative regulation of fibroblast proliferation / antiviral innate immune response / post-embryonic development / PML body / peptidyl-serine phosphorylation / nuclear matrix / positive regulation of cellular senescence / protein-macromolecule adaptor activity / protein phosphorylation / protein stabilization / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
MICRORCHIDIA ATPase family / Morc, S5 domain 2-like / Morc6 ribosomal protein S5 domain 2-like / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / MORC family CW-type zinc finger protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Klein, B.J. / Zhang, Y. / Kutateladze, T.G.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Mechanism for autoinhibition and activation of the MORC3 ATPase.
著者: Zhang, Y. / Klein, B.J. / Cox, K.L. / Bertulat, B. / Tencer, A.H. / Holden, M.R. / Wright, G.M. / Black, J. / Cardoso, M.C. / Poirier, M.G. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2019年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MORC family CW-type zinc finger protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9744
ポリマ－52,3781
非ポリマー5963
水1,04558
1
A: MORC family CW-type zinc finger protein 3
ヘテロ分子

A: MORC family CW-type zinc finger protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,9488
ポリマ－104,7562
非ポリマー1,1926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area5990 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area38900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.510, 119.510, 76.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 MORC family CW-type zinc finger protein 3 / Nuclear matrix protein 2 / Zinc finger CW-type coiled-coil domain protein 3


分子量: 52378.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MORC3, KIAA0136, NXP2, ZCWCC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14149
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.35 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 10 % w/v PEG8000 and 8 % v/v ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→42.93 Å / Num. obs: 24772 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 43.9 % / Net I/σ(I): 50.4
反射 シェル解像度: 2.41→2.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Ix1

5ix1


解像度: 2.41→42.93 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 24.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2318 1281 5.18 %
Rwork0.1786 --
obs0.1814 24733 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→42.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3487 0 33 58 3578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093635
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0364921
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.0291372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.233532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.50650.32921530.24592539X-RAY DIFFRACTION100
2.5065-2.62050.31961640.24152551X-RAY DIFFRACTION100
2.6205-2.75870.28671320.22712590X-RAY DIFFRACTION100
2.7587-2.93150.23841190.2172602X-RAY DIFFRACTION100
2.9315-3.15780.25441280.20752619X-RAY DIFFRACTION100
3.1578-3.47540.26381420.19952604X-RAY DIFFRACTION100
3.4754-3.9780.21931440.17562611X-RAY DIFFRACTION100
3.978-5.01060.21441410.14622634X-RAY DIFFRACTION100
5.0106-42.93660.21171580.16982702X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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