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- PDB-4kxt: Structure of human ARGONAUTE1 in complex with guide RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kxt
タイトルStructure of human ARGONAUTE1 in complex with guide RNA
要素
  • Protein argonaute-1
  • RNA
キーワードHYDROLASE/RNA / RNase H fold / nuclease / RNA / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly ...Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / pre-miRNA processing / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / RISC complex / TGFBR3 expression / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / RNA polymerase II complex binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / Transcriptional Regulation by VENTX / Regulation of MECP2 expression and activity / core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / regulation of mRNA stability / negative regulation of angiogenesis / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / P-body / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAPK6/MAPK4 signaling / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / paz domain / DUF1785 ...paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / paz domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Beta Complex / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.294 Å
データ登録者Nakanishi, K. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2013
タイトル: Eukaryote-Specific Insertion Elements Control Human ARGONAUTE Slicer Activity.
著者: Nakanishi, K. / Ascano, M. / Gogakos, T. / Ishibe-Murakami, S. / Serganov, A.A. / Briskin, D. / Morozov, P. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
履歴
登録2013年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute-1
B: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6122
ポリマ－101,6122
非ポリマー00
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area37160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.879, 100.249, 136.701
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute-1 / Argonaute1 / hAgo1 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 1 / eIF-2C 1 / eIF2C 1 / Putative ...Argonaute1 / hAgo1 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 1 / eIF-2C 1 / eIF2C 1 / Putative RNA-binding protein Q99


分子量: 97752.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2C1, AGO1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UL18
#2: RNA鎖 RNA


分子量: 3859.432 Da / 分子数: 1 / Fragment: guide RNA / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 50 mM sodium chloride, 5 mM magnesium chloride, 1 mM dithiothreitol, 50% glycerol, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.294→50 Å / Num. obs: 43638 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.294→2.38 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.294→48.863 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 2000 4.59 %
Rwork0.175 --
obs0.1774 43565 99.53 %
all-43638 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.294→48.863 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6473 222 0 288 6983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1659367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5652640
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781037
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051171
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.294-2.35120.27951340.21172778X-RAY DIFFRACTION94
2.3512-2.41470.26781420.19192937X-RAY DIFFRACTION100
2.4147-2.48580.25781410.19892929X-RAY DIFFRACTION100
2.4858-2.5660.27091410.18882947X-RAY DIFFRACTION100
2.566-2.65770.25451420.1882949X-RAY DIFFRACTION100
2.6577-2.76410.25751400.19492928X-RAY DIFFRACTION100
2.7641-2.88990.2641430.19392958X-RAY DIFFRACTION100
2.8899-3.04220.30651430.20092984X-RAY DIFFRACTION100
3.0422-3.23280.26421430.19022952X-RAY DIFFRACTION100
3.2328-3.48240.22581430.18832988X-RAY DIFFRACTION100
3.4824-3.83270.23611440.16612994X-RAY DIFFRACTION100
3.8327-4.3870.1951450.14493005X-RAY DIFFRACTION100
4.387-5.52590.18631460.14733039X-RAY DIFFRACTION100
5.5259-48.87360.19991530.18413177X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.78670.1232-0.0461.4250.09520.7201-0.0133-0.090.16220.09620.08920.76630.0073-0.4273-0.04090.2813-0.01890.06720.41650.07740.51160.43751.9227-3.2093
20.7768-0.27171.41070.0185-0.01392.70080.0895-0.0294-0.0897-0.0020.06410.07670.0683-0.1256-0.14870.2627-0.01950.00850.21390.03570.22577.09698.4738-36.5713
30.8365-0.2-0.24291.11540.46071.21310.1090.04710.029-0.1614-0.02870.003-0.1576-0.0084-0.06690.18890.0029-0.01280.15740.03350.163631.9536-14.2092-19.3018
40.1216-0.07670.25930.0143-0.11680.3290.0197-0.23450.1064-0.10820.0549-0.0024-0.0989-0.36750.00050.4560.06750.05380.49150.04450.411124.6848-0.8719-26.5557
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 180 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 181 through 355 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 356 through 857 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 21 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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