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- PDB-5w6v: The Structure of human Argonaute-1 in complex with the hook motif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w6v
タイトルThe Structure of human Argonaute-1 in complex with the hook motif of human GW182
要素
  • Protein argonaute-1
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*AP*UP*UP*AP*AP*AP*A)-3')
  • Trinucleotide repeat-containing gene 6A protein
キーワードGENE REGULATION/RNA / RNA interference / RNA binding proteins / GW motif / GENE REGULATION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA metabolic process ...Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA metabolic process / RISC complex assembly / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / pre-miRNA processing / endoderm development / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / RISC complex / TGFBR3 expression / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / miRNA binding / P-body assembly / MicroRNA (miRNA) biogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II complex binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / Transcriptional Regulation by VENTX / Regulation of MECP2 expression and activity / core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / regulation of mRNA stability / negative regulation of angiogenesis / cellular response to starvation / TP53 Regulates Metabolic Genes / MAPK6/MAPK4 signaling / Oncogene Induced Senescence / P-body / Transcriptional regulation by small RNAs / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / protein-macromolecule adaptor activity / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TNRC6A, RNA recognition motif / TNRC6, PABC binding domain / TNRC6-PABC binding domain / Argonaute hook domain / : / Argonaute hook / paz domain / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute ...TNRC6A, RNA recognition motif / TNRC6, PABC binding domain / TNRC6-PABC binding domain / Argonaute hook domain / : / Argonaute hook / paz domain / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Beta Complex / RNA-binding domain superfamily / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Trinucleotide repeat-containing gene 6A protein / Protein argonaute-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.828 Å
データ登録者Elkayam, E. / Faehnle, C.R. / Joshua-Tor, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Multivalent Recruitment of Human Argonaute by GW182.
著者: Elkayam, E. / Faehnle, C.R. / Morales, M. / Sun, J. / Li, H. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2017年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute-1
R: RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*AP*UP*UP*AP*AP*AP*A)-3')
B: Trinucleotide repeat-containing gene 6A protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,8943
ポリマ－103,8943
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area38120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.750, 136.861, 86.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute-1 / hAgo1 / Argonaute RISC catalytic component 1 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 1 / ...hAgo1 / Argonaute RISC catalytic component 1 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 1 / eIF2C 1 / RNA-binding protein Q99


分子量: 97477.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGO1, EIF2C1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UL18
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*AP*UP*UP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 4029.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: タンパク質・ペプチド Trinucleotide repeat-containing gene 6A protein / CAG repeat protein 26 / EMSY interactor protein / GW182 autoantigen / Protein GW1 / Glycine- ...CAG repeat protein 26 / EMSY interactor protein / GW182 autoantigen / Protein GW1 / Glycine-tryptophan protein of 182 kDa


分子量: 2387.495 Da / 分子数: 1 / Fragment: hook motif (UNP residues 820-841) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNRC6A, CAGH26, KIAA1460, TNRC6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NDV7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.14 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 21.2% w/v PEG3350, 0.1 M di-ammonium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月13日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.828→136.861 Å / Num. obs: 27125 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.828-2.8374.10.5492.50.7910.4140.634100
13.121-136.8610.0230.9990.0240.028

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4KRE

4kre


解像度: 2.828→77.344 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2448 1393 5.14 %
Rwork0.2 --
obs0.2022 27079 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.828→77.344 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6533 215 0 4 6752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6279447
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1654182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461047
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8278-2.92880.30091460.27992509X-RAY DIFFRACTION100
2.9288-3.04610.29011340.27192526X-RAY DIFFRACTION100
3.0461-3.18470.33011570.26492530X-RAY DIFFRACTION100
3.1847-3.35260.25441330.23192533X-RAY DIFFRACTION100
3.3526-3.56270.28911340.21962542X-RAY DIFFRACTION100
3.5627-3.83780.28471300.19922545X-RAY DIFFRACTION100
3.8378-4.22390.2411390.17612575X-RAY DIFFRACTION100
4.2239-4.83510.18521380.15822585X-RAY DIFFRACTION100
4.8351-6.09130.22261450.17742604X-RAY DIFFRACTION100
6.0913-77.37290.21481370.1962737X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3740.16740.19842.75550.55752.87930.02130.3861-0.039-0.79820.05430.2044-0.199-0.3787-0.06490.4535-0.0224-0.0870.47610.09120.349217.42242.5765-16.4334
21.6298-0.03470.52653.49270.44582.6239-0.05820.2709-0.0831-0.56130.01020.1693-0.0511-0.08740.06110.3564-0.02560.02430.37170.01860.359621.329736.4499-12.1738
30.13740.107-0.13982.1342-1.79175.0698-0.1206-0.12460.00520.61510.15450.1755-0.1261-0.30150.01030.43470.02030.14580.34690.00910.62225.78570.6699-7.913
44.1194-0.57530.63714.8297-0.22883.9899-0.52970.4839-0.1676-1.42130.47810.50390.1988-0.15230.12221.0444-0.1007-0.0940.45640.04330.69920.6323-0.2687-22.9787
50.0317-0.0518-0.14621.53840.57681.6529-0.07380.0023-0.1475-0.04530.0869-0.25090.09390.2235-0.05470.2774-0.02120.04520.40770.05220.601730.513831.8969-4.4208
61.30380.31470.23213.29210.41171.91540.2799-0.4248-0.54370.7277-0.2019-0.25530.44730.1601-0.10370.6661-0.0756-0.16050.53260.15850.503320.586311.590632.4982
72.6479-0.38520.40274.0925-0.5692.40690.036-0.0447-0.05760.29020.0190.2868-0.04840.1072-0.08920.2895-0.06520.02550.38540.03830.31719.661527.430621.8026
84.88571.0802-1.33212.4286-0.47162.0956-0.00150.0370.1870.11230.04880.2443-0.1719-0.2236-0.06630.24920.011-0.01920.2484-0.0210.24611.707938.477815.2125
92.48991.7218-0.18256.57-0.17822.38580.1406-0.0932-0.34070.3557-0.0740.3350.2096-0.2405-0.01010.2674-0.0082-0.02180.40430.02540.33411.717323.470220.6494
101.40310.6528-1.18953.0208-0.23511.03640.13890.7922-0.4818-1.07410.3138-0.01210.7939-0.7356-0.5510.74540.0423-0.15870.71680.04530.498825.157822.171214.1015
114.902-2.48532.04611.3786-1.12191.0054-0.3579-0.6177-0.60590.43540.5521-0.20960.2135-0.46870.01610.6814-0.00490.15720.74060.04090.7475-3.258436.177836.2545
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 23:110)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 111:224)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 225:262)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 263:336)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 337:411)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 412:556)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 557:641)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 642:775)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 776:857)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'R' and (resseq 1:9)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 823:839)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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