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- PDB-6o1b: Crystal structure of the TIR domain G601P mutant from human SARM1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o1b
タイトルCrystal structure of the TIR domain G601P mutant from human SARM1, crystal form 1
要素Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Axon degeneration
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of synaptic membrane / negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / NADP+ nucleosidase activity / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NAD+ catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / regulation of synapse pruning / modification of postsynaptic structure / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase ...extrinsic component of synaptic membrane / negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / NADP+ nucleosidase activity / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NAD+ catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / regulation of synapse pruning / modification of postsynaptic structure / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / nervous system process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / regulation of dendrite morphogenesis / response to glucose / response to axon injury / regulation of neuron apoptotic process / signaling adaptor activity / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / neuromuscular junction / nervous system development / microtubule / mitochondrial outer membrane / cell differentiation / axon / innate immune response / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1 / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1 / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(+) hydrolase SARM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Horsefield, S. / Burdett, H. / Zhang, X. / Manik, M.K. / Shi, Y. / Chen, J. / Tiancong, Q. / Gilley, J. / Lai, J. / Gu, W. ...Horsefield, S. / Burdett, H. / Zhang, X. / Manik, M.K. / Shi, Y. / Chen, J. / Tiancong, Q. / Gilley, J. / Lai, J. / Gu, W. / Rank, M. / Casey, L. / Ericsson, D.J. / Foley, G. / Hughes, R.O. / Bosanac, T. / von Itzstein, M. / Rathjen, J.P. / Nanson, J.D. / Boden, M. / Dry, I.B. / Williams, S.J. / Staskawicz, B.J. / Coleman, M.P. / Ve, T. / Dodds, P.N. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 6件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1107804 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1160570 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1071659 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1108859 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP160102244 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP190102526 オーストラリア
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: NAD+cleavage activity by animal and plant TIR domains in cell death pathways.
著者: Horsefield, S. / Burdett, H. / Zhang, X. / Manik, M.K. / Shi, Y. / Chen, J. / Qi, T. / Gilley, J. / Lai, J.S. / Rank, M.X. / Casey, L.W. / Gu, W. / Ericsson, D.J. / Foley, G. / Hughes, R.O. / ...著者: Horsefield, S. / Burdett, H. / Zhang, X. / Manik, M.K. / Shi, Y. / Chen, J. / Qi, T. / Gilley, J. / Lai, J.S. / Rank, M.X. / Casey, L.W. / Gu, W. / Ericsson, D.J. / Foley, G. / Hughes, R.O. / Bosanac, T. / von Itzstein, M. / Rathjen, J.P. / Nanson, J.D. / Boden, M. / Dry, I.B. / Williams, S.J. / Staskawicz, B.J. / Coleman, M.P. / Ve, T. / Dodds, P.N. / Kobe, B.
履歴
登録2019年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5692
ポリマ－16,3741
非ポリマー1951
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.737, 54.138, 74.912
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1 / Sterile alpha and Armadillo repeat protein / Sterile alpha motif domain-containing protein 2 / SAM ...Sterile alpha and Armadillo repeat protein / Sterile alpha motif domain-containing protein 2 / SAM domain-containing protein 2 / Tir-1 homolog


分子量: 16373.768 Da / 分子数: 1 / 変異: G601P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SARM1, KIAA0524, SAMD2, SARM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6SZW1
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 MES pH 6.0, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350; or 0.1 MES pH 6.0, 1 M LiCl, 20% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→43.88 Å / Num. obs: 16080 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 792 / CC1/2: 0.976 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.295 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.67→30.802 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 1604 10 %
Rwork0.185 --
obs0.1896 16032 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→30.802 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1117 0 12 131 1260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2221589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.913439
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01201
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6702-1.72410.27761420.22551282X-RAY DIFFRACTION99
1.7241-1.78570.22971420.2141275X-RAY DIFFRACTION100
1.7857-1.85720.2361440.19941298X-RAY DIFFRACTION100
1.8572-1.94170.24981430.19841286X-RAY DIFFRACTION100
1.9417-2.04410.24431450.18961311X-RAY DIFFRACTION100
2.0441-2.17210.24651430.19311285X-RAY DIFFRACTION100
2.1721-2.33980.2011470.17541318X-RAY DIFFRACTION100
2.3398-2.57510.22751460.18331314X-RAY DIFFRACTION100
2.5751-2.94750.21791460.18651309X-RAY DIFFRACTION100
2.9475-3.71260.2261490.17451342X-RAY DIFFRACTION100
3.7126-30.80770.23621570.18041408X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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