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Yorodumi- PDB-6o0t: Crystal structure of selenomethionine labelled tandem SAM domains... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6o0t | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of selenomethionine labelled tandem SAM domains (L446M:L505M:L523M mutant) from human SARM1 | |||||||||||||||||||||
Components | Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1 | |||||||||||||||||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Axon degeneration | |||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NAD catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / nervous system process ...negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NAD catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / nervous system process / Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds / regulation of dendrite morphogenesis / response to axon injury / response to glucose / signaling adaptor activity / regulation of neuron apoptotic process / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / nervous system development / microtubule / mitochondrial outer membrane / cell differentiation / axon / innate immune response / dendrite / synapse / signal transduction / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.8 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Horsefield, S. / Burdett, H. / Zhang, X. / Manik, M.K. / Shi, Y. / Chen, J. / Tiancong, Q. / Gilley, J. / Lai, J. / Gu, W. ...Horsefield, S. / Burdett, H. / Zhang, X. / Manik, M.K. / Shi, Y. / Chen, J. / Tiancong, Q. / Gilley, J. / Lai, J. / Gu, W. / Rank, M. / Deerain, N. / Casey, L. / Ericsson, D.J. / Foley, G. / Hughes, R.O. / Bosanac, T. / von Itzstein, M. / Rathjen, J.P. / Nanson, J.D. / Boden, M. / Dry, I.B. / Williams, S.J. / Staskawicz, B.J. / Coleman, M.P. / Ve, T. / Dodds, P.N. / Kobe, B. | |||||||||||||||||||||
Funding support | Australia, 6items
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Citation | Journal: Science / Year: 2019 Title: NAD+cleavage activity by animal and plant TIR domains in cell death pathways. Authors: Horsefield, S. / Burdett, H. / Zhang, X. / Manik, M.K. / Shi, Y. / Chen, J. / Qi, T. / Gilley, J. / Lai, J.S. / Rank, M.X. / Casey, L.W. / Gu, W. / Ericsson, D.J. / Foley, G. / Hughes, R.O. ...Authors: Horsefield, S. / Burdett, H. / Zhang, X. / Manik, M.K. / Shi, Y. / Chen, J. / Qi, T. / Gilley, J. / Lai, J.S. / Rank, M.X. / Casey, L.W. / Gu, W. / Ericsson, D.J. / Foley, G. / Hughes, R.O. / Bosanac, T. / von Itzstein, M. / Rathjen, J.P. / Nanson, J.D. / Boden, M. / Dry, I.B. / Williams, S.J. / Staskawicz, B.J. / Coleman, M.P. / Ve, T. / Dodds, P.N. / Kobe, B. | |||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6o0t.cif.gz | 468.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6o0t.ent.gz | 407.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6o0t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o0t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6o0qC 6o0rC 6o0sC 6o0uC 6o0vC 6o0wC 6o1bC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20598.246 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: L446M, L505M, L523M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SARM1, KIAA0524, SAMD2, SARM / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q6SZW1 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 17% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M trisodium citrate, 0.2 M sodium potassium L-tartrate, 10 mM DTT and 0.1 M Tris pH 7.9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 27, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→47.49 Å / Num. obs: 41934 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 49.1 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 6.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.91 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 1.185 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4410 / CC1/2: 0.431 / Rpim(I) all: 0.76 / Rrim(I) all: 1.412 / % possible all: 96.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.8→43.19 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 26.47
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→43.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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