PDB-6o0q: Crystal structure of the TIR domain from human SARM1 in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o0q

タイトル

Crystal structure of the TIR domain from human SARM1 in complex with ribose

要素

Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Axon degeneration

機能・相同性

機能・相同性情報

extrinsic component of synaptic membrane / negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / NADP+ nucleosidase activity / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NAD+ catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / regulation of synapse pruning / modification of postsynaptic structure / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Horsefield, S. / Burdett, H. / Zhang, X. / Manik, M.K. / Shi, Y. / Chen, J. / Tiancong, Q. / Gilley, J. / Lai, J. / Gu, W. ...

資金援助

オーストラリア, 6件

組織	認可番号	国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1107804	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1160570	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1071659	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1108859	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP160102244	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP190102526	オーストラリア

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: NAD+cleavage activity by animal and plant TIR domains in cell death pathways.
著者: Horsefield, S. / Burdett, H. / Zhang, X. / Manik, M.K. / Shi, Y. / Chen, J. / Qi, T. / Gilley, J. / Lai, J.S. / Rank, M.X. / Casey, L.W. / Gu, W. / Ericsson, D.J. / Foley, G. / Hughes, R.O. / ...

履歴

登録	2019年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o0q.cif.gz	181.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o0q.ent.gz	149.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o0q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6o0rC 6o0sC 6o0tC 6o0uC 6o0vC 6o0wC 6o1bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yg6-4 6o0u-2 1kqr-d 5d17-7 6o0r-1 6ha0-1 3ayc-2 5s49-2 6h9y-2 1b1c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1

B: Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1

ヘテロ分子

33 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.986, 86.019, 116.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-977- HOH

#1: タンパク質

Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1 / Sterile alpha and Armadillo repeat protein / Sterile alpha motif domain-containing protein 2 / SAM ...

分子量: 16333.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SARM1, KIAA0524, SAMD2, SARM / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6SZW1

#2: 糖

ChemComp-BDR / beta-D-ribofuranose / beta-D-ribose / D-ribose / ribose / BETA-D-RIBOFURANOSYL / β-D-リボフラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₀O₅

#3: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Bis Tris propane pH 6.5, 0.2 M potassium thiocyanate, 11% PEG3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.33 Å / Num. obs: 31114 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 0.794 / Num. unique obs: 1803 / CC_1/2: 0.884 / R_pim(I) all: 0.299 / R_rim(I) all: 0.843 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(DEV_3357: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→48.28 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	1953	6.3 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.174	31019	97.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2244	0	22	170	2436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2362
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.009	3204
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.221	878
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	360
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	410

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.845	0.3369	135	0.2868	2019	X-RAY DIFFRACTION	96
1.845-1.8949	0.2886	137	0.2519	2039	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8949-1.9507	0.2385	135	0.2171	1982	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9507-2.0136	0.2735	140	0.2021	2066	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0136-2.0856	0.2009	136	0.1751	2001	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0856-2.1691	0.2332	138	0.177	2042	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1691-2.2678	0.1988	139	0.1641	2042	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2678-2.3874	0.2301	136	0.1635	2048	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3874-2.5369	0.1899	140	0.1668	2092	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5369-2.7328	0.2172	140	0.1779	2088	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7328-3.0078	0.2326	137	0.1764	2085	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0078-3.4429	0.1882	142	0.1593	2118	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4429-4.3373	0.1507	144	0.1336	2157	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3373-48.3013	0.2246	154	0.1803	2287	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7989	2.0318	-0.2787	7.1577	-1.9459	6.5664	0.0362	-0.0081	-0.0196	0.0561	-0.0751	-0.2603	0.0309	0.3726	-0.0363	0.0796	0.0212	-0.0039	0.2176	0.0106	0.1766	16.5281	23.6571	29.5668
2	3.596	3.3249	0.0151	5.5702	-0.6812	1.2677	-0.0084	-0.0125	0.06	0.1371	-0.0683	0.0012	0.2389	0.3252	0.0914	0.2163	0.049	-0.0073	0.2546	-0.0005	0.2188	22.2675	19.8401	23.8067
3	5.3543	0.6223	-1.3962	6.3733	2.8216	5.2296	-0.2261	0.4066	-0.0441	-0.2903	0.2044	-0.4352	-0.0021	0.1672	0.0504	0.1872	0.0204	-0.0132	0.3001	0.048	0.1803	18.3575	26.7436	18.4956
4	7.8094	-0.6535	-4.6031	2.3402	-1.0915	4.7061	0.6456	0.3301	0.6513	0.1096	-0.298	-0.3582	-1.0621	0.3064	-0.3785	0.4526	-0.0584	0.0375	0.2795	0.012	0.327	16.6926	42.1791	22.4051
5	6.2853	1.5727	-4.7856	6.263	-1.3559	3.802	0.0401	0.2828	0.1695	-0.2418	-0.032	-0.2969	-0.221	-0.1706	0.0398	0.1718	0.0233	-0.0144	0.2393	0.0415	0.1809	12.7076	30.6768	18.9798
6	4.5389	0.0635	0.6389	2.1549	-3.7978	6.8231	0.1557	0.1041	0.7177	0.3594	0.6416	0.6634	-0.9527	-1.3344	-0.8177	0.4869	0.1282	0.0486	0.3431	0.0657	0.3643	5.6961	41.7287	24.8319
7	5.6323	4.5181	-3.4488	5.119	0.2761	8.4144	-0.0231	0.2404	0.7778	-0.0072	0.2734	0.4695	-0.8594	-0.5577	-0.4204	0.3435	0.06	-0.0204	0.3132	0.0739	0.3375	7.2754	38.3206	16.5757
8	-0.0157	0.1529	-0.14	6.3215	-5.6673	4.8491	-0.0405	0.1997	0.0965	0.0418	0.0905	-0.0422	0.1648	-0.2461	-0.0993	0.1262	0.0019	0.0152	0.3448	0.0021	0.2377	2.7629	25.9051	33.3706
9	3.6646	-0.7989	3.3287	8.1798	0.2334	3.4949	0.0035	0.0362	-0.0677	-0.3961	0.119	0.1401	0.5145	-0.4645	-0.0779	0.1473	-0.0548	0.0274	0.2931	-0.0198	0.221	3.6612	18.2574	28.6111
10	4.9037	-1.1473	0.1343	4.6766	2.3027	5.4952	-0.0611	0.0077	0.0088	0.122	-0.0579	0.2378	0.0006	-0.3594	0.0745	0.1237	-0.0101	0.0025	0.2064	0.0041	0.1692	13.9199	20.9887	45.9544
11	7.7941	-5.6601	-2.9424	6.1495	2.5456	1.7066	-0.1628	-0.2584	-0.2911	-0.005	0.1003	0.1728	0.1861	-0.1464	0.0762	0.2383	-0.0285	-0.0122	0.3347	0.0151	0.2068	7.9532	15.808	50.1272
12	5.9667	0.7645	-2.5334	5.3724	-3.173	7.184	-0.1012	-0.4596	-0.258	0.1103	-0.0452	0.3272	0.1812	-0.2312	0.0766	0.1734	-0.0291	-0.0039	0.2786	-0.0427	0.1392	12.0576	20.3316	57.3668
13	7.4932	0.5051	-2.5124	5.8907	0.5018	2.0201	0.2799	-0.9401	0.8925	0.5575	-0.1928	0.5058	-0.908	-0.4384	-0.2285	0.5063	0.07	0.0234	0.4884	-0.1263	0.4447	13.9259	36.1318	58.7775
14	5.7758	0.6786	-4.3164	6.4481	-1.9227	3.5081	-0.0976	-0.1373	0.17	0.3535	-0.0043	0.3239	-0.1122	-0.0841	0.1143	0.2063	-0.001	-0.0403	0.2936	-0.0525	0.1836	17.722	24.316	57.9184
15	4.7422	-0.5591	1.0291	7.1615	5.5931	4.8299	-0.4278	-0.2504	0.2111	-0.0217	0.6871	-0.2215	-1.0585	1.8668	-0.3421	0.4288	-0.1282	-0.0627	0.435	-0.063	0.3869	24.955	36.4279	56.0982
16	3.2818	-3.7985	-3.4875	8.2951	1.6633	5.1505	-0.2035	-0.9421	1.0859	-0.0505	0.5558	-0.3838	-0.8557	0.7963	-0.3449	0.3511	-0.0206	-0.0632	0.4682	-0.1109	0.298	23.2641	30.6662	62.8755
17	0.4023	-0.2172	-0.4887	1.0019	-0.3048	2.0174	0.0568	0.0956	0.1336	0.0231	0.1586	-0.0752	-0.3006	0.0293	-0.1464	0.1853	0.0109	-0.0005	0.3387	-0.0067	0.2532	27.7179	24.2738	43.0125
18	3.7163	-1.9913	3.399	8.6422	-4.2918	4.3099	-0.0989	0.0235	-0.1604	0.2726	0.3225	-0.0097	0.2507	0.164	0.0101	0.1717	0.0376	0.0271	0.2683	0.0049	0.2092	26.8225	15.5415	45.0763

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 561 through 586 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 587 through 602 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 603 through 622 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 623 through 637 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 638 through 658 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 659 through 669 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 670 through 677 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 678 through 687 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 688 through 700 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 561 through 586 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 587 through 602 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 603 through 622 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 623 through 637 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 638 through 658 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 659 through 669 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 670 through 677 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 678 through 687 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 688 through 700 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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