PDB-6o0d: Saxiphilin Apo structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o0d

タイトル

Saxiphilin Apo structure

要素

Saxiphilin

キーワード

ANTITOXIN / saxitoxin / paralytic shellfish poisoning

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion transport / recycling endosome / antibacterial humoral response / early endosome / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lithobates catesbeiana (カエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Yen, T.J. / Lolicato, M. / Minor, D.L.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	R01-HL080050	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM117263-01A1	米国

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Structure of the saxiphilin:saxitoxin (STX) complex reveals a convergent molecular recognition strategy for paralytic toxins.
著者: Yen, T.J. / Lolicato, M. / Thomas-Tran, R. / Du Bois, J. / Minor Jr., D.L.

履歴

登録	2019年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o0d.cif.gz	328.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o0d.ent.gz	262.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o0d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6o0d_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6o0d_full_validation.pdf.gz	464.9 KB	表示
XML形式データ	6o0d_validation.xml.gz	56.6 KB	表示
CIF形式データ	6o0d_validation.cif.gz	76.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o0d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6o0eC 6o0fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o0e-1 6o0f-1 5oob-2 6o0f-2 6fur-d 3wbf-d 5mu4-d 3uor-d 6eg8-2 6co9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (5) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Saxiphilin

B: Saxiphilin

188 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Saxiphilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
94.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Saxiphilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.158, 111.309, 254.834
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Saxiphilin / SAX 分子量: 94228.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lithobates catesbeiana (カエル) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P31226
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.01 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 5% PEG 8000, and 40% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.17 Å / Num. obs: 95358 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
Aimless	0.5.32	データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→48.168 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	4734	4.98 %
R_work	0.2243	-	-
obs	0.2257	95117	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.168 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12559	0	0	146	12705

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	12849
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.678	17365
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.622	7938
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1887
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2247

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5284	0.4549	135	0.4213	2917	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5284-2.5582	0.4302	158	0.4036	2889	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5582-2.5893	0.4161	137	0.3853	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5893-2.6221	0.4244	158	0.3639	2979	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6221-2.6566	0.4021	151	0.3412	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6566-2.693	0.3839	155	0.3146	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.693-2.7315	0.3122	141	0.2854	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7315-2.7722	0.346	146	0.2809	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7722-2.8156	0.3481	159	0.2762	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8156-2.8617	0.3123	171	0.282	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8617-2.9111	0.343	155	0.2776	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9111-2.964	0.3922	159	0.2996	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.021	0.3211	170	0.274	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
3.021-3.0826	0.2945	172	0.2693	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0826-3.1497	0.2949	142	0.2563	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1497-3.2229	0.2782	175	0.2416	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2229-3.3035	0.2719	165	0.2455	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3035-3.3928	0.2752	162	0.2313	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3928-3.4926	0.2641	165	0.2362	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4926-3.6053	0.3196	161	0.2406	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6053-3.7341	0.2358	172	0.2219	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7341-3.8835	0.2697	152	0.2112	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8835-4.0602	0.248	143	0.1937	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0602-4.2741	0.2159	150	0.1949	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2741-4.5417	0.2049	147	0.1897	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5417-4.8921	0.2152	149	0.1907	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8921-5.3838	0.2122	158	0.198	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3838-6.1615	0.2482	176	0.2246	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1615-7.7576	0.2231	180	0.2254	3090	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7576-48.1772	0.1771	170	0.1718	3266	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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