PDB-6o0f: Saxiphilin:STX complex, co-crystal

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o0f

タイトル

Saxiphilin:STX complex, co-crystal

要素

Saxiphilin

キーワード

ANTITOXIN / saxitoxin / paralytic shellfish poisoning

機能・相同性

機能・相同性情報

recycling endosome / antibacterial humoral response / iron ion transport / early endosome / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lithobates catesbeiana (カエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Yen, T.J. / Lolicato, M. / Minor, D.L.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	R01-HL080050	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM117263-01A1	米国

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Structure of the saxiphilin:saxitoxin (STX) complex reveals a convergent molecular recognition strategy for paralytic toxins.
著者: Yen, T.J. / Lolicato, M. / Thomas-Tran, R. / Du Bois, J. / Minor Jr., D.L.

履歴

登録	2019年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2024年12月25日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o0f.cif.gz	652.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o0f.ent.gz	538.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o0f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o0f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6o0dC 6o0eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o0e-1 6o0d-1 5oob-2 6d0y-d 5ftu-2 6p4f-2 1n52-d 2h5e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (5) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Saxiphilin

B: Saxiphilin

ヘテロ分子

189 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Saxiphilin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
94.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Saxiphilin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.563, 111.656, 254.624
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Saxiphilin / SAX 分子量: 94228.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lithobates catesbeiana (カエル) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P31226
#2: 化合物	ChemComp-9SL / [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate / Saxitoxin / サキシトキシン分子量: 299.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₇O₄ / コメント: 神経毒*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.23 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 5% PEG 8000, and 40% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD). STX: Saxiphilin molar ratio 1:1.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→48.332 Å / Num. obs: 156419 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.12→2.16 Å / Num. unique obs: 156355 / CC_1/2: 0.103

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.12→48.332 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2587	7695	4.99 %
R_work	0.2377	-	-
obs	0.2387	154332	98.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→48.332 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12579	0	42	195	12816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	12915
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.681	17460
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.754	8003
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1891
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2256

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.12-2.1441	0.5331	189	0.5427	3955	X-RAY DIFFRACTION	79
2.1441-2.1693	0.5148	241	0.5235	4369	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1693-2.1958	0.5213	247	0.5061	4642	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1958-2.2236	0.5267	246	0.4895	4782	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2236-2.2528	0.4665	248	0.4679	4918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2528-2.2837	0.4616	234	0.448	4916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2837-2.3163	0.4336	258	0.4376	4906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3163-2.3509	0.4348	270	0.4011	4884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3509-2.3876	0.3938	258	0.3796	4875	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3876-2.4268	0.3684	282	0.3631	4904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4268-2.4686	0.395	252	0.3562	4902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4686-2.5135	0.4057	266	0.3491	4883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5135-2.5618	0.4164	235	0.328	4936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5618-2.6141	0.3593	245	0.3182	4945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6141-2.671	0.3469	252	0.3041	4942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.671-2.7331	0.3057	260	0.2845	4931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7331-2.8014	0.3175	261	0.2873	4902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8014-2.8772	0.3182	261	0.2811	4910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8772-2.9618	0.3259	265	0.2914	4941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9618-3.0574	0.2684	265	0.2661	4938	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0574-3.1667	0.3043	253	0.2613	4967	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1667-3.2934	0.2586	249	0.2447	4979	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2934-3.4433	0.2634	228	0.2418	4984	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4433-3.6248	0.2587	301	0.2353	4917	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6248-3.8518	0.2374	262	0.208	5009	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8518-4.149	0.1989	259	0.188	4989	X-RAY DIFFRACTION	100
4.149-4.5663	0.1817	274	0.1768	5000	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5663-5.2263	0.1982	291	0.1776	5010	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2263-6.582	0.2424	267	0.2159	5100	X-RAY DIFFRACTION	100
6.582-48.3442	0.1944	276	0.1749	5301	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0684	-0.7478	1.1769	0.6848	-0.5659	1.5124	0.0196	0.2535	-0.035	-0.0461	-0.0185	0.1096	-0.0466	-0.0307	0.0202	0.4577	-0.0235	0.0454	0.5876	0.0281	0.5178	27.1823	27.2454	-2.9976
2	1.5391	0.4481	0.7387	1.5712	-0.4003	1.073	-0.172	-0.843	0.4059	0.2501	0.0263	0.5937	-0.6318	-1.3103	0.1189	1.1045	0.5073	-0.1318	1.2606	-0.167	0.7975	13.5756	55.9763	10.8806
3	2.7959	-0.3428	-0.8119	3.0253	-0.2729	2.6971	-0.0948	-0.0238	-0.1297	0.0572	0.0716	0.1258	0.0213	-0.5245	-0.0023	0.3786	-0.0403	-0.0031	0.6697	0.0917	0.4984	16.5208	17.1096	21.1127
4	1.0919	0.0596	0.065	1.3927	1.0436	3.1284	0.0004	-0.056	0.1099	-0.0681	-0.0382	-0.0062	-0.3716	0.0725	0.0332	0.4004	0.0254	-0.0089	0.4487	0.0476	0.4415	38.1406	33.2431	14.1768
5	2.4124	-0.332	0.2517	1.1067	-0.4236	1.1787	-0.0893	0.4814	0.5148	0.1835	0.0206	-0.0453	-1.2421	0.3731	0.038	1.3906	-0.0646	-0.0959	0.6369	0.0491	0.7298	40.3869	63.8979	10.248
6	3.2153	-1.0322	-1.369	2.8415	-0.7838	1.1672	0.332	0.4025	0.296	0.8236	-0.682	-1.0438	-1.3324	1.6229	0.359	1.6473	-0.5231	0.0387	1.567	0.2123	0.9616	53.8333	66.6034	-1.2128
7	1.9998	0.2286	0.7679	1.4136	0.021	2.0788	-0.3846	-0.0192	0.586	-0.0847	0.0508	-0.0827	-1.3102	-0.1574	0.1051	1.2727	-0.0029	-0.0926	0.525	-0.0094	0.7557	39.4372	62.0598	17.2536
8	0.0911	-0.5119	-0.1003	2.417	-1.6333	0.9941	0.0419	-0.0471	-0.0502	0.2011	-0.0984	0.0056	0.0522	-0.1803	0.084	0.7039	-0.0337	0.0068	0.8616	0.0838	0.6	46.966	3.8887	67.7129
9	1.8144	-0.417	0.1883	1.3903	-0.4194	1.5032	0.0458	-0.313	-0.3883	-0.1113	-0.0165	0.054	0.2275	-0.1023	-0.0122	0.6217	-0.0241	0.06	0.7359	0.2264	0.6541	44.3778	0.5109	51.0239
10	2.1385	0.14	-0.5296	0.977	0.1499	2.2631	0.0576	-0.7676	0.0088	0.3005	0.0213	-0.117	-0.0248	0.7996	-0.104	0.5031	0.0037	0.0169	1.0447	0.0957	0.4941	81.0444	15.6317	49.6483
11	2.4189	0.4033	-0.5563	1.1063	-0.3769	2.4208	0.0698	-0.7257	0.1027	0.2164	-0.1066	-0.0934	-0.144	0.9319	0.0415	0.5244	0.0226	0.0212	1.0552	0.079	0.5676	85.4843	15.548	48.77

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 159 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 160 through 232 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 233 through 391 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 392 through 504 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 505 through 618 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 619 through 687 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 688 through 834 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 164 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 165 through 461 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 462 through 637 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 638 through 832 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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