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万見
- PDB-6o0c: NMR ensemble of computationally designed protein XAA_GVDQ mutant M4L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o0c
タイトルNMR ensemble of computationally designed protein XAA_GVDQ mutant M4L
要素Design construct XAA_GVDQ mutant M4L
キーワードDE NOVO PROTEIN
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wei, K.Y. / Moschidi, D. / Nerli, S. / Sgourakis, N. / Baker, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01AI143997 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Computational design of closely related proteins that adopt two well-defined but structurally divergent folds.
著者: Wei, K.Y. / Moschidi, D. / Bick, M.J. / Nerli, S. / McShan, A.C. / Carter, L.P. / Huang, P.S. / Fletcher, D.A. / Sgourakis, N.G. / Boyken, S.E. / Baker, D.
履歴
登録2019年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Design construct XAA_GVDQ mutant M4L
B: Design construct XAA_GVDQ mutant M4L
C: Design construct XAA_GVDQ mutant M4L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9213
ポリマ－32,9213
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area8350 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area14310 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 5000back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Design construct XAA_GVDQ mutant M4L


分子量: 10973.532 Da / 分子数: 3 / 変異: M4L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HSQC
121isotropic13D CM-CMHM NOESY
131isotropic13D CM-NHN NOESY
141isotropic13D HNHA-CMHM NOESY
162isotropic12D 1H-15N HSQC
172isotropic13D HNCO
192isotropic13D HNCA
182isotropic13D HN(CA)CB

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1600 uM U-[15N, 12C, 2H] 13Ce Met 13Cb Ala 13Cd1 Ile 13Cd2 Leu 13Cg2 Val k170_MAI(LV)proS, 95% H2O/5% D2ONMR buffer 20mM Sodium Phosphate pH 6.2 100mM NaCl, 0.01% NaN3, 1 U Roche protease inhibitor cocktailk170_MAI(LV)proS95% H2O/5% D2O
solution2400 uM U-[15N, 13C, 2H] k170_ILVstar, 95% H2O/5% D2ONMR buffer 20mM Sodium Phosphate pH 6.2 100mM NaCl, 0.01% NaN3, 1 U Roche protease inhibitor cocktailk170_ILVstar95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
600 uMk170_MAI(LV)proSU-[15N, 12C, 2H] 13Ce Met 13Cb Ala 13Cd1 Ile 13Cd2 Leu 13Cg2 Val1
400 uMk170_ILVstarU-[15N, 13C, 2H]2
試料状態イオン強度: 100mM NaCl mM / Label: conditions_k170_MAI(LV)proS / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 310.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: TCI cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
RosettaRohl CA, Strauss CE, Misura KM, Baker D精密化
SparkyGoddardデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
RosettaRohl CA, Strauss CE, Misura KM, Baker Dstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 5000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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