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- PDB-6nyp: Crystal structure of UL144/BTLA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nyp
タイトルCrystal structure of UL144/BTLA complex
要素
  • B- and T-lymphocyte attenuator
  • UL144
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Immune evasion protein / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / Costimulation by the CD28 family / signaling receptor activity / adaptive immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
B- and T-lymphocyte attenuator / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...B- and T-lymphocyte attenuator / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B- and T-lymphocyte attenuator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Macacine herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Aruna, B. / Zajonc, D.M. / Doukov, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure of human cytomegalovirus UL144, an HVEM orthologue, bound to the B and T cell lymphocyte attenuator.
著者: Bitra, A. / Nemcovicova, I. / Picarda, G. / Doukov, T. / Wang, J. / Benedict, C.A. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2019年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B- and T-lymphocyte attenuator
B: B- and T-lymphocyte attenuator
C: B- and T-lymphocyte attenuator
D: B- and T-lymphocyte attenuator
E: UL144
F: UL144
G: UL144
H: UL144
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,35518
ポリマ－102,2958
非ポリマー1,06110
水1,00956
1
A: B- and T-lymphocyte attenuator
F: UL144
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0066
ポリマ－25,5742
非ポリマー4324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10620 Å2
手法PISA
2
B: B- and T-lymphocyte attenuator
H: UL144
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7953
ポリマ－25,5742
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area10560 Å2
手法PISA
3
C: B- and T-lymphocyte attenuator
G: UL144
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7664
ポリマ－25,5742
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PISA
4
D: B- and T-lymphocyte attenuator
E: UL144
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7895
ポリマ－25,5742
非ポリマー2153
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area9530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.990, 77.200, 101.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D
17E
27F
18E
28G
19E
29H
110F
210G
111F
211H
112G
212H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A35 - 134
2010B35 - 134
1020A34 - 134
2020C34 - 134
1030A34 - 134
2030D34 - 134
1040B35 - 134
2040C35 - 134
1050B35 - 134
2050D35 - 134
1060C34 - 134
2060D34 - 134
1070E22 - 91
2070F22 - 81
1080E22 - 91
2080G22 - 84
1090E22 - 91
2090H22 - 81
10100F22 - 93
20100G22 - 93
10110F22 - 98
20110H22 - 98
10120G22 - 93
20120H22 - 93

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
B- and T-lymphocyte attenuator / B- and T-lymphocyte-associated protein


分子量: 12387.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTLA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z6A9
#2: タンパク質
UL144


分子量: 13185.677 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macacine herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
糖 , 1種, 2分子

#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 64分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.84 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5, 20 % W/V PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 2.0663 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.0663 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→39.93 Å / Num. obs: 28639 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 53.66 % / Biso Wilson estimate: 75.15 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rrim(I) all: 0.164 / Χ2: 1.071 / Net I/σ(I): 26.91
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.7-2.7753.343.8531.4540850.6153.88997.9
2.77-2.8552.7182.9211.9839880.7572.94999
2.85-2.9351.0762.0842.8238810.8582.10498.8
2.93-3.0251.5311.4743.9737870.9221.48899.1
3.02-3.1253.1331.0055.9436600.961.01599.5
3.12-3.2355.020.728.2935770.9770.72799.6
3.23-3.3554.8580.4911.9934580.9890.49499.9
3.35-3.4953.2520.37215.8432800.9930.37599.4
3.49-3.6451.3380.26320.4131960.9970.265100
3.64-3.8251.8330.21125.5129990.9970.21399.9
3.82-4.0355.2910.15134.5728900.9990.15299.7
4.03-4.2756.4870.10149.3427600.9990.101100
4.27-4.5655.5940.08158.3255210.082100
4.56-4.9353.0650.07759.8240210.078100
4.93-5.450.8340.07459.16217810.075100
5.4-6.0457.9650.0858.81202010.081100
6.04-6.9758.130.07961.96172910.07999.8
6.97-8.5454.9620.0675.8150810.061100
8.54-12.0852.2530.04493.12112110.045100
12.08-39.9359.6130.043114.7660810.04497

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
BUCCANEERモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→39.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 13.337 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.652 / ESU R Free: 0.342
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2765 1432 5 %RANDOM
Rwork0.2297 ---
obs0.232 27207 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 180.01 Å2 / Biso mean: 73.28 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å20.4 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→39.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5391 0 61 56 5508
Biso mean--112.72 64.85 -
残基数----696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0135586
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3551.6697624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1391.57711158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4185684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91723.978269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.10715898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8471522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021060
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A28730.1
12B28730.1
21A28010.12
22C28010.12
31A28420.13
32D28420.13
41B27540.13
42C27540.13
51B27830.14
52D27830.14
61C28950.11
62D28950.11
71E14290.15
72F14290.15
81E13890.14
82G13890.14
91E14010.16
92H14010.16
101F16670.16
102G16670.16
111F19980.1
112H19980.1
121G16570.15
122H16570.15
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 104 -
Rwork0.355 1974 -
all-2078 -
obs--98.53 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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