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- PDB-6nyh: Structure of human RIPK1 kinase domain in complex with GNE684 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nyh
タイトルStructure of human RIPK1 kinase domain in complex with GNE684
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / RIP1 / kinase / RIP / RIP1K RIPK1 / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ripoptosome assembly / positive regulation of miRNA processing / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / peptidyl-serine autophosphorylation / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death ...ripoptosome assembly / positive regulation of miRNA processing / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / peptidyl-serine autophosphorylation / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / TNF signaling / programmed necrotic cell death / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / positive regulation of macrophage differentiation / JUN kinase kinase kinase activity / T cell apoptotic process / necroptotic signaling pathway / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / death-inducing signaling complex / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / positive regulation of necroptotic process / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / death receptor binding / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of programmed necrotic cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRP channels / necroptotic process / response to tumor necrosis factor / positive regulation of execution phase of apoptosis / canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway / signaling adaptor activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / Regulation of TNFR1 signaling / protein catabolic process / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to growth factor stimulus / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to tumor necrosis factor / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of neuron apoptotic process / protein autophosphorylation / response to oxidative stress / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / receptor complex / protein kinase activity / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RIP1, Death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...RIP1, Death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Chem-L8D / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fong, R. / Lupardus, P.J.
引用ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2020
タイトル: RIP1 inhibition blocks inflammatory diseases but not tumor growth or metastases.
著者: Patel, S. / Webster, J.D. / Varfolomeev, E. / Kwon, Y.C. / Cheng, J.H. / Zhang, J. / Dugger, D.L. / Wickliffe, K.E. / Maltzman, A. / Sujatha-Bhaskar, S. / Bir Kohli, P. / Ramaswamy, S. / ...著者: Patel, S. / Webster, J.D. / Varfolomeev, E. / Kwon, Y.C. / Cheng, J.H. / Zhang, J. / Dugger, D.L. / Wickliffe, K.E. / Maltzman, A. / Sujatha-Bhaskar, S. / Bir Kohli, P. / Ramaswamy, S. / Deshmukh, G. / Liederer, B.M. / Fong, R. / Hamilton, G. / Lupardus, P. / Caplazi, P. / Lee, W.P. / van Lookeren Campagne, M. / Johnson, A. / McKenzie, B.S. / Junttila, M.R. / Newton, K. / Vucic, D.
履歴
登録2019年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,85210
ポリマ－67,2262
非ポリマー1,6268
水3,621201
1
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4265
ポリマ－33,6131
非ポリマー8134
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4265
ポリマ－33,6131
非ポリマー8134
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.980, 97.034, 125.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1 / Cell death protein RIP / Receptor-interacting protein 1 / RIP-1


分子量: 33612.855 Da / 分子数: 2 / 変異: C34A, C127A, C233A, C240A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RIPK1, RIP, RIP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13546, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-L8D / (5S)-N-[(3S)-7-methoxy-1-methyl-2-oxo-2,3,4,5-tetrahydro-1H-pyrido[3,4-b]azepin-3-yl]-5-phenyl-6,7-dihydro-5H-pyrrolo[1,2-b][1,2,4]triazole-2-carboxamide


分子量: 432.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24N6O3
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Bis Tris Propane buffer (pH 6.5), 0.2 M sodium iodide, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.52 Å / Num. obs: 32257 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.872 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.723 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1-2155_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ITH

4ith


解像度: 2.1→48.517 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 2154 6.69 %
Rwork0.2025 --
obs0.2056 32202 93.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.517 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4024 0 70 201 4295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9355639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2922509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005706
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.14890.33351380.2712029X-RAY DIFFRACTION96
2.1489-2.20260.30181250.2581879X-RAY DIFFRACTION90
2.2026-2.26220.33581050.24441618X-RAY DIFFRACTION77
2.2622-2.32870.27531570.23262064X-RAY DIFFRACTION98
2.3287-2.40390.30171380.22942065X-RAY DIFFRACTION98
2.4039-2.48980.29731490.21922052X-RAY DIFFRACTION98
2.4898-2.58950.27191700.22692066X-RAY DIFFRACTION99
2.5895-2.70730.33021240.22181901X-RAY DIFFRACTION89
2.7073-2.85010.25591580.21712065X-RAY DIFFRACTION98
2.8501-3.02860.27311440.22662062X-RAY DIFFRACTION97
3.0286-3.26240.24521380.21261935X-RAY DIFFRACTION90
3.2624-3.59060.26651430.19391981X-RAY DIFFRACTION92
3.5906-4.110.2251370.16752009X-RAY DIFFRACTION94
4.11-5.17720.18741560.16152162X-RAY DIFFRACTION98
5.1772-48.52990.21881720.21022160X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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