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- PDB-6nya: Crystal Structure of ubiquitin E1 (Uba1) in complex with Ubc3 (Cd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nya
タイトルCrystal Structure of ubiquitin E1 (Uba1) in complex with Ubc3 (Cdc34) and ubiquitin
要素
  • Ubiquitin
  • Ubiquitin-activating enzyme E1 1
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa
キーワードLIGASE/TRANSFERASE / CONFORMATIONAL CHANGE / THIOESTER / ADENYLATION / THIOESTER TRANSFER / TRANSTHIOESTERIFICATION / ATP-BINDING / UBIQUITIN E2-BINDING / UBIQUITINATION / LIGASE / LIGASE-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / mitochondrial fusion / regulation of metabolic process ...regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / mitochondrial fusion / regulation of metabolic process / silent mating-type cassette heterochromatin formation / SCF ubiquitin ligase complex / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin conjugating enzyme activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / subtelomeric heterochromatin formation / protein autoubiquitination / regulation of mitotic cell cycle / G1/S transition of mitotic cell cycle / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromosome, telomeric region / DNA replication / protein ubiquitination / cell division / mRNA binding / DNA damage response / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2 / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain ...Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2 / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / : / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / FAD/NAD(P)-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ubiquitin-like domain-containing protein / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa / Ubiquitin-activating enzyme E1 1 / Ubiquitin
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.065 Å
データ登録者Olsen, S.K. / Williams, K.M. / Atkison, J.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115568 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural insights into E1 recognition and the ubiquitin-conjugating activity of the E2 enzyme Cdc34.
著者: Williams, K.M. / Qie, S. / Atkison, J.H. / Salazar-Arango, S. / Alan Diehl, J. / Olsen, S.K.
履歴
登録2019年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
B: Ubiquitin
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa
D: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
E: Ubiquitin
F: Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,71246
ポリマ－291,9056
非ポリマー3,80740
水16,376909
1
A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
B: Ubiquitin
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,99725
ポリマ－145,9523
非ポリマー2,04522
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11510 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area52090 Å2
手法PISA
2
D: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
E: Ubiquitin
F: Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,71521
ポリマ－145,9523
非ポリマー1,76318
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11160 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area52250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.445, 68.544, 171.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Ubiquitin-activating enzyme E1 1


分子量: 113704.211 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 11-1024 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UBA1, YKL210W / プラスミド: pET29NTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: P22515, E1 ubiquitin-activating enzyme
#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 9821.071 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 77-152 / Mutation: K6R, K11R, K27R, K29R, K33R, K48R, K63R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: A0A1D6RLC6, UniProt: P69326*PLUS
#3: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa / Cell division control protein 34 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 3 / E3 ubiquitin ligase complex ...Cell division control protein 34 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 3 / E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit CDC34 / Ubiquitin carrier protein / Ubiquitin-protein ligase


分子量: 22427.152 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 3-195 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC34, DNA6, UBC3, YDR054C, D4211, YD9609.08C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: P14682, E2 ubiquitin-conjugating enzyme

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非ポリマー , 5種, 949分子

#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 909 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3,350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 108 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→160.6 Å / Num. obs: 167880 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.07→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.142 / Num. unique obs: 29564 / CC1/2: 0.347 / Rpim(I) all: 0.781

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CMM

3cmm


解像度: 2.065→117.035 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2168 2005 1.2 %
Rwork0.1872 --
obs0.1875 167601 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.065→117.035 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19573 0 223 909 20705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00320170
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5927274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.07312165
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423017
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033546
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.12 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 --
Rwork0.311 --
obs-10692 89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.19350.41230.23810.5655-0.07130.972-0.0325-0.16910.20560.02910.01460.1207-0.0755-0.22880.00260.1710.02530.01160.2433-0.02190.1906-48.126410.8536-16.522
21.18770.06960.35030.8754-0.09971.3030.01350.0069-0.1801-0.22330.0049-0.09360.24090.19260.00670.29380.02150.02550.1804-0.02920.2025-27.6371-8.2285-46.0616
31.20420.20010.09030.7405-0.10670.85330.0153-0.29730.00860.1003-0.02730.00210.0476-0.0573-0.00530.23040.01090.01350.28680.00060.1714-33.92735.9885-5.221
40.4156-0.0626-0.03780.3515-0.29130.92-0.047-0.06690.1346-0.0305-0.0863-0.1628-0.01250.2669-0.02770.1816-0.0280.00560.23440.00690.2708-9.063520.2441-34.2326
50.71840.4230.22420.5883-0.35550.8127-0.04870.32960.1841-0.3235-0.096-0.13040.0279-0.0353-0.19040.2642-0.01920.05640.20250.00650.2032-16.919721.4156-56.0398
60.5982-0.0223-0.04160.5883-0.39350.946-0.00160.05790.1469-0.0616-0.017-0.1026-0.13180.1269-0.00320.2401-0.0380.02680.1838-0.00280.2491-17.026622.2513-38.7949
71.18660.2252-0.14770.9257-0.03560.77770.0749-0.3383-0.1319-0.0186-0.07-0.3756-0.03650.2183-0.00210.16330.01660.01270.2565-0.0040.26044.70368.6069-8.1481
80.01850.0186-0.00660.0388-0.03140.0135-0.17210.4014-0.66810.1908-0.17270.08970.2407-0.1288-0.00010.7012-0.0263-0.07960.2996-0.10220.6146-22.7321-18.5137-24.6532
90.12020.0433-0.04670.03520.01330.0705-0.12120.6505-0.4208-0.3665-0.0144-0.41330.5354-0.23990.00020.6360.0325-0.00670.5198-0.08550.6267-19.2881-16.8981-25.9515
100.7840.11880.06690.7874-0.98061.2887-0.13940.4288-0.5745-0.53220.5132-0.41130.38450.10970.25990.46740.03530.09530.5015-0.19480.5157-12.011-13.9357-27.468
110.06350.02360.06980.0327-0.02150.1534-0.290.4263-0.0549-0.16770.1139-0.5185-0.21010.4913-0.00890.35650.0290.05660.5041-0.0660.498-13.0148-5.9327-23.8055
120.02660.03690.00220.04630.01240.0593-0.0067-0.4293-0.60950.23390.1306-0.43520.62990.47280.00140.4230.1526-0.05310.4276-0.00990.5807-14.7301-13.6501-13.9898
130.0298-0.0293-0.05750.04510.04130.0706-0.1078-0.0525-0.92340.0775-0.0547-0.12250.65840.0691-0.00010.60150.0698-0.03240.35120.01410.6693-21.3308-17.5426-18.0202
140.0432-0.0377-0.01280.03590.01050.0206-0.10650.15240.0923-0.26750.0070.2210.137-0.32410.00050.22990.0512-0.00940.25850.00230.1911-19.42926.7808-21.6689
150.3202-0.0730.33680.0128-0.10990.4660.1836-0.0739-0.04890.436-0.03340.00270.39940.4974-00.53450.04850.06320.58770.07490.53813.18597.7184-26.0829
160.6780.25440.6130.27330.01210.66320.2470.2654-0.1262-0.2249-0.14390.01570.34360.31170.00140.45590.09060.10190.66080.12930.47285.99447.9133-39.4413
171.35550.46490.38731.8147-0.01040.18430.0920.98950.0327-0.72850.0899-0.24050.06710.9728-0.15240.49210.22770.13441.02330.11640.622913.35288.5621-49.4193
181.6620.4152-0.12050.8913-0.16891.11420.1152-0.08330.41910.033-0.04920.1367-0.19540.09060.13280.2885-0.04060.02410.1179-0.00430.2664-51.513620.8755-56.746
191.22110.33070.0641.0124-0.3690.9564-0.0503-0.0252-0.3101-0.21510.01760.00750.3517-0.002500.3173-0.0073-0.00270.15410.00820.2536-44.3048-17.2787-43.4536
201.32390.674-0.52760.9953-0.40141.0531-0.05430.37880.14-0.2230.1480.15150.0273-0.16450.49370.2551-0.0184-0.03930.22270.03210.1795-62.1317.8519-68.4184
210.15520.1164-0.06270.3703-0.1720.0925-0.01-0.1328-0.41590.159-0.17960.58150.2819-0.6856-0.78610.1867-0.13060.01380.7546-0.0980.5717-89.9335-12.577-30.0031
220.9614-0.06130.00520.81690.5421.47370.0525-0.1978-0.1510.0973-0.10230.07140.0731-0.3142-0.05420.2262-0.07150.03280.3550.07630.246-76.019-11.5253-25.9911
231.7916-0.3746-0.89941.6314-0.08750.3692-0.12860.842-0.5877-0.572-0.01450.70550.121-0.4308-0.59290.2914-0.2082-0.23090.4308-0.21750.5382-80.282-12.2939-71.6727
241.8366-0.36250.09190.25890.28690.52880.1821-0.0538-0.46050.2041-0.2302-0.67390.46380.2737-0.21080.52610.1510.01310.26520.03820.546-46.0355-15.7185-63.3449
250.101-0.0125-0.00850.0023-0.00230.00720.027-0.08180.024-0.09410.02940.02880.084-0.1156-0.00051.63580.1819-0.1120.6499-0.32061.076-47.4711-25.3826-74.7979
260.01630.05030.07080.19050.27920.4146-0.2142-0.2467-0.4398-0.2687-0.0064-0.29240.26650.2313-0.16840.79110.11310.0410.29160.21091.0044-54.0684-22.8554-64.1578
271.14660.38660.31840.1836-0.04120.930.09680.3795-0.5377-0.51090.0150.120.34320.04250.3860.5376-0.0075-0.00280.2274-0.10990.2914-55.0226-13.6974-69.9746
280.27220.2154-0.20860.185-0.20660.266-0.11670.24490.43780.04570.08670.37180.1395-0.2473-0.05250.399-0.2557-0.12190.32970.1341.2516-86.3915-31.6112-64.4884
290.01210.002-0.0265-0.0001-0.00890.06770.1620.00460.6019-0.0249-0.17250.3871-0.0761-0.1867-0.12450.4556-0.1779-0.09380.29130.13731.3401-88.1522-26.8233-57.5784
300.21030.1758-0.18340.1346-0.18680.2435-0.2166-0.01090.89310.1644-0.04080.5225-0.1272-0.0187-0.63840.4717-0.27230.1540.1424-0.14911.4032-83.7507-32.1975-50.147
310.20560.220.2110.38030.0960.33340.2868-0.16140.20750.2808-0.07550.0646-0.08780.0290.50280.4785-0.27620.25370.2853-0.32161.1959-77.8206-28.3604-43.0973
320.0322-0.0063-0.0120.0336-0.01320.0098-0.0773-0.6393-0.33540.24680.32050.27230.06670.397-0.00050.5367-0.1070.03670.5821-0.04281.0131-68.5243-25.9724-55.572
331.4797-0.6918-0.43211.01090.09443.0507-0.1441-0.76080.67860.6957-0.4395-0.06260.00140.2671-0.37050.5551-0.28380.07940.4526-0.18331.0342-75.3911-36.4189-41.786
340.9044-0.4377-0.74890.25730.22411.0726-0.0666-0.4690.38710.6336-0.35670.5196-0.14350.2188-0.09180.778-0.30590.22140.6146-0.17631.1484-91.1152-40.9808-41.3392
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 166 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 167 through 264 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 265 through 545 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 546 through 684 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 685 through 763 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 764 through 885 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 886 through 1024 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid -1 through 7 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 8 through 22 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 23 through 34 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 35 through 44 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 45 through 56 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 57 through 70 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 71 through 76 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 3 through 47 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 48 through 120 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 121 through 181 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 11 through 166 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 167 through 264 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 265 through 624 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 625 through 684 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 685 through 844 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 845 through 1024 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 0 through 17 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 18 through 22 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 23 through 34 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 35 through 76 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 5 through 37 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 38 through 46 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 47 through 84 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 85 through 99 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 100 through 120 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 121 through 152 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 153 through 178 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る