PDB-6nx2: Crystal structure of computationally designed protein AAA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nx2

タイトル

Crystal structure of computationally designed protein AAA

要素

Design construct AAA

キーワード

DE NOVO PROTEIN / homotrimer / helix

機能・相同性

BROMIDE ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wei, K.Y. / Bick, M.J.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30 GM124169	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM124149	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Computational design of closely related proteins that adopt two well-defined but structurally divergent folds.
著者: Wei, K.Y. / Moschidi, D. / Bick, M.J. / Nerli, S. / McShan, A.C. / Carter, L.P. / Huang, P.S. / Fletcher, D.A. / Sgourakis, N.G. / Boyken, S.E. / Baker, D.

履歴

登録	2019年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nx2.cif.gz	149.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nx2.ent.gz	121 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nx2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/6nx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/6nx2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nxmC 6ny8C 6nyeC 6nyiC 6nykC 6nz1C 6nz3C 6o0cC 6o0iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xz6-1 6xz6-2 5zvm-d 4o8w-1 7bv6-6 3k8w-d 5j7n-3 30622 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Design construct AAA

B: Design construct AAA

C: Design construct AAA

ヘテロ分子

33.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.592, 51.650, 85.527
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.48, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Design construct AAA 分子量: 11153.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.29 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.03 M of each halide (sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide), 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→70 Å / Num. obs: 16424 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 86.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	DEV_2611	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ROSETTA MODEL

解像度: 2.3→44.04 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 36.99

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	1486	10.04 %
R_work	0.259	-	-
obs	0.261	14808	90.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1944	0	2	11	1957

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1947
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.508	2643
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.617	1227
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	327
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	363

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3031-2.3775	0.4392	98	0.3997	916	X-RAY DIFFRACTION	69
2.3775-2.4624	0.4394	108	0.3515	1027	X-RAY DIFFRACTION	76
2.4624-2.561	0.3333	126	0.3055	1112	X-RAY DIFFRACTION	83
2.561-2.6776	0.2887	128	0.3049	1181	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6776-2.8187	0.3681	139	0.2816	1209	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8187-2.9953	0.3025	143	0.2906	1250	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9953-3.2265	0.342	147	0.311	1294	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2265-3.551	0.266	145	0.2435	1311	X-RAY DIFFRACTION	99
3.551-4.0646	0.2404	150	0.2189	1360	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0646-5.1197	0.1979	150	0.2018	1340	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1197-44.0524	0.3284	152	0.299	1322	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2848	-0.201	-0.4529	0.1603	-1.3587	2.4107	-0.2259	-0.1297	0.1047	0.0604	-0.2112	0.0806	-0.5821	-0.5723	-0.0024	0.5671	-0.0143	-0.0006	0.5989	-0.0412	0.5435	-3.3278	0.9704	38.703
2	0.9912	0.2544	-0.768	-0.1422	0.7803	1.8419	-0.0318	-0.2011	0.0279	0.1996	-0.2962	-0.0592	-0.5204	0.9098	-0.0013	0.7209	-0.0551	-0.0283	0.5074	-0.0191	0.6138	2.2162	2.7795	39.1928
3	0.0038	0.4055	1.2628	0.6846	-0.4712	2.2257	-0.305	-0.0049	-0.0603	0.1603	-0.1555	0.0008	1.2573	0.0931	-0.0013	0.5576	0.077	-0.0063	0.5917	-0.0102	0.5482	1.1649	-2.6699	38.7593

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN 'A' AND RESID 4 THROUGH 92)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN 'B' AND RESID 4 THROUGH 92)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN 'C' AND RESID 4 THROUGH 92)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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