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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nw0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Desulfovibrio desulfuricans Nickel-Substituted Rubredoxin | ||||||
要素 | Rubredoxinルブレドキシン | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / hydrogen evolution / hydrogenase (ヒドロゲナーゼ) / nickel (ニッケル) / energy conversion | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Slater, J.W. / Marguet, S.C. / Gray, M.E. / Sotomayor, M. / Shafaat, H.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019 タイトル: The Power of the Secondary Sphere: Modulating Hydrogenase Activity in Nickel-Substituted Rubredoxin 著者: Slater, J.W. / Marguet, S.C. / Gray, M.E. / Monaco, H.A. / Sotomayor, M. / Shafaat, H.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nw0.cif.gz | 33 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nw0.ent.gz | 20.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nw0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/6nw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/6nw0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5117.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア) 遺伝子: SAMN02910291_00071, rd1 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1K1LMQ8, UniProt: P04170*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 3.5 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, 1.1% v/v MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日 |
放射 | モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 7302 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 12.61 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Mean I/σ(I) obs: 8.38 / Num. unique obs: 311 / Rrim(I) all: 0.163 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6RXN 解像度: 1.85→32.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.968 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.151 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.535 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.85→32.53 Å
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拘束条件 |
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