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- PDB-6nuh: Non-covalent DNA-protein complex between E. coli YedK and ssDNA c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nuh
タイトルNon-covalent DNA-protein complex between E. coli YedK and ssDNA containing an abasic site analog
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PDI)P*GP*GP*A)-3')
  • SOS response-associated peptidase YedK
キーワードdna binding protein/dna / DNA-protein crosslink / abasic site / thiazolidine / replication stress / DNA BINDING PROTEIN / dna binding protein-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA covalent cross-linking activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / SOS response / peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA damage response / proteolysis
類似検索 - 分子機能
SOS response associated peptidase-like / hypothetical protein yedk fold / SOS response associated peptidase (SRAP) / SOS response associated peptidase-like / SOS response associated peptidase (SRAP) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Abasic site processing protein YedK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.594 Å
データ登録者Eichman, B.F. / Amidon, K.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM117299 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P01CA092584 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Protection of abasic sites during DNA replication by a stable thiazolidine protein-DNA cross-link.
著者: Thompson, P.S. / Amidon, K.M. / Mohni, K.N. / Cortez, D. / Eichman, B.F.
履歴
登録2019年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOS response-associated peptidase YedK
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PDI)P*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6753
ポリマ－27,4662
非ポリマー2091
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area10620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.543, 44.129, 55.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SOS response-associated peptidase YedK


分子量: 25478.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yedK, yedG, b1931, JW1916 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P76318, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PDI)P*GP*GP*A)-3') / C3-spacer DNA


分子量: 1987.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.99 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 23% (w/v) PEG 3350, 0.05 M KH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→100 Å / Num. obs: 29626 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.149 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2715 / CC1/2: 0.869 / Rpim(I) all: 0.22 / Rrim(I) all: 0.455 / Χ2: 0.541 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NUA

6nua


解像度: 1.594→39.597 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1773 1481 5 %Random selection
Rwork0.1431 ---
obs0.1447 29612 98.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.594→39.597 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1796 131 14 209 2150
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9632759
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4481162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5938-1.64520.20461260.16912391X-RAY DIFFRACTION93
1.6452-1.7040.22291340.16082555X-RAY DIFFRACTION99
1.704-1.77230.19921340.14732529X-RAY DIFFRACTION99
1.7723-1.85290.17511330.14242541X-RAY DIFFRACTION99
1.8529-1.95060.18571340.13542552X-RAY DIFFRACTION99
1.9506-2.07280.16441350.13092559X-RAY DIFFRACTION99
2.0728-2.23280.16021360.13012579X-RAY DIFFRACTION99
2.2328-2.45750.18931340.14342549X-RAY DIFFRACTION99
2.4575-2.8130.17371370.15182618X-RAY DIFFRACTION100
2.813-3.54380.19061380.14742599X-RAY DIFFRACTION100
3.5438-39.60920.15691400.13932659X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.0288 Å / Origin y: 8.5181 Å / Origin z: -13.6155 Å
111213212223313233
T0.0767 Å20.0082 Å20.0079 Å2-0.0803 Å2-0.004 Å2--0.0912 Å2
L0.6187 °20.2533 °2-0.2166 °2-0.6957 °2-0.1871 °2--0.9931 °2
S-0.0065 Å °-0.0447 Å °-0.0402 Å °0.0536 Å °-0.0064 Å °-0.0692 Å °0.0415 Å °0.1329 Å °0.0127 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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