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万見
- PDB-6nu9: Crystal Structure of a Zinc-Binding Non-Structural Protein from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nu9
タイトルCrystal Structure of a Zinc-Binding Non-Structural Protein from the Hepatitis E Virus
要素Zinc-Binding Non-Structural Protein
キーワードVIRAL PROTEIN / HEV / Non-Structural Protein / Zinc-Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methyltransferase activity / RNA processing / cysteine-type peptidase activity / helicase activity / viral protein processing / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis E virus, cysteine peptidase / Hepatitis E virus, hinge domain / Hepatitis E cysteine protease / Protein of unknown function (DUF3729) / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase ...Hepatitis E virus, cysteine peptidase / Hepatitis E virus, hinge domain / Hepatitis E cysteine protease / Protein of unknown function (DUF3729) / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRITE ION / Methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.761 Å
データ登録者Proudfoot, A. / Bussiere, D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2019
タイトル: First Crystal Structure of a Nonstructural Hepatitis E Viral Protein Identifies a Putative Novel Zinc-Binding Protein.
著者: Proudfoot, A. / Hyrina, A. / Holdorf, M. / Frank, A.O. / Bussiere, D.
履歴
登録2019年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc-Binding Non-Structural Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6414
ポリマ－19,4381
非ポリマー2043
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area7830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.399, 64.399, 158.901
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

NO2

21A-202-

NO2

31A-464-

HOH

41A-519-

HOH

51A-601-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Zinc-Binding Non-Structural Protein


分子量: 19437.670 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 510-691 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89444
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18% w/v PEG3350, 180 mM lithium nitrate, 10 mM nickel chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.761→52.624 Å / Num. obs: 20137 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 33.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.228 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 1.028 / Num. unique obs: 1960 / CC1/2: 0.339 / Rpim(I) all: 0.334

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
PHENIX1.14_3260位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house model

解像度: 1.761→52.624 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2691 952 4.73 %
Rwork0.2369 --
obs0.2385 20136 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 58.58 Å2 / Biso mean: 17.817 Å2 / Biso min: 2.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.761→52.624 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1239 0 10 339 1588
Biso mean--36.64 29.37 -
残基数----168
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.761-1.85390.36731160.368226732789
1.8539-1.970.33131340.297826712805
1.97-2.12210.29221310.271326812812
2.1221-2.33570.29771360.247927062842
2.3357-2.67370.28921380.242527242862
2.6737-3.36850.23711260.20627832909
3.3685-52.64740.22661710.185629463117
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60470.49080.48832.0401-0.84062.3141-0.1307-0.0324-0.02450.13070.12310.11270.093-0.39110.0710.02640.07140.07390.1299-0.0319-0.00410.250416.099477.3104
21.4869-0.2059-0.30241.07330.10892.0734-0.17380.07850.150.06140.09240.0535-0.2201-0.14070.0440.04230.13320.01320.0208-0.08590.02516.737618.361279.1289
31.8442-0.79650.89930.9566-0.78720.6977-0.0586-0.10930.26360.09220.0417-0.0359-0.1403-0.01420.06290.12970.0784-0.03770.1494-0.02660.080410.692823.531584.3165
45.2126-0.3508-2.45242.04730.40283.38770.22940.24340.2176-0.42090.0061-0.5282-0.21190.2269-0.27440.23810.0081-0.04620.0758-0.11150.28885.228434.509274.1594
51.50790.0482-1.7311.5736-0.16973.3829-0.08690.02820.15610.0575-0.02480.086-0.1933-0.29620.07590.10140.0679-0.01570.1754-0.03650.0757-6.751530.307677.6972
61.3252-1.16250.80293.2532-0.93332.16320.0209-0.0241-0.14270.1420.13280.35140.029-0.4516-0.1330.06340.0204-0.01240.1087-0.01470.0696-7.040120.01176.9812
70.47030.0557-0.67371.1538-0.04190.978-0.1339-0.0205-0.21510.31130.04140.10680.1829-0.02850.02990.07050.0388-0.00110.089-0.00680.05460.201412.806777.8217
83.7064-0.01841.15541.70490.22122.8467-0.13340.27230.3434-0.2130.1351-0.2347-0.21250.32790.02230.0842-0.0525-0.00010.1481-0.10720.151917.734819.782570.0745
95.7350.4359-1.24944.44551.11533.5933-0.0410.3870.3412-0.32660.1077-0.0901-0.4913-0.0164-0.04010.0738-0.027-0.07250.0449-0.04760.142210.327725.692370.5676
100.5137-0.5934-0.53891.8843-0.74482.10890.0426-0.19230.50130.24060.0482-0.7059-0.35160.4476-0.10770.13780.0164-0.01770.1702-0.10530.27258.143426.393178.3217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 28 )A7 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 29 through 60 )A29 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 70 )A61 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 71 through 85 )A71 - 85
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 86 through 98 )A86 - 98
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 99 through 116 )A99 - 116
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 117 through 134 )A117 - 134
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 135 through 153 )A135 - 153
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 154 through 168 )A154 - 168
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 169 through 182 )A169 - 182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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