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万見
- PDB-6nsi: Crystal structure of Fe(III)-bound YtgA from Chlamydia trachomatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nsi
タイトルCrystal structure of Fe(III)-bound YtgA from Chlamydia trachomatis
要素Manganese-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / YtgA / solute-binding protein / Chlamydia trachomatis / iron acquisition / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion transport / periplasmic space / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adhesin B / Adhesion lipoprotein / : / Periplasmic solute binding protein, ZnuA-like / Zinc-uptake complex component A periplasmic
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Manganese-binding protein / Metal-binding protein YtgA
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.00006345565 Å
データ登録者Luo, Z. / Campbell, R. / Begg, S.L. / Kobe, B. / McDevitt, C.A.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1071659 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1122582 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP170102102 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2019
タイトル: Structure and Metal Binding Properties of Chlamydia trachomatis YtgA.
著者: Luo, Z. / Neville, S.L. / Campbell, R. / Morey, J.R. / Menon, S. / Thomas, M. / Eijkelkamp, B.A. / Ween, M.P. / Huston, W.M. / Kobe, B. / McDevitt, C.A.
履歴
登録2019年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Manganese-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8375
ポリマ－32,6951
非ポリマー1424
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.841, 61.072, 105.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.945, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-670-

HOH

21A-702-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Manganese-binding protein


分子量: 32694.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
遺伝子: troA, troA_1, ERS015772_00125, ERS082928_00414, ERS177788_00539
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E9D6R1, UniProt: Q9S529*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.2 M CaCl2, 0.01 M FeCl3 and 0.1 M MES, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.08 Å / Num. obs: 20476 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 29.9512762463 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 16.51
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 2001 / CC1/2: 0.734 / Rpim(I) all: 0.39 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX1.12_2829精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PSZ

1psz


解像度: 2.00006345565→19.076725379 Å / SU ML: 0.269741598141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38024537978 / 位相誤差: 25.1403369776
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225204578609 990 4.83705477109 %random selection
Rwork0.179516182994 ---
obs0.181851425707 20467 99.8438948241 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.1926758415 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.00006345565→19.076725379 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2278 0 4 208 2490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008484621793492318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9416229316743130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063689897835346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00506352086264409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6194983044874
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.10540.3256500170311410.246821862932742X-RAY DIFFRACTION99.2426850258
2.1054-2.23710.2965501520911260.2191519959132760X-RAY DIFFRACTION100
2.2371-2.40950.2238079944981360.2047775136332813X-RAY DIFFRACTION99.9322263639
2.4095-2.65140.3356425810271320.2125867640682771X-RAY DIFFRACTION100
2.6514-3.03380.2744636416831490.206251749052771X-RAY DIFFRACTION99.8632010944
3.0338-3.81720.2152078455861510.1715121544352782X-RAY DIFFRACTION99.9659168371
3.8172-19.07760.165401807161550.1403282610952838X-RAY DIFFRACTION99.9665998664

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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