PDB-6nqt: GalNac-T2 soaked with UDP-sugar

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nqt

タイトル

GalNac-T2 soaked with UDP-sugar

要素

Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / Complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

protein O-linked glycosylation via threonine / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / O-glycan processing / O-linked glycosylation of mucins / Golgi stack / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein O-linked glycosylation / Golgi cisterna membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Fernandez, D. / Bertozzi, C.R. / Schumann, B. / Agbay, A.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: Bump-and-Hole Engineering Identifies Specific Substrates of Glycosyltransferases in Living Cells.
著者: Schumann, B. / Malaker, S.A. / Wisnovsky, S.P. / Debets, M.F. / Agbay, A.J. / Fernandez, D. / Wagner, L.J.S. / Lin, L. / Li, Z. / Choi, J. / Fox, D.M. / Peh, J. / Gray, M.A. / Pedram, K. / ...

履歴

登録	2019年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月12日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nqt.cif.gz	589.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nqt.ent.gz	473.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6nqt_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nqt_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	6nqt_validation.xml.gz	107.8 KB	表示
CIF形式データ	6nqt_validation.cif.gz	144.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/6nqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/6nqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e7iC 4d0tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d0t-2 5ndf-2 5fv9-2 5fv9-3 4d0t-3 4d0t-1 5ndf-5 5ndf-1 5fv9-4 4w4h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (5) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

C: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

D: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

E: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

F: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

393 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

C: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

D: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 2 ポリマー
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3

F: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

E: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.575, 120.126, 247.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	ASN	ASN	A	A	76 - 568	76 - 568
2	1	VAL	VAL	ASN	ASN	B	B	76 - 568	76 - 568
1	2	LYS	LYS	LEU	LEU	A	A	75 - 569	75 - 569
2	2	LYS	LYS	LEU	LEU	C	C	75 - 569	75 - 569
1	3	LYS	LYS	LEU	LEU	A	A	75 - 569	75 - 569
2	3	LYS	LYS	LEU	LEU	D	D	75 - 569	75 - 569
1	4	LYS	LYS	LEU	LEU	A	A	75 - 569	75 - 569
2	4	LYS	LYS	LEU	LEU	E	E	75 - 569	75 - 569
1	5	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	82 - 568	82 - 568
2	5	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	82 - 568	82 - 568
1	6	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	76 - 569	76 - 569
2	6	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	76 - 569	76 - 569
1	7	VAL	VAL	ASN	ASN	B	B	76 - 568	76 - 568
2	7	VAL	VAL	ASN	ASN	D	D	76 - 568	76 - 568
1	8	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	76 - 569	76 - 569
2	8	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	76 - 569	76 - 569
1	9	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	82 - 568	82 - 568
2	9	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	82 - 568	82 - 568
1	10	LYS	LYS	LEU	LEU	C	C	75 - 569	75 - 569
2	10	LYS	LYS	LEU	LEU	D	D	75 - 569	75 - 569
1	11	LYS	LYS	LEU	LEU	C	C	75 - 569	75 - 569
2	11	LYS	LYS	LEU	LEU	E	E	75 - 569	75 - 569
1	12	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	82 - 568	82 - 568
2	12	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	82 - 568	82 - 568
1	13	LYS	LYS	LEU	LEU	D	D	75 - 569	75 - 569
2	13	LYS	LYS	LEU	LEU	E	E	75 - 569	75 - 569
1	14	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	82 - 568	82 - 568
2	14	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	82 - 568	82 - 568
1	15	ASN	ASN	LEU	LEU	E	E	82 - 569	82 - 569
2	15	ASN	ASN	LEU	LEU	F	F	82 - 569	82 - 569

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 / Polypeptide GalNAc transferase 2 / pp-GaNTase 2 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 2 / ...Polypeptide GalNAc transferase 2 / pp-GaNTase 2 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 2 / UDP-GalNAc:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 分子量: 64739.562 Da / 分子数: 6 / 変異: ILE253A, LEU310A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GALNT2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q10471, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-LR7 / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-3-(hex-5-ynoylamino)-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl] hydrogen phosphate 分子量: 659.428 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₁N₃O₁₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	THE AUTHORS STATE THAT ATOM C1' IN LR7 IN CHAIN D HAS A WEAK DENSITY, AND THIS IS THE BEST THEY COULD MODEL.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9753 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9753 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→39 Å / Num. obs: 64645 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 44.5 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.135 / R_pim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 3.05→3.21 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.771 / Num. unique obs: 9466 / CC_1/2: 0.646 / R_pim(I) all: 0.521 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4d0t

4d0t

解像度: 3.05→20.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.859 / SU B: 30.728 / SU ML: 0.522 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.553 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28596	3345	5.2 %	RANDOM
R_work	0.23123	-	-	-
obs	0.23408	61083	96.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.875 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.99 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.05→20.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22685	0	264	189	23138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	23505
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	20903
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.06	1.94	31966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.223	2.989	48225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.37	4.959	2961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.613	23.444	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.426	15	3652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.179	15	192
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	3471
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	26512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	5017
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.309	6.608	11760
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.309	6.608	11759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.878	9.906	14679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.878	9.906	14680
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.831	6.623	11745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.831	6.624	11746
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.108	9.883	17288
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.484	76.792	26244
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.483	76.792	26245
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	28048	0.16
1	2	B	28048	0.16
2	1	A	28432	0.16
2	2	C	28432	0.16
3	1	A	28194	0.16
3	2	D	28194	0.16
4	1	A	26718	0.18
4	2	E	26718	0.18
5	1	A	25122	0.18
5	2	F	25122	0.18
6	1	B	27296	0.17
6	2	C	27296	0.17
7	1	B	27212	0.17
7	2	D	27212	0.17
8	1	B	25878	0.18
8	2	E	25878	0.18
9	1	B	24444	0.19
9	2	F	24444	0.19
10	1	C	27406	0.16
10	2	D	27406	0.16
11	1	C	26264	0.17
11	2	E	26264	0.17
12	1	C	24650	0.18
12	2	F	24650	0.18
13	1	D	26006	0.17
13	2	E	26006	0.17
14	1	D	24648	0.18
14	2	F	24648	0.18
15	1	E	23708	0.19
15	2	F	23708	0.19

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.127 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	242	-
R_work	0.366	4436	-
obs	-	-	97.87 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見 (Yorodumi)