[日本語] English
万見
- PDB-6noz: X-ray structure of PEDV papain-like protease 2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6noz
タイトルX-ray structure of PEDV papain-like protease 2
要素Polyprotein
キーワードHYDROLASE / papain-like / viral protein / protease / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell membrane / DNA helicase activity / viral genome replication / methyltransferase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification ...exonuclease activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell membrane / DNA helicase activity / viral genome replication / methyltransferase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / DNA helicase / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Pectin lyase fold/virulence factor / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus ...Pectin lyase fold/virulence factor / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
3C-like proteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Clasman, J.C. / Mesecar, A.D. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI085089 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evaluating ubiquitin specificity of papain-like protease 2 from alphacoronaviruses FIPV and PEDV using structure-guided engineering
著者: Clasman, J.C. / Mesecar, A.D.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4395
ポリマ－27,0981
非ポリマー3424
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Oligomers of PEDV PLP2 form at high concentrations by SDS-PAGE analysis. PEDV PLP2 elutes in one single peak using size exclusion chromatography.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area12410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.722, 65.672, 170.038
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Polyprotein


分子量: 27097.762 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 1688-1933 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: W8QLX4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.98 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1.3 M K/Na tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→100 Å / Num. obs: 20909 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 13.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.177 / Χ2: 1.488 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 148740
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-1.9870.58110210.9130.2350.6271.179100
1.98-2.0270.5319910.9070.2150.5731.18100
2.02-2.0670.48510730.9390.1960.5231.209100
2.06-2.17.10.43510050.9310.1750.471.256100
2.1-2.157.20.40310410.9460.1610.4341.214100
2.15-2.27.10.36610290.9630.1470.3951.225100
2.2-2.257.20.33410240.9690.1330.361.239100
2.25-2.317.20.3310430.9680.1320.3561.218100
2.31-2.387.20.30110170.9660.120.3251.254100
2.38-2.467.20.27210450.9810.1080.2931.24100
2.46-2.547.20.24210440.9840.0970.2611.271100
2.54-2.657.30.21510310.9830.0860.2311.303100
2.65-2.777.20.18310600.9890.0730.1971.325100
2.77-2.917.30.16610420.9920.0660.1791.327100
2.91-3.17.20.13610280.9930.0540.1461.448100
3.1-3.337.20.12410510.9910.050.1341.957100
3.33-3.6770.10610580.9930.0440.1142.591100
3.67-4.26.90.09110730.9960.0380.0992.788100
4.2-5.297.20.06610770.9970.0270.0712.076100
5.29-1006.80.04911560.9990.020.0531.42199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MP2

3mp2


解像度: 1.95→35.928 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1931 1945 9.61 %
Rwork0.1447 --
obs0.1493 20248 96.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 62.17 Å2 / Biso mean: 16.7414 Å2 / Biso min: 3.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→35.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1905 0 19 357 2281
Biso mean--38.82 26.58 -
残基数----248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072010
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0252746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.476698
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9461-1.99480.2271300.16661213134392
1.9948-2.04870.22651350.16091262139794
2.0487-2.1090.21271330.15081252138596
2.109-2.17710.21291380.15571295143396
2.1771-2.25490.21071370.14811267140496
2.2549-2.34510.20411300.15031262139295
2.3451-2.45180.21321380.15321293143196
2.4518-2.58110.24321390.15051308144797
2.5811-2.74270.18951420.15791324146698
2.7427-2.95440.1951400.15261322146298
2.9544-3.25150.17811400.14941330147099
3.2515-3.72160.17441460.12551363150999
3.7216-4.68720.1411440.11561367151199
4.6872-35.93410.19681530.149714451598100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る