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万見
- PDB-6now: Human Mitochondrial Alanyl-tRNA Synthetase C-Ala domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6now
タイトルHuman Mitochondrial Alanyl-tRNA Synthetase C-Ala domain
要素Alanine--tRNA ligase, mitochondrial
キーワードLIGASE / Alanyl-tRNA synthetase / mitochondria / C-terminal domain / alpha-beta domain
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial alanyl-tRNA aminoacylation / alanine-tRNA ligase / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / Mitochondrial tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA binding / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD ...Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Translation protein, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Alanine--tRNA ligase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.099 Å
データ登録者Kuhle, B. / Schimmel, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Relaxed sequence constraints favor mutational freedom in idiosyncratic metazoan mitochondrial tRNAs.
著者: Kuhle, B. / Chihade, J. / Schimmel, P.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _struct.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine--tRNA ligase, mitochondrial
B: Alanine--tRNA ligase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0332
ポリマ－44,0332
非ポリマー00
水00
1
A: Alanine--tRNA ligase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0161
ポリマ－22,0161
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alanine--tRNA ligase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0161
ポリマ－22,0161
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.420, 104.420, 164.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 793 or (resid 794 and (name...
21(chain B and (resseq 793:797 or resseq 799:810 or resseq...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLYGLY(chain A and (resseq 793 or (resid 794 and (name...AA79311
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resseq 793 or (resid 794 and (name...AA79412
13ALAALALEULEU(chain A and (resseq 793 or (resid 794 and (name...AA786 - 9864 - 204
14ALAALALEULEU(chain A and (resseq 793 or (resid 794 and (name...AA786 - 9864 - 204
15ALAALALEULEU(chain A and (resseq 793 or (resid 794 and (name...AA786 - 9864 - 204
16ALAALALEULEU(chain A and (resseq 793 or (resid 794 and (name...AA786 - 9864 - 204
17ALAALALEULEU(chain A and (resseq 793 or (resid 794 and (name...AA786 - 9864 - 204
21GLYGLYALAALA(chain B and (resseq 793:797 or resseq 799:810 or resseq...BB793 - 79711 - 15
22GLUGLUGLYGLY(chain B and (resseq 793:797 or resseq 799:810 or resseq...BB799 - 81017 - 28
23ARGARGALAALA(chain B and (resseq 793:797 or resseq 799:810 or resseq...BB812 - 81530 - 33
24ARGARGGLYGLY(chain B and (resseq 793:797 or resseq 799:810 or resseq...BB817 - 82535 - 43
25ARGARGARGARG(chain B and (resseq 793:797 or resseq 799:810 or resseq...BB82644
26GLUGLULEULEU(chain B and (resseq 793:797 or resseq 799:810 or resseq...BB791 - 9869 - 204
27GLUGLULEULEU(chain B and (resseq 793:797 or resseq 799:810 or resseq...BB791 - 9869 - 204
28GLUGLULEULEU(chain B and (resseq 793:797 or resseq 799:810 or resseq...BB791 - 9869 - 204
29GLUGLULEULEU(chain B and (resseq 793:797 or resseq 799:810 or resseq...BB791 - 9869 - 204

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要素

#1: タンパク質 Alanine--tRNA ligase, mitochondrial / Alanyl-tRNA synthetase / AlaRS


分子量: 22016.475 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 783-985) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AARS2, AARSL, KIAA1270 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JTZ9, alanine-tRNA ligase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M imidazole, 2 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97938 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月24日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→35.89 Å / Num. obs: 6904 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.568 % / Biso Wilson estimate: 205.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 17.45 / Num. measured all: 52247
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
4.1-4.217.0280.6842.7435425065040.8730.73899.6
4.21-4.328.0020.4094.6238734844840.9830.438100
4.32-4.457.9440.3056.1938614864860.9790.326100
4.45-4.587.8780.2397.4237424764750.9890.25699.8
4.58-4.737.8640.2188.3935944574570.990.233100
4.73-4.97.60.2228.431924224200.9830.23899.5
4.9-5.087.2410.18310.231284324320.9860.197100
5.08-5.297.5150.18110.4431944254250.990.194100
5.29-5.538.0080.15612.2830993873870.9940.167100
5.53-5.87.9640.15712.7230583843840.9890.168100
5.8-6.117.7490.11216.9427203513510.9950.12100
6.11-6.487.5880.0822.7326183463450.9960.08699.7
6.48-6.936.8980.05727.8721733163150.9980.06299.7
6.93-7.487.9050.04933.3223322952950.9990.052100
7.48-8.27.6870.03941.2420602682680.9990.041100
8.2-9.177.2330.03544.618592572570.9990.038100
9.17-10.586.7040.02847.0114482182160.9990.0399.1
10.58-12.967.3910.03149.5513601841840.9990.033100
12.96-18.336.8950.0348.85104815215210.033100
18.33-35.895.1640.0442.7934678670.9980.04485.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.1 Å35.89 Å
Translation4.1 Å35.89 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6NLY

6nly


解像度: 4.099→35.89 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 40.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 345 5.01 %
Rwork0.2332 6539 -
obs0.2358 6884 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 527.07 Å2 / Biso mean: 259.1622 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.099→35.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2909 0 0 0 2909
残基数----397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6533993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003502
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2721835
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1742X-RAY DIFFRACTION3.415TORSIONAL
12B1742X-RAY DIFFRACTION3.415TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.0995-5.16250.34761710.26963246341799
5.1625-35.8910.26341740.222432933467100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4245-0.25-0.13244.07322.73871.13482.27123.3852.5523-2.1003-0.08090.23822.06141.2055-0.05534.0553-0.21161.06483.60370.04612.40251.6285-47.1482-55.5778
28.2434-4.1274-3.95091.1788-0.02325.54231.3971-1.88641.3632-1.2633-1.8441-0.42621.0822-0.8202-0.49821.8787-0.3797-0.26742.22770.32881.9326-8.66-44.6529-43.7987
39.37780.15011.51350.5239-2.90089.2649-0.72330.67420.25250.28180.07911.8072-0.55830.14330.79651.6781-0.23680.36251.8888-0.07472.3683-22.7827-48.4274-17.2004
40.061-0.13280.0050.17970.10241.1657-1.44540.61171.39421.00880.93035.33150.1735-1.3278-1.42752.5946-0.1557-0.44564.95040.35183.84-9.711-54.39099.9096
52.24173.53489.79368.58643.18327.7452-0.25352.4134-1.52634.72441.40941.79581.67195.31921.74242.8198-0.1510.49962.68820.04041.4939-11.9576-55.55730.5226
60.663-3.2912-2.31646.5501-2.31599.15710.1161-0.71090.67360.8889-0.681-0.6433-1.76221.80610.93861.4088-0.626-0.46392.30870.41191.8438-7.6536-37.7243-19.6512
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 786 through 809 )A786 - 809
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 810 through 875 )A810 - 875
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 876 through 986 )A876 - 986
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 791 through 809 )B791 - 809
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 810 through 837 )B810 - 837
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 838 through 986 )B838 - 986

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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