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万見
- PDB-2pzz: 2.2 A resolution crystal structure of UPF0201 protein from Methan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pzz
タイトル2.2 A resolution crystal structure of UPF0201 protein from Methanococcus jannaschii
要素UPF0201 protein MJ1564
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / UPF0201 / MJ1564 / 10077a3 / Methanococcus jannaschii / PSI2 / NYSGXRC / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性Uncharacterised protein family UPF0201 / RNA binding / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / UPF0201 protein MJ1564
機能・相同性情報
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rao, K.N. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2008
タイトル: UPF201 archaeal specific family members reveal structural similarity to RNA-binding proteins but low likelihood for RNA-binding function.
著者: Rao, K.N. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2007年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0201 protein MJ1564
B: UPF0201 protein MJ1564
C: UPF0201 protein MJ1564
D: UPF0201 protein MJ1564


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5844
ポリマ－67,5844
非ポリマー00
水1,49583
1
A: UPF0201 protein MJ1564
C: UPF0201 protein MJ1564


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7922
ポリマ－33,7922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12970 Å2
手法PISA
2
B: UPF0201 protein MJ1564
D: UPF0201 protein MJ1564


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7922
ポリマ－33,7922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.520, 50.150, 73.820
Angle α, β, γ (deg.)70.34, 72.61, 84.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
UPF0201 protein MJ1564


分子量: 16896.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
生物種: Methanocaldococcus jannaschii / 株: DSM 2661, JAL-1, JCM 10045, NBRC 100440 / 遺伝子: MJ1564 / プラスミド: pSGX3(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58959
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium acetate, HEPES Buffer, PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月1日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 30128 / Num. obs: 30128 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2775 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→47.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 120713.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues listed as missing in Remark 465 are due to lack of electron density. Residues with missing atoms listed in Remark 470 are due to lack of electron density for side chains and modeled as alanines.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 864 3 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs0.249 29198 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.4452 Å2 / ksol: 0.364126 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å26.45 Å2-1.06 Å2
2--0.49 Å2-12.28 Å2
3----0.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3843 0 0 83 3926
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.712.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 143 3.3 %
Rwork0.295 4213 -
obs--85.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4&_1_PARAMETER_INFILE_4&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5&_1_PARAMETER_INFILE_5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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