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万見
- PDB-6nou: An scFv derived from ixekizumab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nou
タイトルAn scFv derived from ixekizumab
要素scFv derived from ixekizumab
キーワードIMMUNE SYSTEM / IL17 / IL-17 / Ixekizumab / scFv / antibody
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.914 Å
データ登録者Durbin, J.D. / Clawson, D.K. / Lu, F. / Tian, Y. / Lu, J. / Atwell, S.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2019
タイトル: Development of tibulizumab, a tetravalent bispecific antibody targeting BAFF and IL-17A for the treatment of autoimmune disease.
著者: Benschop, R.J. / Chow, C.K. / Tian, Y. / Nelson, J. / Barmettler, B. / Atwell, S. / Clawson, D. / Chai, Q. / Jones, B. / Fitchett, J. / Torgerson, S. / Ji, Y. / Bina, H. / Hu, N. / Ghanem, M. ...著者: Benschop, R.J. / Chow, C.K. / Tian, Y. / Nelson, J. / Barmettler, B. / Atwell, S. / Clawson, D. / Chai, Q. / Jones, B. / Fitchett, J. / Torgerson, S. / Ji, Y. / Bina, H. / Hu, N. / Ghanem, M. / Manetta, J. / Wroblewski, V.J. / Lu, J. / Allan, B.W.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv derived from ixekizumab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9872
ポリマ－27,8951
非ポリマー921
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.445, 127.304, 43.023
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-470-

HOH

21A-551-

HOH

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要素

#1: 抗体 scFv derived from ixekizumab


分子量: 27895.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 % / 解説: 50um cube
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2800mM Sodium Acetate pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.914→63.652 Å / Num. obs: 19243 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 29.19 Å2 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.065 / Rsym value: 0.054 / Net I/av σ(I): 12.8 / Net I/σ(I): 20.8 / Num. measured all: 116086
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.914-2.025.90.481.621220.240.5920.4873.7
2.02-2.146.20.2972.626870.1410.3560.29796.5
2.14-2.296.20.195425410.0930.2350.19597.4
2.29-2.476.20.1455.423980.0690.1740.14598.1
2.47-2.716.20.1027.621870.0490.1220.10297.2
2.71-3.036.10.05912.920410.0280.0710.05998.8
3.03-3.4960.03520.617920.0170.0420.03598.3
3.49-4.285.90.02725.415480.0130.0310.02798.6
4.28-6.055.70.02227.912120.0110.0260.02299.1
6.05-63.6525.50.01931.77150.010.0220.01998.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.11.7精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.914→63.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU R Cruickshank DPI: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Blow DPI: 0.149 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.145
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 932 4.84 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 19241 93.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 87.84 Å2 / Biso mean: 31.19 Å2 / Biso min: 14.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0848 Å20 Å20 Å2
2--7.2838 Å20 Å2
3----7.199 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.914→63.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1757 0 6 164 1927
Biso mean--52.08 42.35 -
残基数----231
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d593SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes309HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1834HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion241SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2268SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1834HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2503HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.87
LS精密化 シェル解像度: 1.914→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2015 17 4.06 %
Rwork0.214 402 -
obs--60.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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