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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6noo | ||||||
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タイトル | Structure of Cyanothece McdA-AMPPNP complex | ||||||
![]() | Maintenance of carboxysome positioning A protein, MCDA | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schumacher, M.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of maintenance of carboxysome distribution Walker-box McdA and McdB adaptor homologs. 著者: Schumacher, M.A. / Henderson, M. / Zhang, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 213.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 169.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29915.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ATP / | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.56 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2 M sodium thiocyanate, 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.5→134.14 Å / Num. obs: 81993 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.021 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 20.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 6986 / CC1/2: 0.356 / Rpim(I) all: 0.75 / Rsym value: 1.28 / % possible all: 99.9 |
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 6NON 解像度: 2.5→134.14 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.87 / 位相誤差: 24.3
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / Bsol: 54.034 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 253.51 Å2 / Biso mean: 73.61 Å2 / Biso min: 38.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→134.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -1.5084 Å / Origin y: -63.6188 Å / Origin z: -26.1516 Å
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精密化 TLSグループ |
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