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- PDB-6noo: Structure of Cyanothece McdA-AMPPNP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6noo
タイトルStructure of Cyanothece McdA-AMPPNP complex
要素Maintenance of carboxysome positioning A protein, MCDA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / McdA / McdB / carboxysome / ParA-like / Walker A
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon fixation / nucleoid / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / hydrolase activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Maintenance of carboxysome distribution protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanothece (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structures of maintenance of carboxysome distribution Walker-box McdA and McdB adaptor homologs.
著者: Schumacher, M.A. / Henderson, M. / Zhang, H.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maintenance of carboxysome positioning A protein, MCDA
B: Maintenance of carboxysome positioning A protein, MCDA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3624
ポリマ－59,8312
非ポリマー5312
水63135
1
A: Maintenance of carboxysome positioning A protein, MCDA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9151
ポリマ－29,9151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Maintenance of carboxysome positioning A protein, MCDA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4473
ポリマ－29,9151
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.891, 154.891, 181.299
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Maintenance of carboxysome positioning A protein, MCDA


分子量: 29915.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cyanothece (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7KMS4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2 M sodium thiocyanate, 0.1 M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→134.14 Å / Num. obs: 81993 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.021 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 6986 / CC1/2: 0.356 / Rpim(I) all: 0.75 / Rsym value: 1.28 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NON

6non


解像度: 2.5→134.14 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.87 / 位相誤差: 24.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 3703 4.52 %
Rwork0.1973 --
obs0.1986 81993 97.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / Bsol: 54.034 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 253.51 Å2 / Biso mean: 73.61 Å2 / Biso min: 38.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3705 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.3705 Å20 Å2
3----4.7411 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→134.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3898 0 32 35 3965
Biso mean--82.78 66.44 -
残基数----518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1685432
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072632
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004695
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0181481
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.58940.37613150.3646671698683
2.5894-2.69310.38013530.3487424777793
2.6931-2.81570.36423730.31987955832899
2.8157-2.96410.32513890.269980078396100
2.9641-3.14990.28573740.233480358409100
3.1499-3.39310.23313840.198980398423100
3.3931-3.73460.19213840.173980268410100
3.7346-4.2750.19153830.157580318414100
4.275-5.38610.17953710.146580578428100
5.3861-134.3330.21463770.207580458422100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.5084 Å / Origin y: -63.6188 Å / Origin z: -26.1516 Å
111213212223313233
T0.274 Å2-0.087 Å2-0.0113 Å2-0.6281 Å20.0041 Å2--0.4291 Å2
L0.9804 °2-0.2418 °2-1.2131 °2-0.1783 °20.0591 °2--1.3659 °2
S-0.1404 Å °0.0222 Å °-0.0693 Å °-0.0294 Å °0.0662 Å °0.0101 Å °-0.0424 Å °-0.0758 Å °-0.0006 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-7 - 251
2X-RAY DIFFRACTION1allB-7 - 251
3X-RAY DIFFRACTION1allF501
4X-RAY DIFFRACTION1allG4
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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