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万見
- PDB-6no2: ADP bound to K114bD mutant ATP-grasp fold of Blastocystis hominis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6no2
タイトルADP bound to K114bD mutant ATP-grasp fold of Blastocystis hominis succinyl-CoA synthetase
要素Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
キーワードLIGASE / Complex / Mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenosome / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA metabolic process / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Succinate--CoA synthetase, beta subunit / ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 3. / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase / CoA-ligase / Succinyl-CoA synthetase-like / ATP-grasp fold, subdomain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Blastocystis sp. subtype 1
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.159 Å
データ登録者Huang, J. / Fraser, M.E.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)222915-2013 カナダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: ATP-specificity of succinyl-CoA synthetase from Blastocystis hominis.
著者: Huang, J. / Nguyen, V.H. / Hamblin, K.A. / Maytum, R. / van der Giezen, M. / Fraser, M.E.
履歴
登録2019年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
B: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1327
ポリマ－55,1942
非ポリマー9385
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area20980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.021, 77.748, 77.112
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.170, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

CL

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 59 or resid 69 through 123 or resid 132 through 233))
21(chain B and (resid 2 through 59 or resid 69 through 123 or resid 132 through 233))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 2 through 59 or resid 69 through 123 or resid 132 through 233))A2 - 59
121(chain A and (resid 2 through 59 or resid 69 through 123 or resid 132 through 233))A69 - 123
131(chain A and (resid 2 through 59 or resid 69 through 123 or resid 132 through 233))A132 - 233
211(chain B and (resid 2 through 59 or resid 69 through 123 or resid 132 through 233))B2 - 59
221(chain B and (resid 2 through 59 or resid 69 through 123 or resid 132 through 233))B69 - 123
231(chain B and (resid 2 through 59 or resid 69 through 123 or resid 132 through 233))B132 - 233

-
要素

#1: タンパク質 Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta / Succinyl-CoA synthetase beta chain / SCS-beta


分子量: 27596.965 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 16-253 / 変異: K114D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Blastocystis sp. subtype 1 (strain ATCC 50177 / NandII) (真核生物)
株: ATCC 50177 / NandII / 遺伝子: SCSb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B3FHP0, succinate-CoA ligase (ADP-forming)
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12% w/v PEG3350, 100 mM MES, pH 5.3, 225 mM ammonium tartrate, pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月19日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.159→54.56 Å / Num. obs: 29604 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 34.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.16-2.2230.592199.8
9.66-54.563.20.041199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.159→54.544 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 27.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 1428 4.82 %
Rwork0.2216 --
obs0.2231 29596 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 217.4 Å2 / Biso mean: 58.8993 Å2 / Biso min: 19.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.159→54.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3506 0 87 97 3690
Biso mean--83.46 37.69 -
残基数----456
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2058X-RAY DIFFRACTION4.05TORSIONAL
12B2058X-RAY DIFFRACTION4.05TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1589-2.23610.29611230.27512802292599
2.2361-2.32560.29561480.260927722920100
2.3256-2.43150.32481480.249828292977100
2.4315-2.55970.30861380.249628092947100
2.5597-2.720.25471350.240727962931100
2.72-2.93010.28251520.2372793294599
2.9301-3.22490.26521470.222428262973100
3.2249-3.69140.23181530.220628142967100
3.6914-4.65050.24671340.191728432977100
4.6505-54.5610.2081500.209228843034100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.835-0.1269-0.55690.345-0.05060.46540.0279-0.07410.27360.01870.0706-0.0556-0.1610.031300.3054-0.0257-0.00060.2911-0.06210.3083-4.457910.727312.6725
20.52650.31080.23660.67320.30940.6201-0.0237-0.1214-0.04140.14160.0058-0.2263-0.0524-0.0244-00.3096-0.0413-0.04750.2934-0.00580.27813.67435.26634.4822
30.60110.4088-0.37150.5828-0.04330.3705-0.07860.068-0.241-0.02110.0744-0.1910.1667-0.0164-0.00060.2863-0.0460.0340.2456-0.02910.3217-8.9986-18.64669.4777
40.97830.02780.77440.71390.34490.77250.0546-0.0752-0.0983-0.0869-0.09410.17530.0021-0.1984-00.2694-0.05660.00980.2798-0.05410.3058-31.5712-13.0493.6607
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:115)A1 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 116:233)A116 - 233
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 1:116)B1 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 117:233)B117 - 233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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