+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nlr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the putative histidinol phosphatase hisK from Listeria monocytogenes with trinuclear metals determined by PIXE revealing sulphate ion in active site. Based on PIXE analysis and original date from 3DCP | ||||||
要素 | Histidinol-phosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / HISTIDINOL PHOSPHATASE / HISK / HISTIDINE BIOSYNTHESIS / NESG / LMR14 / PIXE / TRINUCLEAR / SULPHATE | ||||||
機能・相同性 | Metal-dependent hydrolases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / : / : / : / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Listeria monocytogenes serotype 4b str. H7858 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Snell, E.H. / Garman, E.F. / Lowe, E.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020 タイトル: High-Throughput PIXE as an Essential Quantitative Assay for Accurate Metalloprotein Structural Analysis: Development and Application. 著者: Grime, G.W. / Zeldin, O.B. / Snell, M.E. / Lowe, E.D. / Hunt, J.F. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Snell, E.H. / Garman, E.F. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 0 | THIS ENTRY 6NLR REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 3DCP, DETERMINED BY S.M. ...THIS ENTRY 6NLR REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 3DCP, DETERMINED BY S.M.VOROBIEV,M.SU,J.SEETHARAMAN,L.ZHAO,L.MAO,E.L.FOOTE,R.XIAO,R.NAIR,M.C.BARAN,T.B.ACTON,B.ROST,G.T.MONTELIONE,J.F.HUNT,L.TONG,NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nlr.cif.gz | 345.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6nlr.ent.gz | 296.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nlr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6nlr_validation.pdf.gz | 459.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6nlr_full_validation.pdf.gz | 462.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6nlr_validation.xml.gz | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6nlr_validation.cif.gz | 51.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/6nlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/6nlr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 32847.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serotype 4b str. H7858 (バクテリア) 遺伝子: hisk, DYZ35_00104 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) + MAGIC / 参照: UniProt: A0A3A6YEN9, histidinol-phosphatase |
---|
-非ポリマー , 6種, 543分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 3DCP. |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 15% PEG 8000, 0.17 M SODIUM ACETATE, 0.01 M L-CYSTEINE, 0.1 M MES PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月21日 / 詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR, TOROID, FOCUSING MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→41.6 Å / Num. obs: 114574 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 23.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 12134 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→41.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 7.658 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.275 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→41.6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|