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- PDB-6nl1: Structure of T. brucei MERS1 protein in its apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nl1
タイトルStructure of T. brucei MERS1 protein in its apo form
要素Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / MERS1 / mRNA processing / nudix
機能・相同性NUDIX domain / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.297 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2020
タイトル: Structures of MERS1, the 5' processing enzyme of mitochondrial mRNAs inTrypanosoma brucei.
著者: Schumacher, M.A. / Henderson, M. / Zeng, W.
履歴
登録2019年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0985
ポリマ－44,7141
非ポリマー3844
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
ヘテロ分子

A: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
ヘテロ分子

A: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
ヘテロ分子

A: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,39420
ポリマ－178,8574
非ポリマー1,53716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area10900 Å2
ΔGint-262 kcal/mol
Surface area50570 Å2
手法PISA
3
A: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
ヘテロ分子

A: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,19710
ポリマ－89,4282
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area26570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.160, 122.160, 170.101
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-573-

HOH

21A-743-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Mitochondrial edited mRNA stability factor 1


分子量: 44714.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: MERS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6SBM0
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6 M Magnesium sulphate, 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.297→49.975 Å / Num. obs: 33970 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.028 / Rsym value: 0.45 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.2975→2.356 Å / CC1/2: 0.879 / Rpim(I) all: 0.278 / Rsym value: 0.345

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.297→49.975 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2131 1718 5.06 %
Rwork0.1875 --
obs0.1889 33970 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / Bsol: 48.741 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 155.59 Å2 / Biso mean: 40.14 Å2 / Biso min: 15.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1514 Å20 Å2-0 Å2
2--3.1514 Å20 Å2
3----6.3027 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.297→49.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2151 0 20 248 2419
Biso mean--87.95 48.25 -
残基数----262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0173037
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.715827
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2974-2.37950.30211630.2463127329099
2.3795-2.47480.23551690.223531603329100
2.4748-2.58740.25331620.218331853347100
2.5874-2.72380.23781510.214931863337100
2.7238-2.89440.23761850.193531843369100
2.8944-3.11790.22551770.188831833360100
3.1179-3.43160.20281850.18232053390100
3.4316-3.9280.18861480.169332643412100
3.928-4.94810.16761900.147332663456100
4.9481-49.98710.23681880.2134923680100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 61.3837 Å / Origin y: -15.6503 Å / Origin z: 16.1326 Å
111213212223313233
T0.2134 Å20.0287 Å2-0.0161 Å2-0.1363 Å20.0175 Å2--0.1549 Å2
L0.5216 °20.2462 °20.2257 °2-0.4035 °2-0.0651 °2--0.5173 °2
S0.0469 Å °-0.046 Å °-0.0921 Å °0.0444 Å °-0.0368 Å °0.0085 Å °0.0992 Å °-0.0146 Å °-0.0002 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA77 - 353
2X-RAY DIFFRACTION1allT122 - 125
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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