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- PDB-6u9x: Structure of T. brucei MERS1-RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u9x
タイトルStructure of T. brucei MERS1-RNA complex
要素
  • Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
  • RNA (5'-R(*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*UP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / MERS1 / mRNA / TmRNA processing / Nudix motif / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性NUDIX domain / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / RNA / RNA (> 10) / Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130290 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2020
タイトル: Structures of MERS1, the 5' processing enzyme of mitochondrial mRNAs inTrypanosoma brucei.
著者: Schumacher, M.A. / Henderson, M. / Zeng, W.
履歴
登録2019年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
A: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
H: RNA (5'-R(*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*UP*U)-3')
K: RNA (5'-R(*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9304
ポリマ－88,9304
非ポリマー00
水73941
1
D: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
H: RNA (5'-R(*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4652
ポリマ－44,4652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15360 Å2
2
A: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
K: RNA (5'-R(*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4652
ポリマ－44,4652
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14910 Å2
3
D: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
H: RNA (5'-R(*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*UP*U)-3')

D: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
H: RNA (5'-R(*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9304
ポリマ－88,9304
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area7880 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area27350 Å2
手法PISA
4
A: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
K: RNA (5'-R(*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*UP*U)-3')

A: Mitochondrial edited mRNA stability factor 1
K: RNA (5'-R(*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9304
ポリマ－88,9304
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area7900 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area26360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.445, 89.360, 71.351
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.510, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial edited mRNA stability factor 1


分子量: 40822.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: MERS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6SBM0
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*UP*U)-3')


分子量: 3642.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M N-cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid (CAPS) pH 10.5, 800 mM Potassium phosphate dibasic, 1.2 M sodium phosphate monobasic, 0.2 M lithium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→74.391 Å / Num. obs: 23984 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 49.94 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rpim(I) all: 0.074 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.665 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1259 / CC1/2: 0.839 / Rpim(I) all: 0.389 / Rsym value: 0.486 / % possible all: 72.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.12_2829精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6P5R

6p5r


解像度: 2.6→74.391 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 1997 8.35 %
Rwork0.2179 21911 -
obs0.2207 23908 91.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 173.38 Å2 / Biso mean: 61.3602 Å2 / Biso min: 17.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→74.391 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4759 184 0 41 4984
Biso mean---45.39 -
残基数----596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6847061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005878
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6033061
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.6650.35911140.2922125974
2.665-2.73710.4191260.3043139883
2.7371-2.81760.32331480.2995161295
2.8176-2.90860.34891480.2979162195
2.9086-3.01250.29591450.2848158993
3.0125-3.13320.34151450.2675157794
3.1332-3.27580.33611400.2497154592
3.2758-3.44850.28081480.2394162596
3.4485-3.66450.24471480.2165162595
3.6645-3.94740.23481430.1989156192
3.9474-4.34470.18511480.1776162796
4.3447-4.97320.2231510.1705165495
4.9732-6.26520.2081450.2082159493
6.2652-74.3910.21071480.1991162492
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.6612 Å / Origin y: -44.8791 Å / Origin z: -20.0135 Å
111213212223313233
T0.2174 Å20.0114 Å20.0054 Å2-0.2004 Å2-0.0042 Å2--0.1979 Å2
L0.1986 °20.0605 °20.1132 °2-0.138 °20.0108 °2--0.1371 °2
S-0.0322 Å °-0.0422 Å °-0.0118 Å °-0.0499 Å °0.0548 Å °0.0365 Å °-0.0134 Å °0.0162 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allD59 - 380
2X-RAY DIFFRACTION1allA59 - 380
3X-RAY DIFFRACTION1allH30 - 33
4X-RAY DIFFRACTION1allK30 - 33
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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