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- PDB-6nk3: Crystal structure of murine Mxra8 ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nk3
タイトルCrystal structure of murine Mxra8 ectodomain
要素Matrix remodeling-associated protein 8
キーワードCELL INVASION / Chikungunya / virus receptor / Immunoglobulin-like / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of glial blood-brain barrier / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / ciliary membrane / bicellular tight junction / cell adhesion / cell surface / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Matrix remodeling-associated protein 8 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix remodeling-associated protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fremont, D.H. / Kim, A.S. / Nelson, C.A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM Structure of Chikungunya Virus in Complex with the Mxra8 Receptor.
著者: Katherine Basore / Arthur S Kim / Christopher A Nelson / Rong Zhang / Brittany K Smith / Carla Uranga / Lo Vang / Ming Cheng / Michael L Gross / Jonathan Smith / Michael S Diamond / Daved H Fremont /
要旨: Mxra8 is a receptor for multiple arthritogenic alphaviruses that cause debilitating acute and chronic musculoskeletal disease in humans. Herein, we present a 2.2 Å resolution X-ray crystal ...Mxra8 is a receptor for multiple arthritogenic alphaviruses that cause debilitating acute and chronic musculoskeletal disease in humans. Herein, we present a 2.2 Å resolution X-ray crystal structure of Mxra8 and 4 to 5 Å resolution cryo-electron microscopy reconstructions of Mxra8 bound to chikungunya (CHIKV) virus-like particles and infectious virus. The Mxra8 ectodomain contains two strand-swapped Ig-like domains oriented in a unique disulfide-linked head-to-head arrangement. Mxra8 binds by wedging into a cleft created by two adjacent CHIKV E2-E1 heterodimers in one trimeric spike and engaging a neighboring spike. Two binding modes are observed with the fully mature VLP, with one Mxra8 binding with unique contacts. Only the high-affinity binding mode was observed in the complex with infectious CHIKV, as viral maturation and E3 occupancy appear to influence receptor binding-site usage. Our studies provide insight into how Mxra8 binds CHIKV and creates a path for developing alphavirus entry inhibitors.
履歴
登録2019年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix remodeling-associated protein 8
B: Matrix remodeling-associated protein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3342
ポリマ－62,3342
非ポリマー00
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area28170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.550, 142.700, 195.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-413-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Matrix remodeling-associated protein 8 / Adipocyte-specific protein 3 / Dual Ig domain-containing cell adhesion molecule / DICAM / Limitrin


分子量: 31166.775 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain (UNP residues 23-296) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mxra8, Asp3, Dicam / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9DBV4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 8% PEG8000, 25% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年10月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.46 Å / Num. obs: 51479 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 26.4 % / Biso Wilson estimate: 51.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.63
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 17.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 4856 / CC1/2: 0.666 / % possible all: 95.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSJan 26, 2018データ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
PHENIX1.12位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3MJ6

3mj6


解像度: 2.2→48.46 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2258 1577 3.08 %
Rwork0.1988 --
obs0.1997 51265 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 192.52 Å2 / Biso mean: 70 Å2 / Biso min: 26.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4258 0 0 266 4524
Biso mean---72.62 -
残基数----528
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 62.4581 Å / Origin y: 25.9824 Å / Origin z: 55.8634 Å
111213212223313233
T0.3954 Å20.0762 Å2-0.0189 Å2-0.3669 Å2-0.026 Å2--0.3265 Å2
L0.0568 °2-0.1995 °2-0.1973 °2-2.052 °21.4625 °2--0.8511 °2
S-0.0772 Å °-0.0837 Å °-0.0161 Å °0.0464 Å °0.1004 Å °-0.0214 Å °0.05 Å °0.0334 Å °0.003 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA32 - 294
2X-RAY DIFFRACTION1allB30 - 294
3X-RAY DIFFRACTION1allS22 - 190
4X-RAY DIFFRACTION1allS191
5X-RAY DIFFRACTION1allS192 - 234
6X-RAY DIFFRACTION1allS235 - 247
7X-RAY DIFFRACTION1allS248 - 259
8X-RAY DIFFRACTION1allS260 - 291
9X-RAY DIFFRACTION1allS292 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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