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万見
- PDB-5h11: Crystal structure of Zebrafish Sec10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h11
タイトルCrystal structure of Zebrafish Sec10
要素Uncharacterized protein
キーワードEXOCYTOSIS / helical protein / exocyst complex / membrane traffic
機能・相同性
機能・相同性情報


pronephros development / photoreceptor cell development / exocyst / photoreceptor cell outer segment organization / retina layer formation / retinal pigment epithelium development / melanosome transport / Golgi to plasma membrane transport / photoreceptor cell maintenance / determination of left/right symmetry ...pronephros development / photoreceptor cell development / exocyst / photoreceptor cell outer segment organization / retina layer formation / retinal pigment epithelium development / melanosome transport / Golgi to plasma membrane transport / photoreceptor cell maintenance / determination of left/right symmetry / exocytosis / outflow tract morphogenesis / cilium assembly / kidney development / retina development in camera-type eye
類似検索 - 分子機能
Exocyst complex component Sec10-like / : / : / Exocyst complex component Sec10-like, alpha-helical bundle / Exocyst complex component Sec10, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Exocyst complex component 5
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.732 Å
データ登録者Chen, J. / Yamagata, A. / Fukai, S.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
JSPS22121003 日本
JSPS24570126 日本
JSPS25650018 日本
JSPS24687012 日本
JSTCREST 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of Sec10, a subunit of the exocyst complex
著者: Chen, J. / Yamagata, A. / Kubota, K. / Sato, Y. / Goto-Ito, S. / Fukai, S.
履歴
登録2016年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,14911
ポリマ－58,3501
非ポリマー79910
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area26740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.693, 162.652, 45.572
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / Sec10 / exocyst complex


分子量: 58349.824 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 195-708 / 変異: 385-394 deletion / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: exoc5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0BLY0
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES-Na buffer, 0.57 M K Na tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9185 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9185 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→50 Å / Num. obs: 26989 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 8.2 % / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.73→2.78 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 75.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.732→46.917 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 31.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 1384 5.13 %
Rwork0.2363 --
obs0.2378 26977 95.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.732→46.917 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3991 0 10 2 4003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6075472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6731534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023619
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002707
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7317-2.82930.37751080.34072137X-RAY DIFFRACTION78
2.8293-2.94260.34371230.33582370X-RAY DIFFRACTION90
2.9426-3.07650.36571520.32012556X-RAY DIFFRACTION95
3.0765-3.23860.3071490.29742541X-RAY DIFFRACTION95
3.2386-3.44150.32691470.27682627X-RAY DIFFRACTION98
3.4415-3.70710.28211430.23852652X-RAY DIFFRACTION99
3.7071-4.080.26261400.21272678X-RAY DIFFRACTION99
4.08-4.66990.23921400.19862648X-RAY DIFFRACTION98
4.6699-5.88180.22211360.20522694X-RAY DIFFRACTION100
5.8818-46.92420.20361460.18892690X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.2126 Å / Origin y: 1.4728 Å / Origin z: 20.3488 Å
111213212223313233
T0.7503 Å2-0.0905 Å2-0.0799 Å2-0.3913 Å2-0.0432 Å2--0.1475 Å2
L0.2168 °20.4567 °20.3814 °2-0.9271 °20.6582 °2--0.5307 °2
S0.0135 Å °0.0204 Å °-0.0053 Å °0.0587 Å °0.0123 Å °-0.01 Å °0.1053 Å °-0.059 Å °-0.0103 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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