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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6niz | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Atomic structure of a fluorescent Ag8 cluster templated by a multistranded DNA scaffold | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / silver / emissive cluster / nanocluster | 機能・相同性 | SILVER ION / DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Lieberman, R.L. / Huard, D.J.E. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Atomic Structure of a Fluorescent Ag8Cluster Templated by a Multistranded DNA Scaffold. 著者: Huard, D.J.E. / Demissie, A. / Kim, D. / Lewis, D. / Dickson, R.M. / Petty, J.T. / Lieberman, R.L. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 29 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 20.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1738.183 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-AG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.5 mM DNA, 9 mM silver nitrate, 70 mM sodium cacodylate (pH 6.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.93→23.54 Å / Num. obs: 24092 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.6 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 0.93→0.96 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.93→23.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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