PDB-6niz: Atomic structure of a fluorescent Ag8 cluster templated by a mult...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6niz

タイトル

Atomic structure of a fluorescent Ag8 cluster templated by a multistranded DNA scaffold

要素

DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*CP)-3')

キーワード

DNA / silver / emissive cluster / nanocluster

機能・相同性

SILVER ION / DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.93 Å

データ登録者

Lieberman, R.L. / Huard, D.J.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Atomic Structure of a Fluorescent Ag8Cluster Templated by a Multistranded DNA Scaffold.
著者: Huard, D.J.E. / Demissie, A. / Kim, D. / Lewis, D. / Dickson, R.M. / Petty, J.T. / Lieberman, R.L.

履歴

登録	2019年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6niz.cif.gz	29 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6niz.ent.gz	20.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6niz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/6niz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/6niz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1go6-2 1z96-2 6vjq-d 6iue-1 6iue-10 1hhc-1 6buc-d 6m5c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*CP)-3')

B: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*CP)-3')

ヘテロ分子

4.77 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.290, 33.290, 62.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-107- AG
2	1	B-104- AG
3	1	A-202- HOH
4	1	A-212- HOH

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(APAPCPCPCPCP)-3') 分子量: 1738.183 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-AG / SILVER ION 分子量: 107.868 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.5 mM DNA, 9 mM silver nitrate, 70 mM sodium cacodylate (pH 6.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.93→23.54 Å / Num. obs: 24092 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.6 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 0.93→0.96 Å / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.51 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.93→23.54 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 7.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.0912	3667	8.26 %
R_work	0.0819	-	-
obs	0.0827	44381	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.93→23.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	230	12	23	265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	256
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.129	388
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	28.066	112
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	46
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.018	12

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.9299-0.9422	0.2599	145	0.2628	1559	X-RAY DIFFRACTION	99
0.9422-0.9551	0.2624	145	0.2369	1557	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9551-0.9687	0.2274	144	0.2006	1569	X-RAY DIFFRACTION	99
0.9687-0.9832	0.1731	131	0.1552	1498	X-RAY DIFFRACTION	94
0.9832-0.9986	0.1438	130	0.1577	1391	X-RAY DIFFRACTION	88
0.9986-1.0149	0.1101	135	0.0935	1579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0149-1.0324	0.0815	145	0.0848	1591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0324-1.0512	0.0801	139	0.0819	1570	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0512-1.0714	0.0827	143	0.0762	1585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0714-1.0933	0.0659	141	0.0771	1539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0933-1.1171	0.0719	145	0.0698	1599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1171-1.143	0.0681	145	0.0724	1593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.143-1.1716	0.0938	140	0.0736	1540	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1716-1.2033	0.075	145	0.0772	1575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2033-1.2387	0.069	148	0.0645	1602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2387-1.2787	0.0628	138	0.0582	1593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2787-1.3244	0.0579	135	0.0585	1571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3244-1.3774	0.0545	145	0.0544	1584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3774-1.4401	0.0696	143	0.0519	1572	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4401-1.516	0.0563	139	0.0539	1579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.516-1.611	0.0588	134	0.0584	1570	X-RAY DIFFRACTION	100
1.611-1.7353	0.0707	137	0.067	1595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7353-1.9099	0.0744	145	0.0773	1578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9099-2.1861	0.0943	147	0.0848	1569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1861-2.7535	0.0921	145	0.0789	1582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7535-23.5471	0.1449	138	0.1139	1574	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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