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- PDB-1z96: Crystal structure of the Mud1 UBA domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z96
タイトルCrystal structure of the Mud1 UBA domain
要素UBA-domain protein mud1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / UBA / ubiquitin / three-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of exocytosis / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / polyubiquitin modification-dependent protein binding / SNARE binding / ubiquitin binding / protein transport / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / aspartic-type endopeptidase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartic peptidase, DDI1-type / Aspartyl protease / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
UBA domain-containing protein Mud1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Trempe, J.-F. / Brown, N.R. / Lowe, E.D. / Noble, M.E.M. / Gordon, C. / Campbell, I.D. / Johnson, L.N. / Endicott, J.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Mechanism of Lys48-linked polyubiquitin chain recognition by the Mud1 UBA domain
著者: Trempe, J.-F. / Brown, N.R. / Lowe, E.D. / Gordon, C. / Campbell, I.D. / Noble, M.E.M. / Endicott, J.A.
履歴
登録2005年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBA-domain protein mud1
B: UBA-domain protein mud1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1212
ポリマ－8,1212
非ポリマー00
水1,71195
1
A: UBA-domain protein mud1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0611
ポリマ－4,0611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UBA-domain protein mud1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0611
ポリマ－4,0611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.601, 60.601, 96.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質・ペプチド UBA-domain protein mud1 / UBA-domain containing protein 1 / DNA-damage inducible protein DDI1 homologprotein mud1


分子量: 4060.519 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal UBA / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: mud1 / プラスミド: pGEX-6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q10256
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: sodium formate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1411.771
シンクロトロンESRF ID14-320.931
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2003年8月2日
MARRESEARCH2CCD2003年8月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Toroidal mirror Diamond(111), Ge(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.7711
20.9311
反射解像度: 1.8→28.868 Å / Num. all: 10214 / Num. obs: 10214 / % possible obs: 99.79 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 28.041 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1449 / Rsym value: 0.444 / % possible all: 99.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
REFMAC5.2精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→21.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19593 480 4.8 %RANDOM
Rwork0.16659 ---
all0.16801 10212 --
obs0.16801 9954 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.664 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20.26 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----0.78 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→21.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数569 0 0 95 664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022582
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.02539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2211.99801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.71631264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.458586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.67727.91724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.1871593
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02104
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2850.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2090.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1060.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1020.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1340.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9351.5397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1021.5165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5042628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.513185
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7484.5167
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.20131121
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.963395
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.84731108
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 31 -
Rwork0.193 691 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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