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万見
- PDB-6ni0: Crystal Structure of the Beta Lactamase Class D YbxI from Burkhol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ni0
タイトルCrystal Structure of the Beta Lactamase Class D YbxI from Burkholderia thailandensis
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta lactamase class D / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kim, Y. / Wu, R. / Endres, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Beta Lactamase Class D YbxI from Burkholderia thailandensis
著者: Kim, Y. / Wu, R. / Endres, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2018年12月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3176
ポリマ－27,8971
非ポリマー4205
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area11500 Å2
2
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子

A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,63312
ポリマ－55,7942
非ポリマー83910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area3330 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area21280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.204, 43.204, 256.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-443-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 27896.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
遺伝子: A8H35_26135, A8H36_11295 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z4T9G7, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 10 % dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 11782 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 525 / CC1/2: 0.556 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 4gn2

4gn2


解像度: 2.3→42.606 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 580 4.97 %
Rwork0.2109 --
obs0.2128 11673 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.606 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1929 0 21 43 1993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4842728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.991722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004350
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2968-2.52790.33621480.26152591X-RAY DIFFRACTION96
2.5279-2.89360.28331290.24742742X-RAY DIFFRACTION100
2.8936-3.64540.27721470.21352773X-RAY DIFFRACTION100
3.6454-42.6130.19681560.18512987X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3555-0.46590.85254.03960.59632.60250.21750.04890.09310.021-0.3644-0.26740.29630.61550.14570.2896-0.0061-0.00820.3279-0.02780.2099-4.047212.681188.6922
21.88191.5623-0.0961.71380.78231.65010.05790.0135-0.3439-0.10720.0230.02070.42190.37180.02260.15670.00370.03550.1961-0.0160.1681-14.53276.727779.2039
31.86320.3707-1.1450.9264-0.60661.5136-0.00560.21490.6659-0.35140.36270.6480.0917-0.6803-0.19110.2707-0.0542-0.10550.39030.06830.4247-33.195713.33172.4043
41.99570.12430.21462.2108-0.83071.3089-0.1984-0.0809-0.0696-0.36620.1420.4932-0.0713-0.27310.12060.2502-0.0502-0.06140.29970.02170.3311-32.32257.369879.157
52.1145-0.29170.08931.5246-0.24341.2901-0.19610.1935-0.1831-0.63230.0537-0.10290.22480.01830.15660.4048-0.02810.01540.2466-0.02640.1988-15.05566.623372.4822
61.98880.669-0.86241.20321.09734.07710.1741-0.12830.54330.34950.01660.0055-0.4538-0.243-0.16960.3356-0.02550.01770.1874-0.03560.3122-21.507522.237482.1497
70.3779-1.2516-0.51335.13040.68710.6901-0.11140.0108-0.1773-0.4897-0.0770.15640.06090.01730.1790.30090.03860.08950.24160.03270.3681-18.28720.443585.8669
83.18330.7586-0.59462.4129-0.24572.36850.0582-0.4468-0.24870.3592-0.33170.11230.07670.26350.23020.2628-0.00640.03760.23290.00730.2443-15.03937.379391.3596
96.37010.20831.95812.56662.07565.45310.0343-0.12050.12580.75530.00690.07870.53750.1046-0.00760.2859-0.00410.02630.23370.00290.2587-11.721515.541798.5172
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 42 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 62 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 63 through 82 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 83 through 115 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 116 through 175 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 176 through 195 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 196 through 215 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 216 through 255 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 256 through 268 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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