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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nh6 | ||||||
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タイトル | Structure of the human endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 6-(3-(3-(dimethylamino)propyl)-2,6-difluorophenethyl)-4-methylpyridin-2-amine | ||||||
要素 | Endothelial nitric oxide synthase splice variant eNOS13A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / nitric oxide synthase inhibitor complex heme enzyme / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / smooth muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / ovulation from ovarian follicle / response to fluid shear stress / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development ...regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / smooth muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / ovulation from ovarian follicle / response to fluid shear stress / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / positive regulation of guanylate cyclase activity / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / aortic valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / ventricular septum morphogenesis / cadmium ion binding / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of calcium ion transport / actin monomer binding / negative regulation of platelet activation / blood vessel remodeling / endothelial cell migration / nitric-oxide synthase (NADPH) / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / eNOS activation / arginine catabolic process / regulation of sodium ion transport / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / homeostasis of number of cells within a tissue / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / removal of superoxide radicals / blood vessel diameter maintenance / cell redox homeostasis / VEGFR2 mediated vascular permeability / mitochondrion organization / establishment of localization in cell / lung development / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / potassium ion transport / caveola / regulation of blood pressure / vasodilation / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / endocytic vesicle membrane / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / response to heat / scaffold protein binding / angiogenesis / in utero embryonic development / response to lipopolysaccharide / Extra-nuclear estrogen signaling / cytoskeleton / calmodulin binding / negative regulation of cell population proliferation / Golgi membrane / heme binding / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.189 Å | ||||||
データ登録者 | Chreifi, G. / Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019 タイトル: Optimization of Blood-Brain Barrier Permeability with Potent and Selective Human Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors Having a 2-Aminopyridine Scaffold. 著者: Do, H.T. / Li, H. / Chreifi, G. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nh6.cif.gz | 683.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nh6.ent.gz | 566.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nh6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6nh6_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6nh6_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6nh6_validation.xml.gz | 71.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6nh6_validation.cif.gz | 95.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/6nh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/6nh6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ng1C 6ng2C 6ng4C 6ng5C 6ng6C 6ng7C 6ng8C 6ngaC 6ngbC 6ngcC 6ngdC 6ngeC 6ngfC 6nghC 6ngiC 6ngjC 6ngkC 6nglC 6ngmC 6ngnC 6ngpC 6ngqC 6ngrC 6ngsC 6ngtC 6nguC 6ngvC 6ngwC 6ngxC 6ngyC 6ngzC 6nh0C 6nh1C 6nh2C 6nh3C 6nh4C 6nh5C 6nh7C 6nh8C 6nhbC 6nhcC 6nhdC 6nheC 6nhfC 4dipS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 49345.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: endothelial / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0S0A6, UniProt: P29474*PLUS |
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-非ポリマー , 9種, 660分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-H4B / #4: 化合物 | ChemComp-KL7 / #5: 化合物 | ChemComp-BTB / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-CL / #9: 化合物 | ChemComp-GD / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 % / 解説: rods |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12-15% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS 0.2-0.3M MG ACETATE, 0.1M GdCl3 10% glycerol, 5 mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月19日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.189→80 Å / Num. obs: 100592 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.893 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.114 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.25 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.939 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4807 / CC1/2: 0.364 / Rpim(I) all: 0.879 / Rsym value: 0.939 / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4DIP 解像度: 2.189→76.41 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.01
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.189→76.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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