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万見
- PDB-6neb: MYC Promoter G-Quadruplex with 1:6:1 loop length -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6neb
タイトルMYC Promoter G-Quadruplex with 1:6:1 loop length
要素DNA (27-MER)
キーワードDNA / G-quadruplex / Promoter / MYC
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing / molecular dynamics
データ登録者Dickerhoff, J. / Onel, B. / Chen, L. / Chen, Y. / Yang, D.
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Solution Structure of a MYC Promoter G-Quadruplex with 1:6:1 Loop Length.
著者: Dickerhoff, J. / Onel, B. / Chen, L. / Chen, Y. / Yang, D.
履歴
登録2018年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (27-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5641
ポリマ－8,5641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4890 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8563.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
221isotropic12D 1H-1H NOESY
331isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
151isotropic12D DQF-COSY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 1.5 mM DNA (27-MER), 90% H2O/10% D2O / Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.5 mM / 構成要素: DNA (27-MER) / Isotopic labeling: none
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mMconditions_171 atm298 K
2100 mMconditions_271 atm278 K
3100 mMconditions_371 atm313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber16Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
X-PLOR NIH2.48Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CcpNMRCCPNchemical shift assignment
CcpNMRCCPNpeak picking
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
X-PLOR NIH2.48Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号詳細
DGSA-distance geometry simulated annealing2
molecular dynamics1simulated annealing
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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