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万見
- PDB-6ncx: Crystal structure of GH2 beta-galacturonidase from Eisenbergiella... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ncx
タイトルCrystal structure of GH2 beta-galacturonidase from Eisenbergiella tayi bound to galacturonate
要素Beta-galacturonidase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase family 2 / beta-galacturonidase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-galactopyranuronic acid / Beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Eisenbergiella tayi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Walton, W.G. / Pellock, S.J. / Redinbo, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Selecting a Single Stereocenter: The Molecular Nuances That Differentiate beta-Hexuronidases in the Human Gut Microbiome.
著者: Pellock, S.J. / Walton, W.G. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2018年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Beta-galacturonidase
A: Beta-galacturonidase
B: Beta-galacturonidase
C: Beta-galacturonidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,98512
ポリマ－263,0664
非ポリマー9188
水18,9881054
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13060 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area76310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.342, 156.038, 124.285
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Beta-galacturonidase


分子量: 65766.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eisenbergiella tayi (バクテリア)
遺伝子: uidA_6, BEI59_03660, BEI61_03198 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E3AEY6, beta-glucuronidase
#2: 糖
ChemComp-ADA / alpha-D-galactopyranuronic acid / alpha-D-galacturonic acid / D-galacturonic acid / galacturonic acid / ALPHA D-GALACTURONIC ACID / α-D-ガラクトピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGalpAaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1054 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris:HCl, pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350, 1 mM GalA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→29.88 Å / Num. obs: 114891 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1485 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.363 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 65156 / CC1/2: 0.674 / Rpim(I) all: 0.609 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.25→29.877 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 1987 1.73 %
Rwork0.2212 --
obs0.2221 114628 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.877 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17961 0 56 1054 19071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00818503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92625116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.09110902
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552616
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053279
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.30630.37261260.33627660X-RAY DIFFRACTION95
2.3063-2.36860.32271310.30628025X-RAY DIFFRACTION99
2.3686-2.43820.37171710.29328032X-RAY DIFFRACTION100
2.4382-2.51690.31861460.27188069X-RAY DIFFRACTION100
2.5169-2.60680.36871310.25358039X-RAY DIFFRACTION100
2.6068-2.71110.32661390.24178060X-RAY DIFFRACTION100
2.7111-2.83440.32271390.24478065X-RAY DIFFRACTION100
2.8344-2.98370.33591520.23358089X-RAY DIFFRACTION100
2.9837-3.17050.28391410.22158048X-RAY DIFFRACTION100
3.1705-3.4150.27671430.21718091X-RAY DIFFRACTION100
3.415-3.7580.22161410.19318121X-RAY DIFFRACTION100
3.758-4.30040.22661400.1758103X-RAY DIFFRACTION100
4.3004-5.41280.20131420.16878143X-RAY DIFFRACTION100
5.4128-29.87950.2311450.20618096X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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