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- PDB-6ncp: Crystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody ACS202 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ncp
タイトルCrystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody ACS202
要素
  • ACS202 Fab heavy chain
  • ACS202 Fab light chain
  • HIV-1 Fusion Peptide (residues 512-520)
  • His-tag of fusion peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / HIV / envelope glycoprotein / fusion peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Yuan, M. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
International AIDS Vaccine Initiative 米国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019
タイトル: Conformational Plasticity in the HIV-1 Fusion Peptide Facilitates Recognition by Broadly Neutralizing Antibodies.
著者: Meng Yuan / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Marit J van Gils / Sonu Kumar / Nicholas C Wu / Anita Sarkar / Jonathan L Torres / Natalia de Val / Jeffrey Copps / John P Moore / ...著者: Meng Yuan / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Marit J van Gils / Sonu Kumar / Nicholas C Wu / Anita Sarkar / Jonathan L Torres / Natalia de Val / Jeffrey Copps / John P Moore / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
要旨: The fusion peptide (FP) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) is essential for mediating viral entry. Detection of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) that interact with the FP has revealed it as ...The fusion peptide (FP) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) is essential for mediating viral entry. Detection of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) that interact with the FP has revealed it as a site of vulnerability. We delineate X-ray and cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of bnAb ACS202, from an HIV-infected elite neutralizer, with an FP and with a soluble Env trimer (AMC011 SOSIP.v4.2) derived from the same patient. We show that ACS202 CDRH3 forms a "β strand" interaction with the exposed hydrophobic FP and recognizes a continuous region of gp120, including a conserved N-linked glycan at N88. A cryo-EM structure of another previously identified bnAb VRC34.01 with AMC011 SOSIP.v4.2 shows that it also penetrates through glycans to target the FP. We further demonstrate that the FP can twist and present different conformations for recognition by bnAbs, which enables approach to Env from diverse angles. The variable recognition of FP by bnAbs thus provides insights for vaccine design.
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACS202 Fab heavy chain
B: ACS202 Fab light chain
C: ACS202 Fab heavy chain
D: ACS202 Fab light chain
E: HIV-1 Fusion Peptide (residues 512-520)
F: His-tag of fusion peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,44910
ポリマ－99,0866
非ポリマー3634
水1,08160
1
A: ACS202 Fab heavy chain
B: ACS202 Fab light chain
F: His-tag of fusion peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6465
ポリマ－49,4743
非ポリマー1712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: ACS202 Fab heavy chain
D: ACS202 Fab light chain
E: HIV-1 Fusion Peptide (residues 512-520)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8045
ポリマ－49,6123
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.444, 78.444, 340.854
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain C and (resid 1 through 133 or resid 135 through 213))
12chain B
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNPROPROchain AAA1 - 2131 - 232
211GLNGLNGLYGLY(chain C and (resid 1 through 133 or resid 135 through 213))CC1 - 1331 - 152
221THRTHRPROPRO(chain C and (resid 1 through 133 or resid 135 through 213))CC135 - 213154 - 232
112ALAALAGLYGLYchain BBB1 - 2121 - 212
212ALAALAGLYGLYchain DDD1 - 2121 - 212

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド HIV-1 Fusion Peptide (residues 512-520)


分子量: 846.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P04578*PLUS
#4: タンパク質・ペプチド His-tag of fusion peptide


分子量: 708.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 ACS202 Fab heavy chain


分子量: 25295.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 ACS202 Fab light chain


分子量: 23470.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 64分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7 / 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine, pH8.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→58.31 Å / Num. obs: 30474 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 59.14 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.76→2.81 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 1555 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.47 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZYK

4zyk


解像度: 2.76→58.3 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 1476 4.93 %
Rwork0.2219 --
obs0.2236 29909 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 141.39 Å2 / Biso mean: 64.8227 Å2 / Biso min: 20.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.76→58.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6836 0 20 60 6916
Biso mean--86.2 44.96 -
残基数----895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8449534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2044134
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1962X-RAY DIFFRACTION13.281TORSIONAL
12C1962X-RAY DIFFRACTION13.281TORSIONAL
21B1875X-RAY DIFFRACTION13.281TORSIONAL
22D1875X-RAY DIFFRACTION13.281TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7592-2.84820.44781370.38292458259595
2.8482-2.950.33791190.35182538265796
2.95-3.06810.33431530.32582511266497
3.0681-3.20770.38371270.30682572269998
3.2077-3.37680.31191240.26862598272299
3.3768-3.58840.26341320.24252642277499
3.5884-3.86540.26561510.225825792730100
3.8654-4.25430.21271270.192526302757100
4.2543-4.86960.17341230.158126572780100
4.8696-6.13410.2361320.182926212753100
6.1341-58.31980.23011510.19426272778100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9193-1.2153-1.43165.53812.2072.74490.1866-0.32550.1386-1.1977-0.22290.0059-0.2749-0.56360.18690.44470.06420.01240.5071-0.12210.376994.784468.5597-25.9707
25.8003-0.7021-2.68422.7560.21454.91210.41020.28070.1407-0.8114-0.09830.1372-0.6683-0.4729-0.20050.41560.0827-0.08920.5556-0.12070.498785.413164.2615-25.3639
31.29531.95860.4992.9840.46892.5237-0.09470.5365-0.0927-0.6496-0.51360.4887-0.6858-0.82650.37620.56660.2471-0.03660.8675-0.23850.447188.000869.7925-28.7472
41.2992-0.0759-0.09392.02940.66261.4555-0.07880.2182-0.1035-0.2712-0.0529-0.39270.1521-0.04170.13780.4806-0.01670.11240.5857-0.01750.396189.440263.8257-23.9877
57.7104-0.23821.60395.6042-0.6855.261-0.2730.75420.5655-0.09390.2482-0.5795-0.51830.84120.02940.3815-0.10290.03850.55710.02850.46199.490790.7609-4.3754
65.5511.56240.75854.94781.22386.117-0.11160.62340.0895-1.30250.1634-1.3199-0.37030.8941-0.0980.6704-0.12710.06430.89210.24570.7912105.181991.7243-11.6619
73.10412.49082.13144.74862.85992.1494-0.3151-0.265-0.37040.1368-0.10650.6803-0.9319-1.31490.47110.44310.16990.03870.6415-0.16010.517277.538463.9235-3.6161
83.20091.74312.0064.36763.80743.29430.0681-0.0067-0.87431.2124-0.53891.27491.3378-0.18530.27320.7270.17170.09580.71440.01340.397583.610459.60443.5118
93.86040.0724-1.37583.1478-0.07445.7346-0.19030.2047-0.4723-0.02890.0912-0.05940.38260.06390.05270.36380.0680.07550.3826-0.10420.40486.928856.5684-7.5283
104.1280.83562.25442.99421.8068.4336-0.33610.244-0.3527-0.07720.0949-0.207-0.1109-0.01290.18820.33640.13390.09440.5479-0.08810.518885.583963.3651-5.6179
112.4093-0.1676-0.08623.0212-2.5535.53990.31920.17970.47030.2394-0.5002-0.4636-0.5890.73130.17090.4789-0.0624-0.00140.52480.00080.55392.369193.25913.9216
122.9666-0.04720.81384.58470.17763.5507-0.08710.23180.7183-0.1947-0.0762-0.5074-0.75850.18320.10790.4897-0.0555-0.03680.44130.04820.518288.761597.17664.9362
132.8037-0.3094-1.52513.89160.71172.758-0.0866-0.30280.03560.4361-0.05580.0042-0.084-0.11710.13750.4010.0446-0.03370.3221-0.00260.361870.741764.399438.8714
141.29972.23990.99724.46440.59171.37270.0899-0.4461-0.1088-0.1988-0.3616-0.2196-0.2568-0.29670.32930.46840.0640.02430.4195-0.02140.327275.464869.264236.2602
154.1851-3.93232.99314.4171-3.13562.25030.8586-0.6957-0.71430.7741-0.95912.24970.9682-0.7619-0.29840.7778-0.03210.01990.676-0.16880.697172.48844.123942.1715
160.3393-0.5772-0.05041.5155-0.84181.57960.1822-0.13060.10190.0815-0.1965-0.3632-0.3078-0.4868-0.15380.35540.17650.06040.3761-0.04220.424669.155370.897633.5324
174.527-1.457-0.37871.2874-1.35122.6678-0.09060.00481.26560.18421.21080.8557-0.103-0.6176-0.59870.63420.3111-0.16590.99730.26031.215151.214295.874910.8956
182.4166-0.59531.27864.0013-0.63274.49730.0794-0.28170.14140.28110.12730.6506-0.4206-1.3423-0.19790.5450.21840.12130.8375-0.05720.512557.435986.530222.9018
193.3023-1.45210.76825.7169-3.45376.7359-0.2542-0.1162-0.3696-0.5178-0.054-0.82260.6817-0.22040.14870.39960.05580.06710.3512-0.10750.522280.391858.301313.8372
201.41130.12391.37642.4598-0.98615.96120.2048-0.1125-0.2303-0.0405-0.15130.07030.3288-0.4423-0.0710.3014-0.01890.01570.3416-0.07790.429472.234758.090817.7871
210.75440.51930.06436.55271.87135.5440.1176-0.07790.03390.2053-0.05740.3264-0.7634-0.7562-0.0090.52070.2826-0.01730.59310.02280.481264.415890.618210.8062
220.14440.1213-0.040.0981-0.03290.0062-1.27820.34390.07670.61311.1718-0.61950.3045-0.73-0.01471.1480.0973-0.24430.790.27881.000369.8008106.6966.8315
233.62883.42611.14147.58224.00243.9764-0.2624-0.01180.3627-0.13180.13210.7255-0.5546-0.2790.0160.50850.18530.02870.39960.05310.416168.029885.410111.9186
241.60390.8687-0.88790.55290.88563.12370.18020.12020.726-0.0362-0.0624-0.029-1.6479-0.32690.06481.07830.35770.04580.5230.01630.676164.7217101.84779.2894
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:38)A1 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 39:59)A39 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 60:95)A60 - 95
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 96:120)A96 - 120
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 121:192)A121 - 192
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 193:213)A193 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 1:14)B1 - 14
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 15:24)B15 - 24
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 25:74)B25 - 74
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 75:107)B75 - 107
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 108:147)B108 - 147
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 148:212)B148 - 212
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 1:80)C1 - 80
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 81:96)C81 - 96
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 97:100F)C97 - 100
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 100G:123)C100
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 124:133)C124 - 133
18X-RAY DIFFRACTION18(chain C and resid 134:213)C134 - 213
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 1:31)D1 - 31
20X-RAY DIFFRACTION20(chain D and resid 32:104)D32 - 104
21X-RAY DIFFRACTION21(chain D and resid 105:148)D105 - 148
22X-RAY DIFFRACTION22(chain D and resid 149:154)D149 - 154
23X-RAY DIFFRACTION23(chain D and resid 155:178)D155 - 178
24X-RAY DIFFRACTION24(chain D and resid 179:212)D179 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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