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万見
- PDB-6nch: Crystal structure of CDP-Chase: Raster data collection -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nch
タイトルCrystal structure of CDP-Chase: Raster data collection
要素Phosphohydrolase (MutT/nudix family protein)
キーワードHYDROLASE / nudix / CDPChase / CDP-choline hydrolase / CDP / ADP-ribose
機能・相同性
機能・相同性情報


Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1120 / Hydrolase of X-linked nucleoside diphosphate N terminal / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Helix non-globular ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1120 / Hydrolase of X-linked nucleoside diphosphate N terminal / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Helix non-globular / Special / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / D-ribose / Phosphohydrolase (MutT/nudix family protein)
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Miller, M.S. / Shi, W. / Gabelli, S.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA062924 米国
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2019
タイトル: Getting the Most Out of Your Crystals: Data Collection at the New High-Flux, Microfocus MX Beamlines at NSLS-II.
著者: Miller, M.S. / Maheshwari, S. / Shi, W. / Gao, Y. / Chu, N. / Soares, A.S. / Cole, P.A. / Amzel, L.M. / Fuchs, M.R. / Jakoncic, J. / Gabelli, S.B.
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月1日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphohydrolase (MutT/nudix family protein)
B: Phosphohydrolase (MutT/nudix family protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8756
ポリマ－47,4382
非ポリマー4374
水6,593366
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7390 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.711, 67.201, 111.286
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphohydrolase (MutT/nudix family protein)


分子量: 23718.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711
遺伝子: BC_2032 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81EE8
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖 ChemComp-RB5 / D-ribose / リボ-ス


タイプ: D-saccharide / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 to 0.3 M Lithium sulfate, 26 to 29% PEG-4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.76 Å / Num. obs: 30674 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.941 / Rmerge(I) obs: 0.357 / Rpim(I) all: 0.137 / Rrim(I) all: 0.385 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.105 / Num. unique obs: 2248 / CC1/2: 0.608 / Rpim(I) all: 0.425 / Rrim(I) all: 1.192 / % possible all: 96.8
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.505
最高解像度最低解像度
Rotation19.75 Å3.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Aimless0.5.21データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q1P

3q1p


解像度: 2→19.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 5.614 / SU ML: 0.155 / SU R Cruickshank DPI: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.192
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2613 1461 4.8 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2029 29211 95.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.49 Å2 / Biso mean: 26.155 Å2 / Biso min: 9.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----1.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3269 0 25 366 3660
Biso mean--51.77 34.66 -
残基数----400
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133414
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4511.6454624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4111.5827311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8355412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.03225.085177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.04115631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.996158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02682
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 101 -
Rwork0.276 2146 -
all-2247 -
obs--96.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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