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- PDB-6nbt: CRISPR Complex Subunit Csm3 from Staphylococcus epidermidis RP62a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nbt
タイトルCRISPR Complex Subunit Csm3 from Staphylococcus epidermidis RP62a
要素CRISPR-associated protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CRISPR / RNA Binding / RNA Recognition Motif / Samarium (III) chloride
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / hydrolase activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated RAMP Csm3 / : / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SAMARIUM (III) ION / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dorsey, B.W. / Mondragon, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118108 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2019
タイトル: Structural organization of a Type III-A CRISPR effector subcomplex determined by X-ray crystallography and cryo-EM.
著者: Bryan W Dorsey / Lei Huang / Alfonso Mondragón /
要旨: Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their associated Cas proteins provide an immune-like response in many prokaryotes against extraneous nucleic acids. CRISPR-Cas ...Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their associated Cas proteins provide an immune-like response in many prokaryotes against extraneous nucleic acids. CRISPR-Cas systems are classified into different classes and types. Class 1 CRISPR-Cas systems form multi-protein effector complexes that includes a guide RNA (crRNA) used to identify the target for destruction. Here we present crystal structures of Staphylococcus epidermidis Type III-A CRISPR subunits Csm2 and Csm3 and a 5.2 Å resolution single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction of an in vivo assembled effector subcomplex including the crRNA. The structures help to clarify the quaternary architecture of Type III-A effector complexes, and provide details on crRNA binding, target RNA binding and cleavage, and intermolecular interactions essential for effector complex assembly. The structures allow a better understanding of the organization of Type III-A CRISPR effector complexes as well as highlighting the overall similarities and differences with other Class 1 effector complexes.
履歴
登録2018年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein
B: CRISPR-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,10018
ポリマ－54,0252
非ポリマー2,07516
水1,22568
1
A: CRISPR-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9959
ポリマ－27,0121
非ポリマー9828
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CRISPR-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1059
ポリマ－27,0121
非ポリマー1,0938
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: CRISPR-associated protein
ヘテロ分子

B: CRISPR-associated protein
ヘテロ分子

A: CRISPR-associated protein
ヘテロ分子

A: CRISPR-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,19936
ポリマ－108,0504
非ポリマー4,15032
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1/2,y+1/2,-z1
Buried area11510 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area36800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.612, 50.979, 83.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-431-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 214 / Label seq-ID: 26 - 238

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein


分子量: 27012.383 Da / 分子数: 2 / 断片: Subunit Csm3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 35984 / RP62A) (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A / 細胞株: 35984D-5 / 遺伝子: SERP2459 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q5HK91
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.51 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, calcium acetate, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.57 Å / Num. obs: 16891 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20180126データ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
CRANK22.0.180位相決定
REFMAC5.8.0222精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 10.897 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.491 / ESU R Free: 0.284 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26687 795 4.7 %RANDOM
Rwork0.23046 ---
obs0.23226 16078 97.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å2-0 Å21.31 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2932 0 14 68 3014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0142977
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2921.6643986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8321.6566321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1445359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9722.768177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.60515550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.31522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02541
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9844.8521460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9794.8481459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2447.241811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.2447.2441812
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.565.4231517
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5595.4221518
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.2867.9022175
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined31.29456.053124
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other29.56456.0343123
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5423 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 64 -
Rwork0.305 1121 -
obs--95.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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