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万見
- PDB-6naf: De novo designed homo-trimeric amantadine-binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6naf
タイトルDe novo designed homo-trimeric amantadine-binding protein
要素amantadine-binding protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / helical bundle / trimer / amantadine-binding protein
機能・相同性(3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decan-1-amine / DEUTERATED WATER
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.923 Å
データ登録者Selvaraj, B. / Park, J. / Cuneo, M.J. / Myles, D.A.A. / Baker, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: De novo design of a homo-trimeric amantadine-binding protein.
著者: Park, J. / Selvaraj, B. / McShan, A.C. / Boyken, S.E. / Wei, K.Y. / Oberdorfer, G. / DeGrado, W. / Sgourakis, N.G. / Cuneo, M.J. / Myles, D.A. / Baker, D.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: amantadine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3143
ポリマ－9,1401
非ポリマー1742
水73941
1
A: amantadine-binding protein
ヘテロ分子

A: amantadine-binding protein
ヘテロ分子

A: amantadine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9419
ポリマ－27,4193
非ポリマー5236
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area18420 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area12680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.610, 50.610, 68.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

308

21A-101-

308

31A-102-

NA

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要素

#1: タンパク質 amantadine-binding protein


分子量: 9139.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pPpARG4
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
#2: 化合物 ChemComp-308 / (3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decan-1-amine / Amantadine / アマンタジン


分子量: 151.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 9% PEG6000, 0.1 M citric acid, pH 4.0 / PH範囲: 4-5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12981N
22981N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.5417
NUCLEAR REACTORORNL High Flux Isotope Reactor CG4D22.8-4.5
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU1IMAGE PLATE2017年12月9日
MAATEL IMAGINE2IMAGE PLATE2018年6月12日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54171
22.81
34.51
反射

Entry-ID: 6NAF

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.92-68.82765510017.80.09123.2
2.3-36.72263973.540.14328.7
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.92-9.0276861100
2.5-7.2730912

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
LAUEGENデータ削減
LSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化

SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 18.84 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: PDB entry 6N9H

6n9h

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)σ(F)
1.923-36.969X-RAY DIFFRACTION0.20390.17480.1777770765510.0699.871.38
2.5-27.065NEUTRON DIFFRACTION0.31790.27710.280126126399.8975.3423.7
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.923→36.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数596 0 12 41 649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131390
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0012433
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.512566
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01214
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0131390
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d2.0012433
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.512566
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073102
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.01214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9231-2.07160.21391470.19091368X-RAY DIFFRACTION100
2.0716-2.28010.18341560.18241377X-RAY DIFFRACTION100
2.2801-2.60990.20961580.1741362X-RAY DIFFRACTION100
2.6099-3.28790.21421470.19071389X-RAY DIFFRACTION100
3.2879-36.97560.20011620.15981389X-RAY DIFFRACTION99
2.5002-3.14920.33891030.3266986NEUTRON DIFFRACTION63
3.1492-27.0670.3091580.25181392NEUTRON DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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