PDB-6na5: Crystal Structure of ECR in complex with NADP+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6na5

タイトル

Crystal Structure of ECR in complex with NADP+

要素

Putative crotonyl-CoA reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ECR C-cycling NADP+

機能・相同性

機能・相同性情報

crotonyl-CoA reductase activity / NADPH:quinone reductase activity / NADPH binding / mRNA 3'-UTR binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Kitasatospora setae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

DeMirci, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022
タイトル: Intersubunit Coupling Enables Fast CO2-Fixation by Reductive Carboxylases
著者: DeMirci, H. / Rao, Y. / Stoffel, G.M. / Vogeli, B. / Schell, K. / Gomez, A. / Batyuk, A. / Gati, C. / Sierra, R.G. / Hunter, M.S. / Dao, E.H. / Ciftci, H.I. / Hayes, B. / Poitevin, F. / Li, P. ...

履歴

登録	2018年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6na5.cif.gz	725.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6na5.ent.gz	598.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6na5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6na5_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6na5_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6na5_validation.xml.gz	43.3 KB	表示
CIF形式データ	6na5_validation.cif.gz	70.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/6na5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/6na5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6na3C 6na4C 6na6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3krt-d 6na3-d 6na4-d 4a10-d 3hzz-d 6na6-d 6owe-d 1pl7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative crotonyl-CoA reductase

B: Putative crotonyl-CoA reductase

C: Putative crotonyl-CoA reductase

D: Putative crotonyl-CoA reductase

ヘテロ分子

198 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.000, 146.700, 200.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Putative crotonyl-CoA reductase 分子量: 48823.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kitasatospora setae (strain ATCC 33774 / DSM 43861 / JCM 3304 / KCC A-0304 / NBRC 14216 / KM-6054) (バクテリア) 株: ATCC 33774 / DSM 43861 / JCM 3304 / KCC A-0304 / NBRC 14216 / KM-6054 遺伝子: ccr1, KSE_56510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E4N096
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.1M TRIS ph 8.0 20% w/v Poly (acrylic acid sodium salt) 5100 30% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.36→49.361 Å / Num. obs: 223595 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 6.213 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.218 / R_rim(I) all: 0.237 / Χ²: 1.365 / Net I/σ(I): 4.37

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all	CC_1/2
1.36-1.44	3.197	13.194	0.04	99302	15.745	65.7
1.44-1.54	5.032	14.651	0.05	136071	16.361	95.9
1.54-1.67	7.061	8.645	0.17	132076	9.324	100
1.67-1.83	6.923	3.801	0.51	121469	4.108	99.9	0.126
1.83-2.04	6.864	1.43	1.64	110069	1.547	100	0.622
2.04-2.36	7.1	0.6	5.02	96877	0.648	99.9	0.926
2.36-2.88	6.8	0.25	10.27	81893	0.271	100	0.979
2.88-4.07	6.931	0.096	20.28	63342	0.104	100	0.995
4.07-49.361	6.523	0.064	27.03	34876	0.07	99.8	0.997

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.75→49.361 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 25.17

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2171	1121	0.51 %
R_work	0.195	-	-
obs	0.1951	220094	96.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.47 Å² / B_iso mean: 33.5883 Å² / B_iso min: 15.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→49.361 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13748	0	192	1749	15689
B_iso mean	-	-	39.36	37.33	-
残基数	-	-	-	-	1777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14340
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.155	19492
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	2096
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2528
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.836	5160

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.75-1.8296	0.3829	128	0.3542	24907	25035	89
1.8296-1.9261	0.3022	133	0.295	26036	26169	92
1.9261-2.0468	0.24	137	0.2481	26852	26989	96
2.0468-2.2048	0.2237	141	0.2094	27558	27699	98
2.2048-2.4267	0.2351	143	0.199	27861	28004	99
2.4267-2.7778	0.2371	144	0.1998	28142	28286	99
2.7778-3.4996	0.2137	146	0.186	28466	28612	100
3.4996-49.381	0.1798	149	0.1615	29151	29300	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5649	0.1425	-0.3265	1.0785	-0.2298	1.6935	-0.0361	-0.3279	-0.1665	0.0757	-0.0838	-0.1344	0.1369	0.0288	-0.0345	0.2611	-0.0563	0.0146	0.3388	0.0649	0.1986	-33.2321	19.4202	-35.1742
2	0.1843	0.3401	-0.143	0.4477	-0.0469	0.5067	0.0147	-0.0345	-0.0948	0.0147	-0.0015	-0.1031	0.0291	-0.0768	0	0.2355	-0.0417	0.0097	0.2952	0.0133	0.2008	-30.0077	27.6367	-44.0463
3	1.37	-0.4018	-0.0339	0.7142	0.1136	0.9517	0.0689	-0.0449	-0.3076	-0.0248	-0.0359	0.119	0.1444	-0.1185	0.0036	0.22	-0.0475	-0.0201	0.157	0.0165	0.2707	-31.4897	17.1385	-69.929
4	1.0054	0.1533	-0.1183	0.4731	0.1052	1.0267	-0.0165	0.0395	-0.0625	0.0174	0.0169	0.0522	0.1249	-0.3371	-0	0.2168	-0.0677	0.0135	0.3333	0.0093	0.201	-45.2057	23.6105	-50.0419
5	1.3563	0.9726	-0.5358	1.5741	-0.1125	0.898	0.1204	-0.365	0.3457	0.1654	-0.0309	0.3245	-0.0487	0.0794	0.0002	0.2582	-0.052	0.0481	0.3373	-0.0877	0.2809	-7.0058	54.1586	-34.2464
6	0.7391	0.3287	-0.2244	0.2038	0.0831	0.4782	-0.0078	-0.0463	0.0155	0.0351	-0.0103	0.0935	0.0335	0.0484	0	0.2337	-0.0278	0.022	0.2882	-0.0292	0.2195	-9.3073	42.8064	-42.0847
7	1.7811	-0.4311	-0.1584	0.774	-0.1896	0.913	0.1599	-0.1139	0.3974	-0.019	-0.0476	-0.0962	-0.1414	0.1712	0.0384	0.2134	-0.0588	0.0674	0.1354	-0.0468	0.2746	-6.0228	55.1888	-68.2912
8	1.1719	0.2326	-0.3334	0.3442	-0.2374	0.7886	-0.0387	0.0156	0.0137	0.008	0.0368	-0.054	-0.0272	0.2534	-0	0.1804	-0.0549	0.0123	0.3189	-0.0411	0.2008	6.1178	48.3013	-47.9846
9	1.989	-0.6869	-0.8039	1.427	0.3992	0.7833	0.0934	0.3155	0.407	-0.025	0.0238	-0.269	0.0332	-0.1364	0.0237	0.232	0.0272	0.0174	0.1941	0.0682	0.2593	-32.0262	54.1379	-101.1372
10	0.3122	0.1745	0.0087	0.2352	-0.0393	0.7613	0.0318	0	0.1421	0.0004	0.0026	0.0345	-0.062	-0.1156	0	0.1925	0.042	0.0378	0.1731	0.0045	0.2296	-34.9019	49.5623	-78.478
11	1.7737	0.0509	0.5981	0.6603	-0.067	0.6281	0.0517	0.2705	-0.2949	-0.1228	0.0023	0.0163	0.0794	0.1514	0.0038	0.2599	0.0343	0.0005	0.2117	-0.0642	0.208	-0.3826	18.4558	-100.265
12	0.1656	-0.3008	-0.0232	0.6251	0.0496	0.4643	0.0284	0.116	-0.0772	0.1313	-0.0295	0.3061	0.05	0.0207	-0.0005	0.2466	-0.0019	0.0023	0.2038	-0.0186	0.2667	-11.1757	20.9496	-100.6791
13	0.3184	0.2199	-0.0204	0.2241	0.1003	0.6127	-0.0064	0.0183	0.0049	-0.026	-0.0024	0.0307	0.0096	0.0204	0	0.2042	0.0243	-0.0014	0.1813	-0.0131	0.1939	-5.3798	29.3597	-85.7433
14	1.197	-0.0473	0.0284	0.7018	-0.2119	0.9873	0.0332	-0.1148	-0.2296	0.0121	-0.0012	-0.0442	0.1531	0.1253	0.0008	0.237	0.0314	-0.0176	0.1758	0.0284	0.2483	-5.2117	15.3862	-64.9631
15	1.1689	0.2365	0.5297	0.3632	-0.0368	0.4979	0.0224	-0.0543	-0.062	-0.0366	0.0168	-0.0682	0.0196	0.1573	0	0.1874	0.0252	0.0056	0.2191	0.0017	0.167	8.3335	26.1492	-85.9892

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 139 )	A	-1 - 139
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 140 through 203 )	A	140 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 204 through 368 )	A	204 - 368
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 369 through 443 )	A	369 - 443
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 128 )	B	-1 - 128
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 129 through 203 )	B	129 - 203
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 204 through 368 )	B	204 - 368
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 369 through 443 )	B	369 - 443
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid -1 through 128 )	C	-1 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 129 through 443 )	C	129 - 443
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid -1 through 92 )	D	-1 - 92
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 93 through 128 )	D	93 - 128
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 129 through 247 )	D	129 - 247
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 248 through 368 )	D	248 - 368
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 369 through 443 )	D	369 - 443

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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