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- PDB-6na4: Co crystal structure of ECR with Butryl-CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6na4
タイトルCo crystal structure of ECR with Butryl-CoA
要素Putative crotonyl-CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / C-cycling ECR Butryl-CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


crotonyl-CoA reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Crotonyl-CoA reductase / : / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain ...Crotonyl-CoA reductase / : / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
9-ETHYL-9H-PURIN-6-YLAMINE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-NDP / Pyrrolidine / Chem-YAS / Putative crotonyl-CoA reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Kitasatospora setae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.722 Å
データ登録者DeMirci, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-1231306 米国
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022
タイトル: Intersubunit Coupling Enables Fast CO2-Fixation by Reductive Carboxylases
著者: DeMirci, H. / Rao, Y. / Stoffel, G.M. / Vogeli, B. / Schell, K. / Gomez, A. / Batyuk, A. / Gati, C. / Sierra, R.G. / Hunter, M.S. / Dao, E.H. / Ciftci, H.I. / Hayes, B. / Poitevin, F. / Li, P. ...著者: DeMirci, H. / Rao, Y. / Stoffel, G.M. / Vogeli, B. / Schell, K. / Gomez, A. / Batyuk, A. / Gati, C. / Sierra, R.G. / Hunter, M.S. / Dao, E.H. / Ciftci, H.I. / Hayes, B. / Poitevin, F. / Li, P.N. / Kaur, M. / Tono, K. / Saez, D.A. / Deutsch, S. / Yoshikuni, Y. / Grubmuller, H. / Erb, T.J. / Vohringer-Martinez, E. / Wakatsuki, S.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative crotonyl-CoA reductase
B: Putative crotonyl-CoA reductase
C: Putative crotonyl-CoA reductase
D: Putative crotonyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,82617
ポリマ－196,4934
非ポリマー5,33313
水33,7241872
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21460 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area58800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.342, 78.829, 138.786
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative crotonyl-CoA reductase


分子量: 49123.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kitasatospora setae (strain ATCC 33774 / DSM 43861 / JCM 3304 / KCC A-0304 / NBRC 14216 / KM-6054) (バクテリア)
株: ATCC 33774 / DSM 43861 / JCM 3304 / KCC A-0304 / NBRC 14216 / KM-6054
遺伝子: ccr1, KSE_56510
Variant: ATCC 33774 / DSM 43861 / JCM 3304 / KCC A-0304 / NBRC 14216 / KM-6054
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E4N096

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非ポリマー , 6種, 1885分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-VES / Pyrrolidine / ピロリジン


分子量: 71.121 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9N
#4: 化合物 ChemComp-2EC / 9-ETHYL-9H-PURIN-6-YLAMINE / 9-エチルアデニン


分子量: 163.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-YAS / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] butanethioate / Butyryl-CoA


分子量: 837.624 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H42N7O17P3S
#6: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H30N7O17P3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1872 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: MIDAS Screen

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→39.415 Å / Num. obs: 446804 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.676 % / Biso Wilson estimate: 23.54 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.199 / Net I/σ(I): 15.55
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.72-1.835.9460.8691.6418481138167310820.7140.95281.4
1.83-1.956.9720.5673.0424805835863355770.90.61399.2
1.95-2.116.7050.3255.3722058033429328980.9630.35398.4
2.11-2.317.0210.2078.8521466030761305740.9870.22499.4
2.31-2.586.6950.13513.4618362927863274270.9930.14698.4
2.58-2.986.9510.08621.4317013424647244750.9970.09399.3
2.98-3.646.5240.04736.4213471920932206500.9990.05198.7
3.64-5.136.4110.03251.1310275016271160260.9990.03598.5
5.13-39.4156.750.02751.4618949290917010.02998.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.722→39.415 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1979 3922 0.88 %
Rwork0.1698 --
obs0.1701 446804 95.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.33 Å2 / Biso mean: 26.9393 Å2 / Biso min: 12.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.722→39.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13789 0 344 1899 16032
Biso mean--33.85 35.25 -
残基数----1791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01320160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0752146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0018640
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.722-1.7430.3147520.3661595736
1.743-1.7650.36931220.32851368783
1.765-1.78830.33531350.3061526992
1.7883-1.81280.331440.27851631799
1.8128-1.83870.29261470.2541642499
1.8387-1.86610.24451420.24181631299
1.8661-1.89530.28311450.23321636899
1.8953-1.92630.24471480.22241644599
1.9263-1.95960.22231450.21321628699
1.9596-1.99520.20981450.20471623899
1.9952-2.03360.24991440.20061628698
2.0336-2.07510.26151440.19711605697
2.0751-2.12020.23031450.188616376100
2.1202-2.16950.20321450.18521643899
2.1695-2.22380.19611430.17151637399
2.2238-2.28390.20031460.16881649499
2.2839-2.35110.21121480.17481624999
2.3511-2.42690.19441390.1751625898
2.4269-2.51370.20821420.1761593697
2.5137-2.61430.19191430.17191654699
2.6143-2.73330.18881460.17161638299
2.7333-2.87730.21121470.16881636199
2.8773-3.05750.21391430.16771633299
3.0575-3.29350.17721470.16461613798
3.2935-3.62470.19511450.149316491100
3.6247-4.14870.15441430.12991638299
4.1487-5.2250.14291450.11841624798
5.225-39.40.161420.15211623598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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