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- PDB-6na3: Crystal Structure of Apo-form of ECR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6na3
タイトルCrystal Structure of Apo-form of ECR
要素Putative crotonyl-CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / C-cycling ECR
機能・相同性
機能・相同性情報


crotonyl-CoA reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Crotonyl-CoA reductase / : / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Crotonyl-CoA reductase / : / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyrrolidine / Putative crotonyl-CoA reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Kitasatospora setae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者DeMirci, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-1231306 米国
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022
タイトル: Intersubunit Coupling Enables Fast CO2-Fixation by Reductive Carboxylases
著者: DeMirci, H. / Rao, Y. / Stoffel, G.M. / Vogeli, B. / Schell, K. / Gomez, A. / Batyuk, A. / Gati, C. / Sierra, R.G. / Hunter, M.S. / Dao, E.H. / Ciftci, H.I. / Hayes, B. / Poitevin, F. / Li, P. ...著者: DeMirci, H. / Rao, Y. / Stoffel, G.M. / Vogeli, B. / Schell, K. / Gomez, A. / Batyuk, A. / Gati, C. / Sierra, R.G. / Hunter, M.S. / Dao, E.H. / Ciftci, H.I. / Hayes, B. / Poitevin, F. / Li, P.N. / Kaur, M. / Tono, K. / Saez, D.A. / Deutsch, S. / Yoshikuni, Y. / Grubmuller, H. / Erb, T.J. / Vohringer-Martinez, E. / Wakatsuki, S.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative crotonyl-CoA reductase
B: Putative crotonyl-CoA reductase
C: Putative crotonyl-CoA reductase
D: Putative crotonyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,03817
ポリマ－195,2924
非ポリマー74613
水24,5001360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15590 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area62390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.100, 153.000, 202.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative crotonyl-CoA reductase


分子量: 48823.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kitasatospora setae (strain ATCC 33774 / DSM 43861 / JCM 3304 / KCC A-0304 / NBRC 14216 / KM-6054) (バクテリア)
株: ATCC 33774 / DSM 43861 / JCM 3304 / KCC A-0304 / NBRC 14216 / KM-6054
遺伝子: ccr1, KSE_56510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E4N096
#2: 化合物
ChemComp-VES / Pyrrolidine / ピロリジン


分子量: 71.121 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9N
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.1M TRIS ph 8.0 20% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 5100 30% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→16.966 Å / Num. obs: 223907 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 6.14 % / Biso Wilson estimate: 26.44 Å2 / Net I/σ(I): 12.32
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.8→16.966 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 37.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 1011 5 %
Rwork0.1991 --
obs0.1994 204747 91.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.08 Å2 / Biso mean: 48.5681 Å2 / Biso min: 19.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→16.966 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13737 0 5 1369 15111
Biso mean--54.81 48.9 -
残基数----1786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16719198
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1012061
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4938321
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.89480.43591310.4173265042663584
1.8948-2.01330.37411360.3273274282756487
2.0133-2.16850.29431400.2531282882842889
2.1685-2.38620.25111430.2146288772902091
2.3862-2.73020.23871490.1977297822993194
2.7302-3.43510.2241530.1857308613101496
3.4351-16.96670.19891590.1541319963215598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.52782.26981.2766.70090.54164.87340.0749-0.4868-0.28540.39790.0723-0.54950.07210.9657-0.18530.37410.0355-0.01560.72260.0170.35623.09621.83833.2433
22.03530.9021-0.77333.2032-3.05842.9621-0.0330.04260.87320.14250.1269-0.3279-1.70240.20840.07161.4285-0.27190.10430.4841-0.0850.61514.32130.776121.4064
31.26360.3046-0.55844.0673-0.17441.82610.07740.05530.4036-0.26340.03220.0792-1.00920.3087-0.0910.6277-0.11440.02340.324-0.02030.321212.86617.833121.5815
43.4843-0.5758-0.53722.45670.19813.82450.1353-0.08140.2437-0.0591-0.06630.2364-0.780.1155-0.0640.3792-0.01110.01120.2257-0.03670.23286.42311.398824.3892
51.30050.95161.09511.20180.65933.9105-0.0806-0.04040.2679-0.0516-0.03960.1991-0.6945-0.00270.16270.39510.03410.03870.22570.00390.33114.40869.377714.8456
63.17631.51820.45982.36940.95997.41750.11160.28250.0674-0.08820.06-0.0686-0.29311.1846-0.16680.26710.0077-0.00890.3182-0.01890.266519.02974.882516.3939
71.7377-1.3279-0.84581.3599-0.6385.56570.01930.0270.24090.00460.0012-0.2302-0.78940.91730.00870.3644-0.07590.00840.30130.00120.316615.62869.5913-3.945
86.44492.55170.64016.1449-1.37852.66040.0862-0.4180.48790.2616-0.1718-0.8931-1.11131.08170.08290.6389-0.28860.05650.7142-0.01510.467926.182618.7749-8.9689
93.3502-2.54980.54146.54190.37880.41150.08070.32930.8524-0.31480.0822-0.593-1.3840.30350.00461.153-0.21850.07020.47150.13210.572813.646128.6415-17.2686
101.3464-0.79430.34951.3164-0.11640.12340.080.21920.3723-0.0163-0.0437-0.0917-1.13870.3348-0.00720.6568-0.02460.03830.21810.04880.35626.559518.7309-10.9985
116.26053.12541.6335.24612.64954.6033-0.09620.24810.2032-0.09930.2861-0.1699-0.44021.241-0.1820.3401-0.06780.02880.43910.02660.262821.11527.2259.1774
123.3314-0.7480.43179.66220.16394.21880.15010.42940.0287-0.4507-0.0957-0.4329-0.03290.9181-0.07090.35610.05820.04920.69230.03820.308826.0437-1.8052-50.4984
133.30280.18411.05236.3669-3.00484.46450.0821-0.1302-0.9924-0.11040.0106-0.41341.66680.1851-0.02711.13880.2554-0.06380.4924-0.06810.590716.3892-30.7361-39.2264
142.08371.089-0.78524.53970.17663.51640.0578-0.0951-0.4240.173-0.07730.00920.74270.1910.03760.47380.1573-0.00580.4104-0.00680.349915.0033-17.8041-39.5725
155.0653.48211.11634.78940.36944.77450.0972-0.0088-0.2074-0.009-0.10660.15890.5613-0.08420.00310.30490.12460.0430.2563-0.02060.24828.7634-11.3535-42.817
160.84640.1222-1.20290.6080.54462.6904-0.12780.0189-0.09930.0625-0.0060.04830.3531-0.03420.13110.36360.1114-0.00120.37280.0060.33386.0966-9.3341-33.4531
172.9598-0.28790.94991.95320.74573.80630.06-0.3903-0.22180.12760.0932-0.01620.16620.6017-0.16130.27870.11280.01410.4795-0.01560.289320.7946-4.8588-33.946
181.82680.30731.08081.2089-0.43160.98630.01430.3289-0.208-0.040.0088-0.06350.3380.72210.01150.33610.19370.01680.387-0.03470.347615.8441-9.4887-13.8498
193.0102-2.0561-0.18485.2947-1.34130.56720.06280.6063-0.61590.0518-0.1585-0.56950.71380.92340.11410.58280.3631-0.04590.6984-0.0990.532726.0965-18.8852-8.1283
202.53981.06890.63925.13010.91161.2831-0.0735-0.0231-0.61060.22060.0575-0.22811.03980.3248-0.20010.99930.4729-0.00270.29130.02230.514913.0447-28.6074-0.7445
210.55450.0233-0.08870.9098-0.5520.5973-0.0210.2053-0.178-0.07030.0677-0.01070.90180.19870.05410.65950.3028-0.0117-0.0212-0.06720.40216.4029-18.9694-7.6059
224.9965-2.1293-0.5252.71061.11612.50420.0123-0.4403-0.18550.02470.1359-0.20450.42040.7392-0.18710.34780.1449-0.00080.54980.03320.28622.3893-7.2027-26.6184
233.57290.33490.78831.63730.77883.07620.2048-0.4746-0.37040.1822-0.0186-0.00870.72791.0146-0.17480.46620.267-0.01490.83510.05930.391530.1503-12.8264-28.8148
242.1329-1.4247-0.33746.9787-1.30193.63010.04480.5616-0.08-0.39370.14460.3927-0.0521-0.971-0.2130.39940.064-0.05210.90080.04980.3552-23.13291.7229-52.2359
252.4265-0.42830.7183.22333.00373.823-0.42360.02490.875-0.26050.21120.2591-2.0209-0.19970.2911.52620.3145-0.03930.66160.18870.7255-14.311430.6557-40.3298
261.1560.40810.69483.6684-0.3764.3272-0.09270.08480.40120.1175-0.078-0.0601-1.2188-0.16210.17930.65990.2025-0.00570.50230.09790.4088-12.851917.7493-40.6173
273.88911.45320.23392.85930.29024.96530.01210.32350.2119-0.0528-0.0423-0.2738-0.79010.11930.02660.42280.1095-0.00430.42780.10780.3175-6.425511.3076-43.4161
283.0005-0.53343.10520.5136-0.47584.7132-0.16620.35450.36360.0173-0.0615-0.0678-0.7086-0.01020.22560.38310.12340.02590.3720.04580.3176-4.41889.3046-33.8569
293.8652-1.86251.19032.667-0.51812.34090.0755-0.0963-0.08060.11740.02150.1941-0.2865-0.946-0.09240.31720.1301-0.00980.62190.05490.2727-19.05884.8192-35.3931
301.7984-0.6036-0.91551.05490.62120.6034-0.02970.25630.2437-0.05970.08850.0955-0.4951-0.8491-0.0160.42330.2570.00260.43950.06810.3849-15.5199.4977-15.0245
314.1933-2.99880.82165.5105-0.36730.18230.01380.43510.3527-0.112-0.07480.6694-0.8419-0.8140.03910.71850.46270.0140.86450.07260.544-26.198118.8254-10.1269
322.35220.4565-0.38543.5143-0.60481.2678-0.0701-0.09850.76290.13680.00670.309-1.092-0.3213-0.29461.16770.48850.04140.4023-0.02950.5948-13.618428.7486-1.8524
330.90480.14690.5330.52570.06130.8642-0.03680.01090.2918-0.05410.03870.0745-1.06-0.15820.02180.69790.24110.02730.28390.05380.3996-6.565218.7434-8.0734
343.5424-1.03261.32170.8144-0.29740.55830.1183-0.0720.19490.0897-0.03720.2873-0.5205-1.025-0.20040.4220.31980.0330.77170.05640.3597-21.11237.1769-28.1786
353.0133-0.2229-0.1080.18690.07712.48180.0313-0.23930.320.05660.03020.1268-0.8634-1.4197-0.01810.58240.39230.01911.07390.03650.4437-28.958112.7373-31.277
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372.3734-0.57160.75784.56881.81843.2913-0.13010.117-0.7274-0.07520.0820.38541.2124-0.12980.06650.9308-0.23350.0590.44930.0740.493-16.5467-30.57520.1733
381.48180.297-0.3033.64110.54913.74510.06420.0016-0.31980.0709-0.0992-0.09340.8789-0.41090.04380.4553-0.08570.00240.37240.03920.2994-15.0725-17.696320.6175
394.627-1.38370.53394.0626-0.17454.97130.0471-0.191-0.24490.0646-0.0652-0.28650.54220.03720.01890.2765-0.03160.0220.23370.04720.2068-8.8009-11.273823.8508
401.87220.5125-0.50080.5027-0.38682.7588-0.045-0.069-0.2083-0.0955-0.0836-0.27190.4466-0.28490.12170.38750.03060.01080.13560.02840.355-6.1298-9.263714.4905
413.65531.40480.52982.59730.11115.91280.05160.22250.0273-0.03820.03890.0874-0.0232-1.0001-0.0870.2440.03260.02590.36950.03650.2344-20.8464-4.751914.9749
422.7016-1.60081.31261.11530.25927.82670.02590.0927-0.14120.006-0.030.10710.478-0.81160.00720.2654-0.0160.01730.254-0.00640.2916-15.8999-9.4639-5.0924
436.15182.7254-0.7286.980.94752.18850.0805-0.103-0.68790.0514-0.1350.65320.779-1.13170.03690.5486-0.268-0.04780.79050.02290.4742-25.9289-19.1627-10.7515
444.5126-2.2812-0.32696.93070.11851.59190.00110.2146-0.8971-0.32230.12790.39041.3289-0.4873-0.06680.9329-0.1995-0.0370.4342-0.11440.5087-13.1152-28.6409-18.111
451.9823-0.7069-0.80171.13140.09211.83290.02020.2487-0.3928-0.0644-0.05280.05760.9025-0.31790.02580.5019-0.0212-0.01310.2241-0.03950.3345-6.5876-18.9029-11.3191
465.72382.6823-0.36272.6638-0.79794.1187-0.03280.3635-0.2686-0.04720.12370.03030.2779-0.9067-0.1080.25880.01660.01660.4518-0.01730.2601-22.3703-7.18567.6828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 25 )A0 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 54 )A26 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 55 through 92 )A55 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 93 through 139 )A93 - 139
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 140 through 179 )A140 - 179
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 180 through 203 )A180 - 203
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 204 through 247 )A204 - 247
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 248 through 279 )A248 - 279
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 280 through 306 )A280 - 306
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 307 through 368 )A307 - 368
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 369 through 396 )A369 - 396
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 0 through 25 )B0 - 25
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 26 through 54 )B26 - 54
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 55 through 92 )B55 - 92
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 93 through 139 )B93 - 139
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 140 through 179 )B140 - 179
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 180 through 203 )B180 - 203
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 204 through 247 )B204 - 247
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 248 through 279 )B248 - 279
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 280 through 306 )B280 - 306
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 307 through 368 )B307 - 368
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 369 through 396 )B369 - 396
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 397 through 442 )B397 - 442
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 0 through 25 )C0 - 25
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 26 through 54 )C26 - 54
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 55 through 92 )C55 - 92
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 93 through 139 )C93 - 139
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 140 through 179 )C140 - 179
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 180 through 203 )C180 - 203
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 204 through 247 )C204 - 247
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 248 through 279 )C248 - 279
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'C' and (resid 280 through 306 )C280 - 306
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'C' and (resid 307 through 368 )C307 - 368
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'C' and (resid 369 through 396 )C369 - 396
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'C' and (resid 397 through 442 )C397 - 442
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 0 through 25 )D0 - 25
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 26 through 54 )D26 - 54
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 55 through 92 )D55 - 92
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'D' and (resid 93 through 139 )D93 - 139
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'D' and (resid 140 through 179 )D140 - 179
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'D' and (resid 180 through 203 )D180 - 203
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'D' and (resid 204 through 247 )D204 - 247
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'D' and (resid 248 through 279 )D248 - 279
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'D' and (resid 280 through 306 )D280 - 306
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'D' and (resid 307 through 368 )D307 - 368
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'D' and (resid 369 through 396 )D369 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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