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- PDB-6n9o: Crystal structure of human GSDMD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n9o
タイトルCrystal structure of human GSDMD
要素Gasdermin-D
キーワードIMMUNE SYSTEM / Pyroptosis / gasdermin D / inflammasome / autoinhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


pyroptotic cell death / Release of apoptotic factors from the mitochondria / pore complex assembly / NLRP3 inflammasome complex / wide pore channel activity / Regulation of TLR by endogenous ligand / phosphatidic acid binding / Interleukin-1 processing / cardiolipin binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding ...pyroptotic cell death / Release of apoptotic factors from the mitochondria / pore complex assembly / NLRP3 inflammasome complex / wide pore channel activity / Regulation of TLR by endogenous ligand / phosphatidic acid binding / Interleukin-1 processing / cardiolipin binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / pyroptotic inflammatory response / phosphatidylserine binding / Pyroptosis / protein secretion / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of interleukin-1 beta production / mitochondrial membrane / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / specific granule lumen / tertiary granule lumen / defense response to Gram-negative bacterium / ficolin-1-rich granule lumen / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gasdermin, PUB domain / Gasdermin PUB domain / Gasdermin, pore forming domain / Gasdermin pore forming domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Liu, Z. / Wang, C. / Yang, J. / Xiao, T.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)GM127609 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)AR069908 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2019
タイトル: Crystal Structures of the Full-Length Murine and Human Gasdermin D Reveal Mechanisms of Autoinhibition, Lipid Binding, and Oligomerization.
著者: Liu, Z. / Wang, C. / Yang, J. / Zhou, B. / Yang, R. / Ramachandran, R. / Abbott, D.W. / Xiao, T.S.
履歴
登録2018年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gasdermin-D
B: Gasdermin-D
C: Gasdermin-D
D: Gasdermin-D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,9804
ポリマ－211,9804
非ポリマー00
水00
1
A: Gasdermin-D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9951
ポリマ－52,9951
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Gasdermin-D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9951
ポリマ－52,9951
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Gasdermin-D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9951
ポリマ－52,9951
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Gasdermin-D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9951
ポリマ－52,9951
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.640, 105.550, 151.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Gasdermin-D / Gasdermin domain-containing protein 1


分子量: 52994.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSDMD, DFNA5L, GSDMDC1, FKSG10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57764

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 200 mM NaCl, and 10 mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→49.5 Å / Num. obs: 23251 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 153.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1695 / CC1/2: 0.605 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(1.14_3260: ???)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B5R, 6AO3, 6AO4

5b5r

6ao3

6ao4


解像度: 3.5→49.483 Å / SU ML: 0.75 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 45.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3454 1115 4.8 %
Rwork0.2763 --
obs0.2796 23223 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→49.483 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11601 0 0 0 11601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411809
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89116050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9637167
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471878
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052072
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5001-3.65940.42661430.40212792X-RAY DIFFRACTION99
3.6594-3.85220.4871340.39212704X-RAY DIFFRACTION99
3.8522-4.09350.4821490.38692699X-RAY DIFFRACTION99
4.0935-4.40930.36091570.31182753X-RAY DIFFRACTION99
4.4093-4.85270.36071390.29942783X-RAY DIFFRACTION100
4.8527-5.55410.40411590.28992741X-RAY DIFFRACTION100
5.5541-6.99450.44161030.32772827X-RAY DIFFRACTION99
6.9945-49.48760.25431310.19912809X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.89050.81383.9341-2.5297-1.4762-0.6219-0.27880.60780.64470.64040.24060.0690.17360.2678-0.04080.872-0.05780.09310.7273-0.13140.988616.6291-38.0854-24.702
21.8256-2.5891.11591.52510.77163.3183-0.04381.30970.4849-0.46470.1106-0.1989-0.3729-0.0731-0.00011.1835-0.17670.03861.54450.0151.122534.5494-21.2268-39.8321
34.36633.27270.20541.64641.7256-0.02840.5623-0.23740.2815-0.4355-0.67490.30180.48430.5987-0.01481.1038-0.2230.12191.1427-0.05741.208522.3545-10.2887-23.6102
42.48391.64913.89621.5281-0.6113-0.26980.5439-1.08150.6088-0.4691-0.2995-0.37760.43361.33590.11490.9060.48760.10681.1930.09611.032512.3366-36.477.8056
52.7964-2.43320.5171-0.6564-3.8090.3968-0.6217-0.4637-0.3015-0.39240.5666-0.4655-0.7810.77680.07351.24830.4016-0.16891.50460.18331.02092.167-27.757683.627
60.54342.2131-1.01152.3826-2.60570.03810.3113-0.04850.0704-0.57750.60390.11150.54730.56160.0121.5093-0.0451-0.00691.96630.25511.22362.6378-13.681587.6712
7-0.0484-0.206-0.34310.4324-0.97840.99451.8193-0.2549-0.2573-0.8392-0.49470.62531.07770.29660.18910.97340.12670.20541.54790.00171.244717.9265-26.421251.7958
80.24322.27030.96480.72372.5927-0.1569-1.40110.8110.7752-0.63251.28420.3019-0.62461.13590.00561.2843-0.3787-0.02091.92220.0181.202816.7647-9.919249.3883
9-1.2876-0.84640.73930.5486-0.3243-1.06540.3541-0.8406-0.25962.1977-1.95671.1715-0.60583.6164-0.05772.102-0.4482-0.79552.2381-0.24091.634923.7654-7.663956.7743
10-0.3508-1.3981-0.36470.2399-0.47240.5611-0.3074-0.0097-0.26110.2877-0.08820.1854-0.77432.1394-0.03361.34240.0751-0.15481.95220.50061.429720.0674-15.754949.4887
111.2612-1.22820.04830.6879-0.03821.1507-1.9389-3.79571.4687-0.43780.13370.16750.9187-0.3494-0.27661.2183-0.53610.01930.5815-0.1021.42725.1551-5.086655.1734
120.8068-0.61930.602-0.294-0.11421.22310.23530.0053-0.4441-0.71640.33320.5275-0.0194-0.52360.00011.4041-0.1576-0.03241.21860.22421.1974-10.2209-23.713236.7303
130.48180.5454-0.43450.8641-0.58910.95630.0199-1.8631-1.1902-1.26980.7190.69060.1132-0.55210.00031.21390.1982-0.08991.5840.17431.00910.3281-13.949628.1607
141.26341.4028-1.18022.84113.13068.3652-0.940.6113-1.01133.6982.26190.47323.06192.64130.6198-0.4379-0.53560.63920.80170.54151.0534-0.7621-25.771137.1406
151.01680.4864-1.23981.2748-0.34610.835-0.0831-3.1865-2.06971.17421.94591.6657-0.1259-0.09180.0021.44970.2042-0.30770.00930.5881.7535-4.2062-34.787853.6233
161.41222.1711.14841.70190.22220.7274-0.0521-0.6232-0.5766-2.5598-0.19690.7045-0.1421-0.89040.00021.12930.0983-0.0381.08440.21761.23850.3297-36.700848.2384
172.1611.7347-0.69362.04962.15821.8475-0.4018-0.22810.0513-0.4110.15930.0454-0.4410.0736-0.00430.92880.1605-0.04790.4503-0.08370.91989.4316-19.81733.7296
18-0.3641-1.1085-0.9994-0.87970.97092.99670.1119-0.4567-0.16890.2195-0.6269-0.02690.49440.1233-0.00370.75530.09420.00560.9772-0.07011.060624.674-36.24215.1885
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 2 through 286 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 287 through 380 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 381 through 480 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 3 through 146 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 147 through 320 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 321 through 480 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 3 through 36 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 37 through 88 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 89 through 146 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 147 through 223 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 224 through 286 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 287 through 321 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 322 through 364 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 365 through 395 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 396 through 424 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 425 through 481 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 1 through 286 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 287 through 480 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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