[日本語] English
万見
- PDB-6n99: Xylose isomerase 2F1 variant from Streptomyces sp. F-1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n99
タイトルXylose isomerase 2F1 variant from Streptomyces sp. F-1
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / Wild type
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / : / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces sp. F-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Miyamoto, R.Y. / Vieira, P.S. / Murakami, M.T. / Zanphorlin, L.M.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/02865-2 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/06509-0 ブラジル
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a novel xylose isomerase from Streptomyces sp. F-1 revealed the presence of unique features that differ from conventional classes.
著者: Miyamoto, R.Y. / de Sousa, A.S. / Vieira, P.S. / de Melo, R.R. / Scarpassa, J.A. / Ramos, C.H.I. / Murakami, M.T. / Ruller, R. / Zanphorlin, L.M.
履歴
登録2018年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
B: Xylose isomerase
C: Xylose isomerase
D: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,30812
ポリマ－171,8774
非ポリマー4328
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31370 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area47830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.776, 82.293, 140.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Xylose isomerase


分子量: 42969.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. F-1 (バクテリア)
遺伝子: xylA_1, xylA, STEPF1_01030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1K2FKX8, xylose isomerase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0 M lithium sulfate 8% 2-methyl-2,4-pentanediol 0.1 M imidazole pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 37206 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.047 % / Net I/σ(I): 5.57
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3139: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S5N

1s5n


解像度: 2.8→19.757 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3163 1864 5.02 %
Rwork0.2665 --
obs0.269 37151 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.757 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12008 0 23 7 12038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51916682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1737278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361745
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042256
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7998-2.87520.39891510.40022664X-RAY DIFFRACTION99
2.8752-2.95960.40691320.38522773X-RAY DIFFRACTION99
2.9596-3.05480.43561610.36682750X-RAY DIFFRACTION99
3.0548-3.16350.48031410.43612627X-RAY DIFFRACTION97
3.1635-3.28960.37871400.32722733X-RAY DIFFRACTION99
3.2896-3.43860.3831310.29782751X-RAY DIFFRACTION99
3.4386-3.61890.37231470.2982695X-RAY DIFFRACTION98
3.6189-3.8440.36011330.30592646X-RAY DIFFRACTION97
3.844-4.13830.31761440.28072633X-RAY DIFFRACTION95
4.1383-4.55020.25881510.21772748X-RAY DIFFRACTION99
4.5502-5.19810.27541650.20722724X-RAY DIFFRACTION99
5.1981-6.50990.25421350.21872750X-RAY DIFFRACTION99
6.5099-19.75780.19761330.16542793X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2768-0.4122-0.59091.0875-0.07992.09790.080.01220.2321-0.05360.0971-0.0194-0.32580.1434-0.17130.3759-0.0496-0.07380.26410.01780.471164.041651.883119.5363
21.4667-0.1764-0.45050.8972-0.07871.988-0.05050.1372-0.0327-0.0921-0.02140.19990.1145-0.60850.04570.3248-0.0103-0.13090.4207-0.00760.451642.317731.382242.662
30.56040.0135-0.59630.6574-0.25881.7931-0.0169-0.4863-0.04350.1085-0.0724-0.1230.13250.89290.06210.35210.1381-0.14520.68930.02080.535370.064335.597452.9211
41.56110.1622-0.990.6817-0.0591.8931-0.2438-0.2459-0.233-0.03920.0305-0.0330.43140.24130.18010.43190.0795-0.0850.2762-0.00860.466468.783622.54617.4021
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:386)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 3:386)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 3:386)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 3:386)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る