PDB-6n98: Xylose isomerase 1F1 variant from Streptomyces sp. F-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n98

タイトル

Xylose isomerase 1F1 variant from Streptomyces sp. F-1

要素

Xylose isomerase

キーワード

ISOMERASE / Wild type / bacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. F-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Miyamoto, R.Y. / Vieira, P.S. / Murakami, M.T. / Zanphorlin, L.M.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a novel xylose isomerase from Streptomyces sp. F-1 revealed the presence of unique features that differ from conventional classes.
著者: Miyamoto, R.Y. / de Sousa, A.S. / Vieira, P.S. / de Melo, R.R. / Scarpassa, J.A. / Ramos, C.H.I. / Murakami, M.T. / Ruller, R. / Zanphorlin, L.M.

履歴

登録	2018年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n98.cif.gz	174.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n98.ent.gz	137.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/6n98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/6n98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n99C 1s5nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y4j-1 1xlb-1 1174 1xll-1 4xim-d 1xlc-1 1s5n-1 4qdw-1 1xlf-1 1xle-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

43.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

A: Xylose isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
175 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.100, 92.900, 99.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Xylose isomerase 分子量: 43097.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. F-1 (バクテリア) 遺伝子: xylA_2, xylA, STEPF1_06097 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1K2FZ20, xylose isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M bis-tris propane pH 7.0 2.5 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 52732 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 12.48 % / Net I/σ(I): 18.08
反射シェル	解像度: 1.55→1.64 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_3139: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1S5N

1s5n

解像度: 1.55→31.77 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2144	2641	5.03 %
R_work	0.1925	-	-
obs	0.1936	52504	89.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→31.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3020	0	32	403	3455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3120
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.817	4231
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.673	1829
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	564

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5774	0.2756	132	0.2213	2349	X-RAY DIFFRACTION	81
1.5774-1.6078	0.2605	130	0.1996	2460	X-RAY DIFFRACTION	85
1.6078-1.6406	0.2379	134	0.1985	2587	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6406-1.6763	0.2428	134	0.2101	2674	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6763-1.7153	0.2693	137	0.2434	2639	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7153-1.7581	0.2903	151	0.216	2627	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7581-1.8057	0.241	150	0.1945	2661	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8057-1.8588	0.26	164	0.2038	2679	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8588-1.9188	0.4659	103	0.4244	2035	X-RAY DIFFRACTION	69
1.9188-1.9874	0.3664	103	0.3198	2202	X-RAY DIFFRACTION	75
1.9874-2.0669	0.2794	118	0.2416	2671	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0669-2.161	0.277	113	0.2188	2639	X-RAY DIFFRACTION	90
2.161-2.2749	0.3119	99	0.2774	2430	X-RAY DIFFRACTION	82
2.2749-2.4174	0.2311	150	0.1777	2747	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4174-2.6039	0.2005	176	0.1816	2804	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6039-2.8658	0.2047	178	0.1826	2779	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8658-3.2801	0.2072	134	0.1727	2917	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2801-4.1312	0.1633	150	0.1506	2917	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1312-31.7769	0.1422	185	0.1431	3046	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2726	-1.8484	0.0264	4.2324	-1.0405	0.309	-0.2817	-0.8691	0.3945	0.6031	0.1096	-0.1812	-0.3224	-0.428	0.1651	0.2721	0.046	0.0296	0.2904	-0.0475	0.2055	26.7231	13.1794	72.7267
2	7.277	-5.4345	-4.9108	5.3856	6.1712	8.166	0.3825	0.5265	-0.0196	-0.5087	-0.4891	0.1997	-0.2633	-0.6575	0.1537	0.2059	0.0087	0.0362	0.2969	-0.0047	0.249	16.5194	1.2488	59.023
3	1.6851	0.1595	0.1818	1.7496	-0.119	2.5163	-0.0214	-0.0515	0.0841	0.0709	0.0058	0.4214	-0.1447	-0.5921	0.0136	0.1759	0.0724	0.0333	0.3169	-0.053	0.2829	13.4154	16.034	66.5144
4	0.5125	0.2505	-0.0211	0.2602	-0.0065	1.843	0.0045	-0.001	0.0755	0.0697	-0.0389	0.1536	-0.1935	-0.3365	0.0271	0.1853	0.0783	0.0011	0.2034	-0.0208	0.2165	23.5396	21.2106	46.9835
5	2.6335	-1.6535	-0.6264	4.9288	1.2498	0.989	-0.0139	-0.1626	0.1607	0.0778	0.0496	0.1757	-0.2867	-0.1866	-0.0241	0.2369	0.0553	0.0087	0.1559	-0.0127	0.1531	29.3673	20.6973	51.6935
6	0.7286	0.1718	-0.037	1.374	-0.9697	2.1831	0.0124	0.0119	0.0235	0.0624	-0.0465	0.0737	-0.1276	-0.0685	0.0368	0.1207	0.0052	0.004	0.1126	-0.0236	0.1387	38.6421	14.9624	59.6618
7	3.2094	1.5739	1.651	1.3318	0.9646	2.0934	0.0756	-0.1868	0.0326	0.1437	-0.0925	0.0867	-0.1227	-0.1644	0.0242	0.1762	0.0072	0.0335	0.1624	-0.0253	0.1484	32.112	6.9211	72.25
8	7.0594	4.0624	-3.7506	6.7383	-0.5694	5.4235	0.2507	-0.5795	0.2104	0.6647	-0.3337	-0.1594	-0.1647	0.5028	0.1296	0.2271	-0.0635	-0.076	0.2298	-0.0072	0.1841	60.4364	13.2161	76.5103
9	7.85	2.9436	-1.1799	4.5889	0.3426	1.9967	0.176	0.0163	0.346	0.4386	-0.1033	-0.2762	-0.6434	0.3977	-0.0187	0.2535	-0.1182	-0.0306	0.1942	-0.022	0.2323	62.4842	26.3433	66.0581
10	2.3227	-1.6606	4.4437	5.8122	-3.512	8.5276	-0.0214	-0.0642	0.3763	0.161	-0.4381	-1.2526	-0.9439	0.8174	0.4036	0.4345	-0.251	0.0671	0.4602	0.0068	0.509	73.2133	32.7068	56.5578
11	5.7961	3.1342	-2.0507	3.8849	-1.4941	2.8338	-0.111	-0.1575	-0.1871	0.0834	-0.0834	-0.46	0.1092	0.3901	0.1544	0.1529	-0.013	-0.0622	0.2124	-0.0006	0.1757	61.8091	7.7642	70.2861

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:19)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 20:39)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 40:81)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 82:167)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 168:192)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 193:278)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 279:322)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 323:332)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 333:344)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 345:354)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 355:382)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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