PDB-6n8s: Crystal structure of the human cell polarity protein Lethal Giant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n8s

タイトル

Crystal structure of the human cell polarity protein Lethal Giant Larvae 2 (Lgl2). aPKC phosphorylated, crystal form 3.

要素

Lethal(2) giant larvae protein homolog 2

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Lgl / Polarity / beta propeller

機能・相同性

機能・相同性情報

establishment of spindle orientation / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / L-leucine transport / regulation of Notch signaling pathway / myosin II binding / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / cortical actin cytoskeleton organization / cortical actin cytoskeleton / regulation of protein secretion / exocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Almagor, L. / Weis, W.I.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the aPKC regulatory switch mechanism of the human cell polarity protein lethal giant larvae 2.
著者: Almagor, L. / Ufimtsev, I.S. / Ayer, A. / Li, J. / Weis, W.I.

履歴

登録	2018年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n8s.cif.gz	667.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n8s.ent.gz	552.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n8s_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n8s_full_validation.pdf.gz	453.7 KB	表示
XML形式データ	6n8s_validation.xml.gz	55.3 KB	表示
CIF形式データ	6n8s_validation.cif.gz	73.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/6n8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/6n8s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n8pC 6n8qC 6n8rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6n8p-d 6n8q-d 1zbo-2 6n8r-d 4oaa-d 6b86-1 3vip-2 5u97-2 3sae-d 3vin-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lethal(2) giant larvae protein homolog 2

D: Lethal(2) giant larvae protein homolog 2

219 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lethal(2) giant larvae protein homolog 2

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
109 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Lethal(2) giant larvae protein homolog 2

登録者が定義した集合体
109 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.871, 130.871, 277.649
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Lethal(2) giant larvae protein homolog 2 / HGL 分子量: 109275.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Human Lgl2(13-978) aPKC phosphorylated at S641, S645, S649, S653, S660, S663 and S680 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LLGL2 / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q6P1M3
構成要素の詳細	S641, S645, S649, S653, S660, S663 and S680 are all on an unstructured loop

#1: タンパク質

Lethal(2) giant larvae protein homolog 2 / HGL

分子量: 109275.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Human Lgl2(13-978) aPKC phosphorylated at S641, S645, S649, S653, S660, S663 and S680
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LLGL2 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6P1M3

構成要素の詳細

S641, S645, S649, S653, S660, S663 and S680 are all on an unstructured loop

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 100 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 1.07% 1,6-hexanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.9→39.66 Å / Num. obs: 22815 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.953 / R_merge(I) obs: 1.246 / Net I/σ(I): 4
反射シェル	解像度: 3.9→4.21 Å / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 4.841 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4624 / CC_1/2: 0.416 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.9→39.66 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.52

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2978	1986	8.76 %
R_work	0.2515	-	-
obs	0.2556	22670	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.9→39.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12829	0	0	0	12829

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	13167
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.453	17965
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.634	7785
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	2029
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2329

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.9-3.9975	0.3696	134	0.3543	1439	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9975-4.1054	0.3639	137	0.3383	1437	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1054-4.2261	0.375	139	0.3022	1442	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2261-4.3624	0.287	139	0.2722	1440	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3624-4.5181	0.3317	141	0.2579	1461	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5181-4.6987	0.3302	140	0.2517	1455	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6987-4.9122	0.2887	140	0.2421	1446	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9122-5.1706	0.2685	141	0.2335	1474	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1706-5.4938	0.2838	141	0.2573	1472	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4938-5.9167	0.334	143	0.2628	1476	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9167-6.5098	0.2988	143	0.2512	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5098-7.4463	0.3089	143	0.2334	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4463-9.3612	0.2648	148	0.2123	1539	X-RAY DIFFRACTION	100
9.3612-39.6623	0.2312	157	0.2063	1615	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2383	0.4094	-0.4103	5.3821	-1.2696	0.8432	0.0792	-0.2974	0.9967	-0.064	-0.0983	1.2328	-0.0521	-0.249	-0.1425	0.8016	0.0425	0.075	0.714	-0.1182	0.873	-28.1981	23.5154	-49.3536
2	1.736	0.5539	0.2304	4.8803	-0.9637	2.3591	-0.1605	-0.0829	0.4247	-0.0359	-0.0234	-0.9509	-0.1525	0.1875	0.3082	0.7283	-0.1441	-0.0725	0.7049	-0.033	0.8357	-6.0248	34.8647	-52.8494
3	1.0546	0.9508	0.2989	1.9097	0.0034	0.6279	-0.0169	0.2187	-0.0236	0.0012	0.2776	-0.3888	0.0582	0.0223	-0.2534	0.7137	0.0778	0.1406	0.7292	-0.1391	0.9354	-11.9467	-9.6366	-52.4131
4	1.8264	-0.9355	0.4606	5.2683	-3.2009	5.1545	0.3019	0.2589	-0.451	-0.2112	0.6041	0.8743	0.6843	0.0416	-0.8334	0.9478	0.0568	-0.0617	0.8745	-0.1381	1.0547	-25.5166	-31.6396	-58.0627
5	3.7527	2.2277	1.2091	6.5813	0.4694	0.9092	-0.2807	0.1423	-0.2745	-0.2907	0.3612	0.8548	0.4098	0.1224	-0.12	0.8191	-0.0586	0.0867	0.8363	-0.1221	0.852	-37.2309	-14.344	-50.5611
6	6.6939	6.1462	2.0567	5.6386	1.8864	0.6248	-0.5384	0.2283	-0.6734	-0.5831	0.5377	-0.1692	0.1637	0.0522	-0.0318	1.1044	-0.0974	0.0257	0.8432	0.1327	1.3173	-61.3023	-17.486	-46.9138
7	7.8054	-0.5295	0.3804	4.6568	-0.5192	1.7568	0.2952	0.0204	0.3704	-0.3916	0.2187	-0.3888	0.3577	0.5277	-0.6047	1.2478	-0.1591	0.1928	0.7639	-0.2528	1.0338	-74.1783	-44.0259	-53.9511
8	0.0962	0.0846	-0.478	4.805	-0.0862	2.2856	-0.0457	-0.0654	-0.9883	-0.2347	-0.0917	-0.649	0.3098	-0.6124	0.1994	0.9735	-0.2074	-0.1678	0.937	-0.1626	1.0995	-88.6368	-24.8659	-51.5717
9	3.1152	1.0591	-0.5497	1.3555	0.0703	0.169	0.291	0.419	0.7538	-0.4818	0.2556	0.5547	-0.113	0.1253	-0.1001	0.8505	0.1119	-0.053	0.8516	0.0665	0.625	-78.3287	4.5671	-48.83
10	4.9091	0.9799	0.5302	4.0524	-1.0949	1.2597	-0.1165	0.1332	1.164	-0.241	0.1341	0.3164	-0.0828	-0.1543	0.0376	0.9543	0.0931	0.0935	0.7979	0.1265	0.8822	-65.1252	25.1704	-54.9473
11	1.6603	3.1287	-0.2052	8.0814	-3.1112	3.4001	-0.4405	0.5886	0.5376	-1.7567	0.3772	0.1206	0.0948	0.8117	0.242	0.7936	-0.1433	0.1654	0.7121	-0.0148	1.2279	-55.9607	2.304	-49.6846

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 146 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 147 through 354 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 355 through 608 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 609 through 749 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 750 through 926 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 12 through 107 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 108 through 227 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 228 through 375 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 376 through 523 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 524 through 857 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 858 through 926 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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