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- PDB-6n8d: Crystal structure of GII.4 2002 norovirus P domain in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n8d
タイトルCrystal structure of GII.4 2002 norovirus P domain in complex with neutralizing human antibody A1431
要素
  • A1431 Fab heavy chain
  • A1431 Fab light chain
  • Major capsid protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Norovirus / human antibody / Fab / complex / neutralizing
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Norovirus Hu/GII.4/Farmington Hills/2004/USA (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Changela, A. / Verardi, R. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2019
タイトル: Sera Antibody Repertoire Analyses Reveal Mechanisms of Broad and Pandemic Strain Neutralizing Responses after Human Norovirus Vaccination.
著者: Lindesmith, L.C. / McDaniel, J.R. / Changela, A. / Verardi, R. / Kerr, S.A. / Costantini, V. / Brewer-Jensen, P.D. / Mallory, M.L. / Voss, W.N. / Boutz, D.R. / Blazeck, J.J. / Ippolito, G.C. ...著者: Lindesmith, L.C. / McDaniel, J.R. / Changela, A. / Verardi, R. / Kerr, S.A. / Costantini, V. / Brewer-Jensen, P.D. / Mallory, M.L. / Voss, W.N. / Boutz, D.R. / Blazeck, J.J. / Ippolito, G.C. / Vinje, J. / Kwong, P.D. / Georgiou, G. / Baric, R.S.
履歴
登録2018年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Major capsid protein
E: A1431 Fab light chain
F: A1431 Fab heavy chain
A: Major capsid protein
B: A1431 Fab light chain
D: A1431 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,7766
ポリマ－164,7766
非ポリマー00
水00
1
C: Major capsid protein
E: A1431 Fab light chain
F: A1431 Fab heavy chain

C: Major capsid protein
E: A1431 Fab light chain
F: A1431 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,7766
ポリマ－164,7766
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
2
A: Major capsid protein
B: A1431 Fab light chain
D: A1431 Fab heavy chain

A: Major capsid protein
B: A1431 Fab light chain
D: A1431 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,7766
ポリマ－164,7766
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.369, 157.356, 110.362
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Major capsid protein


分子量: 33940.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII.4/Farmington Hills/2004/USA (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R4I4P2
#2: 抗体 A1431 Fab light chain


分子量: 23520.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 A1431 Fab heavy chain


分子量: 24926.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 8000, 0.1M CHES, pH 9.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 39673 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.877 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2068 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OOV, 3EYQ

4oov

3eyq


解像度: 3.1→41.622 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2267 1908 4.81 %
Rwork0.1763 --
obs0.1787 39662 94.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→41.622 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11214 0 0 0 11214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92915710
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.1486776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072058
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1004-3.17790.34391340.27082643X-RAY DIFFRACTION93
3.1779-3.26370.30821390.24642713X-RAY DIFFRACTION95
3.2637-3.35970.31311090.22512465X-RAY DIFFRACTION87
3.3597-3.46810.25631670.19742737X-RAY DIFFRACTION97
3.4681-3.5920.26631380.18472789X-RAY DIFFRACTION98
3.592-3.73580.22331220.1782797X-RAY DIFFRACTION98
3.7358-3.90570.21231380.16682780X-RAY DIFFRACTION98
3.9057-4.11140.21491200.15882827X-RAY DIFFRACTION98
4.1114-4.36870.18451420.14532758X-RAY DIFFRACTION97
4.3687-4.70560.18411480.13352661X-RAY DIFFRACTION93
4.7056-5.17840.19641130.14882441X-RAY DIFFRACTION86
5.1784-5.92590.20831560.16682778X-RAY DIFFRACTION97
5.9259-7.4590.23021520.18782765X-RAY DIFFRACTION97
7.459-41.62530.22751300.1882600X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.66940.5772-0.07232.5042-1.32484.1618-0.1265-0.0143-0.05520.06910.09650.20250.0799-0.5430.04240.21860.03710.00890.3132-0.07480.2255-30.2944-18.84442.6242
21.65050.2771-0.58821.65970.74522.1819-0.33391.0236-0.3229-0.80330.4371-0.5222-0.03850.4335-0.14620.7662-0.29530.15760.9853-0.28450.6124-17.0347-34.4684-6.428
31.9249-0.29660.02512.14081.34812.4803-0.05140.7426-0.4766-0.47760.1849-0.13520.03660.1891-0.11140.5003-0.2141-0.03450.5598-0.18660.5329-34.7776-38.085-1.7608
42.2358-1.07760.41043.4771-0.60392.0412-0.0585-0.0693-0.11610.08290.00990.0508-0.0383-0.05170.04990.2250.00260.00370.1722-0.00350.1596-10.657315.74175.2777
50.84170.3427-0.07970.59870.17090.6991-0.36821.0266-0.8105-0.74760.29931.04480.5312-1.26580.07391.0313-0.5102-0.37051.7798-0.20471.6331-52.9327-1.3339-22.1898
60.71980.0657-0.38441.04560.09341.3487-0.11810.205-0.8301-0.29050.02740.85980.9344-1.46870.10340.8558-0.4621-0.09691.3710.05621.4779-53.4349-4.7368-3.5587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'C' and resid 225 through 530)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'E' and resid 1 through 211)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'F' and resid 1 through 212)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'A' and resid 225 through 530)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'B' and resid 1 through 211)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'D' and resid 1 through 212)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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