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万見
- PDB-6n85: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8A (Ric8A) protein in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n85
タイトルResistance to inhibitors of cholinesterase 8A (Ric8A) protein in complex with MBP-tagged transducin-alpha residues 327-350
要素
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-2
  • Synembryn-A
キーワードCHAPERONE / Ric8a / Armadillo repeat / G alpha / MBP
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of light stimulus involved in visual perception / retinal cone cell development / G protein-coupled photoreceptor activity / response to light intensity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / photoreceptor outer segment membrane / phototransduction / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / photoreceptor outer segment ...detection of light stimulus involved in visual perception / retinal cone cell development / G protein-coupled photoreceptor activity / response to light intensity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / photoreceptor outer segment membrane / phototransduction / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / photoreceptor outer segment / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / G-protein alpha-subunit binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / visual perception / photoreceptor inner segment / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / Ca2+ pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / outer membrane-bounded periplasmic space / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Synembryn / Guanine nucleotide exchange factor, Ric8 / Guanine nucleotide exchange factor synembryn / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / G-protein alpha subunit, group I / Bacterial extracellular solute-binding protein / G-alpha domain profile. ...Synembryn / Guanine nucleotide exchange factor, Ric8 / Guanine nucleotide exchange factor synembryn / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / G-protein alpha subunit, group I / Bacterial extracellular solute-binding protein / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-2 / Synembryn-A
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Srivastava, D. / Gakhar, L. / Artemyev, N.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)NIH R01 EY12682 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural underpinnings of Ric8A function as a G-protein α-subunit chaperone and guanine-nucleotide exchange factor.
著者: Dhiraj Srivastava / Lokesh Gakhar / Nikolai O Artemyev /
要旨: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8A (Ric8A) is an essential regulator of G protein α-subunits (Gα), acting as a guanine nucleotide exchange factor and a chaperone. We report two crystal ...Resistance to inhibitors of cholinesterase 8A (Ric8A) is an essential regulator of G protein α-subunits (Gα), acting as a guanine nucleotide exchange factor and a chaperone. We report two crystal structures of Ric8A, one in the apo form and the other in complex with a tagged C-terminal fragment of Gα. These structures reveal two principal domains of Ric8A: an armadillo-fold core and a flexible C-terminal tail. Additionally, they show that the Gα C-terminus binds to a highly-conserved patch on the concave surface of the Ric8A armadillo-domain, with selectivity determinants residing in the Gα sequence. Biochemical analysis shows that the Ric8A C-terminal tail is critical for its stability and function. A model of the Ric8A/Gα complex derived from crosslinking mass spectrometry and molecular dynamics simulations suggests that the Ric8A C-terminal tail helps organize the GTP-binding site of Gα. This study lays the groundwork for understanding Ric8A function at the molecular level.
履歴
登録2018年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02021年11月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id
改定 3.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Synembryn-A
M: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2563
ポリマ－102,9132
非ポリマー3421
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area33930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.740, 91.920, 86.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Synembryn-A / Protein Ric-8A


分子量: 57464.977 Da / 分子数: 1 / 変異: E460A, E461A, K462A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RIC8A / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5E9J8
#2: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-2 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Transducin alpha-2 chain


分子量: 45448.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, GNAT2, GNATC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: P19087
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M MIB buffer, 25 % PEG3350pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→60.18 Å / Num. obs: 32806 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 44.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4784 / CC1/2: 0.899 / Rpim(I) all: 0.332 / Rrim(I) all: 0.871 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→41.386 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2489 1664 5.06 %Random selection
Rwork0.1964 ---
obs0.1991 32862 99.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6221 0 23 95 6339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4788626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.553868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036993
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031111
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.57360.35331630.2732588X-RAY DIFFRACTION100
2.5736-2.65660.3171270.26352551X-RAY DIFFRACTION99
2.6566-2.75160.33171470.2392616X-RAY DIFFRACTION99
2.7516-2.86170.26581260.23982604X-RAY DIFFRACTION99
2.8617-2.99190.34481110.24292581X-RAY DIFFRACTION99
2.9919-3.14960.3212990.24552629X-RAY DIFFRACTION100
3.1496-3.34680.28541640.24152562X-RAY DIFFRACTION100
3.3468-3.60510.27361280.21282621X-RAY DIFFRACTION100
3.6051-3.96770.22941440.18882586X-RAY DIFFRACTION100
3.9677-4.54120.21061400.15442623X-RAY DIFFRACTION100
4.5412-5.7190.21511390.1592612X-RAY DIFFRACTION100
5.719-41.3920.2061760.1642625X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.5053 Å / Origin y: 59.2762 Å / Origin z: 19.8312 Å
111213212223313233
T0.3122 Å20.0683 Å20.0141 Å2-0.2531 Å2-0.0403 Å2--0.3229 Å2
L0.7597 °20.1996 °20.6871 °2-0.0369 °2-0.0641 °2--1.0759 °2
S-0.008 Å °0.1145 Å °0.0526 Å °-0.0098 Å °0.0035 Å °-0.0046 Å °-0.0647 Å °-0.1397 Å °-0.0003 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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